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中的私有工作流程 HealthOmics
使用 私人工作流程 当你想创建自己的工作流程定义时。工作流定义指定有关工作流的信息并定义工作流任务。一个 运行 是工作流程的单次调用,并且 任务 是运行中的单个进程。
HealthOmics 支持您在 Nextflow、工作流描述语言 (WDL) 或通用工作流语言 (CWL) 中创建的工作流定义。
与... 合作 HealthOmics 私人工作流程包括四个阶段。选择一个选项卡了解详细信息。
- Setting up
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您可以为互联网访问创建工作流程和可选配置。
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创建工作流程 和 工作流程版本 — 工作流程是您的管道定义。它定义了其任务、输出和配置。您还可以创建私有工作流程的版本来更新管道定义。工作流程版本控制使用户能够选择何时开始使用更新的功能。工作流程版本是不可变的,并提供与工作流程相同级别的数据来源。
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配置 — 这是您在工作流程需要访问互联网时创建的可选设置。
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IAM 权限 — 在运行工作流程之前,配置工作流程所需的 IAM 权限。 HealthOmics 使用 IAM 服务角色访问其他服务(例如 Amazon S3、Amazon ECR 和 CloudWatch) 代表您完成工作流程中定义的流程。
- Execution
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创建私有工作流程后,您可以开始单次运行或一起启动多次运行。
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开始跑步 — 您可以开始单次运行使用输入数据集创建的私有工作流程。 HealthOmics 执行您的私有工作流程定义,将每个任务作为该运行中的单个进程执行。
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开始批量运行 — 批量运行在一次提交中同时执行同一工作流程的多次运行(例如,同时运行四次以上)。与其一次启动一个运行,不如提交批量运行然后 HealthOmics 精心编排它们。
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监控运行 — HealthOmics 发送实时日志和指标供您使用以下方式监控运行情况 CloudWatch 和 EventBridge。您可以收集和跟踪指标,创建自定义的控制面板,以及设置警报以在指定的指标达到您指定的阈值时通知您或采取措施。
- Optimization and governance
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您可以控制计算使用量、确定运行优先级,或者将以前的运行结果重复用于一次或多次运行。
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运行群组 — 您可以向运行组添加私有工作流程以控制计算使用量。运行组是共享一组资源限制(例如最大并发运行时间和最大运行持续时间)的工作流运行的集合。您可以设置这些限制来控制运行组消耗的计算资源。
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呼叫缓存 — 您可以使用调用缓存来保存和重用任务输出,从而缩短运行时间并节省计算成本。
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运行优化 — 您可以根据总成本、总运行时间或两者的组合来优化运行。 HealthOmics 提供数据和工具来帮助您做出优化决策。
- Collaboration
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你可以与其他人合作 AWS 账户 通过共享您的私人工作流程。
有关如何使用的完整示例 HealthOmics 私有工作流程,请参阅 aws-healthomics-教程存储库 上 GitHub 或者 AWS HealthOmics 端到端研讨会 在 AWS 建筑商中心研讨会目录。