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在截止日期雲端上使用 AutoDock Vina 執行虛擬篩選 - 截止日期雲端

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

在截止日期雲端上使用 AutoDock Vina 執行虛擬篩選

virtual_Requirement_vina 任務套件使用 AutoDock Vina 根據蛋白質目標篩選大型複合程式庫。套件會將複合程式庫分割為區塊，並在工作者機群之間平行停駐，然後透過繫結親和性彙總和排名結果。

管道執行四個步驟：

  1. PrepareReceptor — 使用 Open Babel 將蛋白質 PDB 轉換為 PDBQT 格式。

  2. SplitLibrary — 將 SDF 複合程式庫分割為 N 個區塊。

  3. DockCompounds — 執行 N 個平行停駐任務 （每個區塊一個）。每個任務對 Spot 先佔而言都是等冪且安全的。

  4. ScoreAndRank — 將所有區塊結果彙總為排名最高命中的 CSV。

套件需要 Linux x86_64 服務受管機群 （建議使用 Spot)conda-forge、openbabel來自 的 conda 佇列環境，以及 AutoDock Vina。透過將 為截止日期雲端建置 AutoDock Vina conda 套件 conda 配方建置到您的 S3 頻道，或透過機群主機組態指令碼安裝二進位檔來安裝 Vina。

設定 CompoundLibrary=chembl（預設） 以自動從 ChEMBL 下載和篩選類似藥物的分子，或提供您自己的 SDF 檔案。

從 job_bundles目錄中，提交任務：

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

如需建置 AutoDock Vina conda 套件的詳細資訊，請參閱 為截止日期雲端建置 AutoDock Vina conda 套件。