入门 HealthOmics - AWS HealthOmics
在控制台中使用 Ready2Run 工作流程 HealthOmics Amazon Q CLI 的示例提示

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入门 HealthOmics

首先 HealthOmics，请确保您已正确设置您的 IAM 权限和角色 HealthOmics。

在控制台中使用 Ready2Run 工作流程 HealthOmics

以下练习显示了如何使用 Ready2Run 工作流程。Ready2Run 工作流程已预先配置了运行工作流程所需的参数和工具参考。工作流程发布者提供示例数据，因此您无需创建自己的数据。

  1. 打开 HealthOmics 管理控制台。

  2. 选择左上角的导航窗格 ()，然后选择 Ready2Run 工作流程。

  3. 在 Ready2Run 工作流程页面上，选择工作流程。ESMFold for up to 800 residues控制台将打开该工作流程的详细信息页面。

  4. 详细信息选项卡提供有关工作流程的信息。要试用工作流程，请在页面的右上角选择 “开始运行”。

  5. 在 “指定运行详细信息” 页面中，输入运行名称。

  6. 为运行输出输入或选择一个 Amazon S3 位置。

  7. 对于运行元数据保留模式，选择是保留还是删除 runmeta 数据。

  8. 在服务角色面板中，选择创建并使用新的服务角色。

  9. 选择下一步。

  10. 在 “添加参数值” 页面上，选择 “使用 Ready2Run 测试数据运行工作流”。

  11. 选择下一步。

  12. 查看您的输入，然后选择 “开始运行”。

Amazon Q CLI 的示例提示

Amazon Q CLI AWS HealthOmics 可以使用自然语言命令运行基因组工作流程和分析任务。以下示例提示允许您创建工作流程、管理运行和分析基因组数据。有关更多信息和示例提示 HealthOmics，请参阅上 GitHub的 A HealthOmics gentic 生成式 AI 教程。

  • “创建一个 WDL 1.1 工作流程文件main.wdl，因为它将在该文件上运行。 HealthOmics该工作流程将以参考基因组作为输入和成对的 fastq 文件。它将使用 BWA 对参考基因组进行索引，然后将每对 fastq 文件映射到参考文献。最后，将每个映射的 BAM 合并到一个 BAM 文件中，然后输出这个文件，它是 bai 索引。”

  • “Package 将工作流程打包并在其中创建 HealthOmics”

  • “更新 inputs.json 文件以使用我的 Amazon S3 存储桶中的真实文件omics-my-bucket-with-genome-data”（提供特定的亚马逊 S3 存储桶位置，或者让 Amazon Q 探索）

  • “在我的 Amazon ECR 存储库中找到合适的容器并更新 inputs.json 以使用这些容器”

  • “查找或创建合适的 IAM 角色以在运行工作流程时使用”

  • “为我的工作流程创建运行缓存”

  • “在中运行工作流程 HealthOmics”

  • “检查运行状态”

警告

使用 Amazon Q CLI 时，请先查看所有生成的内容和建议的操作，然后再继续。提供反馈以提高响应质量并满足您的工作流程要求。有关更多信息，请参阅 Amazon Q 的安全注意事项和最佳实践。