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在截止日期雲端上執行 GROMACS 分子動態模擬 - 截止日期雲端

本文為英文版的機器翻譯版本，如內容有任何歧義或不一致之處，概以英文版為準。

在截止日期雲端上執行 GROMACS 分子動態模擬

gromacs_md 任務套件會執行從原始蛋白質結構到分析軌跡的 GROMACS 分子動態模擬管道。管道會執行系統準備、能源最小化、NVT/NPT 平衡、生產 MD 和分析 (RMSD、RMSF、振動半徑、氫鍵）。多個獨立複本會透過 MaxReplicaIndex 參數平行散發。

套件需要具有 Linux x86_64 服務受管機群 （至少 4 個 vCPU) 的截止日期雲端陣列，以及gromacs來自 的 Conda 佇列環境conda-forge。不需要主機組態指令碼或自訂 conda 配方。

套件包含 下 hen egg-white lysozyme (PDB： 1AKI) 和 MDP 參數檔案的範例資料sample_inputs/mdp/。

從 job_bundles目錄中，提交任務：

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

若要平行執行 10 個獨立複本：

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"