创建 HealthOmics 注释存储库 - AWS HealthOmics
使用控制台创建注释存储库使用 API 创建注释存储库

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创建 HealthOmics 注释存储库

重要

AWS HealthOmics 变体存储和注释存储不再向新客户开放。现有客户可以继续正常使用该服务。有关更多信息，请参阅 AWS HealthOmics 变体存储和注释存储库可用性变更。

注释存储是表示注释数据库的数据存储，例如来自 TSV、VCF 或 GFF 文件的注释数据库。如果指定了相同的参考基因组，则在导入过程中，注释存储将映射到与变体存储相同的坐标系。以下主题介绍如何使用 HealthOmics 控制台以及 AWS CLI 如何创建和管理注释存储库。

使用控制台创建注释存储库

使用以下步骤通过 HealthOmics 控制台创建注释存储库。

创建注释存储库

  1. 打开 HealthOmics 管理控制台。

  2. 如果需要，请打开左侧导航窗格 (►)。选择 “注释存储”。

  3. 在注释存储页面上，选择创建注释存储。

  4. 在创建注释存储页面上，提供以下信息

    • 注释商店名称-此商店的唯一名称。

    • 描述（可选）-此参考基因组的描述。

    • 数据格式和架构详细信息-选择数据文件格式并上传此存储的架构定义。

    • 参考基因组-此注释的参考基因组。

    • 数据加密-选择是希望数据加密由 AWS 自己拥有和管理。

    • 标签（可选）-为此注释存储库提供最多 50 个标签。

  5. 选择 “创建注释存储”。

使用 API 创建注释存储库

以下示例说明如何使用创建注释存储库 AWS CLI。对于所有操作 AWS CLI 和 API 操作，您必须指定数据的格式。

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

您会收到以下回复，以确认您的注释存储库已创建。

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

要了解有关注释存储的更多信息，请使用 get-annotation-storeAPI。

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

您会收到以下回复。

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

要查看与账户关联的所有注释库，请使用 list-annotation-storesAPI 操作。

aws omics list-annotation-stores

您会收到一个列出所有注释库及其 IDs状态和其他详细信息的响应，如以下示例响应所示。

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

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