在中创建私有工作流程 HealthOmics - AWS HealthOmics

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在中创建私有工作流程 HealthOmics

私有工作流程取决于您在创建工作流程之前创建和配置的各种资源:

  • Workflow definition file:用WDL、Nextflow或写入的工作流程定义文件CWL。工作流定义为使用该工作流的运行指定输入和输出。它还包括工作流程的运行和运行任务规范,包括计算和内存要求。工作流程定义文件必须采用.zip格式。有关更多信息,请参阅工作流程定义文件

  • (Optional) Parameter template file:写入的参数模板文件JSON。创建文件来定义运行参数,或者为您 HealthOmics 生成参数模板。有关更多信息,请参阅 HealthOmics 工作流程的参数模板文件

  • Amazon ECR container images:为工作流程创建私有 Amazon ECR 存储库。在私有存储库中创建容器映像,或者将支持的上游注册表的内容与您的 Amazon ECR 私有存储库同步。

  • (Optional) Sentieon licenses:申请Sentieon许可证,以便在私有工作流程中使用该Sentieon软件。

或者,您可以在创建工作流程之前或之后对工作流程定义运行 linter。本linter主题描述了中可用的linter。 HealthOmics