使用 SQL 查询 HealthLake 数据

该元素extension用于在数据存储中创建自定义字段。

此示例向您展示如何访问在Patient资源类型中找到的extension元素的功能。

将 HealthLake 数据存储导入 Athena 时，对资源类型的元素的解析会有所不同。由于 element is 的结构变量，因此无法在架构中对其进行完全指定。为了处理这种可变性，数组中的元素作为字符串传递。

在的表描述中Patient，您可以看到extension描述为的元素array<string>，这意味着您可以使用索引值访问数组的元素。但是，要访问字符串的元素，必须使用json_extract。

以下是患者表中extension元素的单个条目。

[{
		"valueString": "Kerry175 Cummerata161",
		"url": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/patient-mothersMaidenName"
	},
	{
		"valueAddress": {
			"country": "DE",
			"city": "Hamburg",
			"state": "Hamburg"
		},
		"url": "http://hl7.org/fhir/StructureDefinition/patient-birthPlace"
	},
	{
		"valueDecimal": 0.0,
		"url": "http://synthetichealth.github.io/synthea/disability-adjusted-life-years"
	},
	{
		"valueDecimal": 5.0,
		"url": "http://synthetichealth.github.io/synthea/quality-adjusted-life-years"
	}
]

尽管这是有效的 JSON，但 Athena 仍将其视为字符串。

此 SQL 查询示例演示了如何创建包含patient-mothersMaidenName和patient-birthPlace元素的表。要访问这些元素，你需要使用不同的数组索引和 json_extract.

SELECT
    extension[1],
    json_extract(extension[1], '$.valueString') AS MothersMaidenName,
    extension[2],
    json_extract(extension[2], '$.valueAddress.city') AS birthPlace
FROM patient

要详细了解涉及 JSON 的查询，请参阅亚马逊 Athena 用户指南中的从 JSON 中提取数据。

在 FHIR 中，年龄不是 “患者” 资源类型的要素。以下是根据年龄进行筛选的两个搜索示例。

因为年龄不是一个元素，所以我们使用 SQL 查询。birthDate要查看元素是如何被引入 FHIR 的，请在表格和视图下搜索表名。你可以看到它的类型是字符串。

示例 1：计算年龄值

在这个示例 SQL 查询中，我们使用内置的 SQL 工具year来提取这些组件。current_date然后，我们减去它们以返回患者的实际年龄，列名为age。

SELECT
	(year(current_date) - year(date(birthdate))) as age
FROM patient

示例 2：筛选出生之前2019-01-01和现在出生的患者male。

SQL 查询向您展示如何使用CAST函数将birthDate元素转换为类型DATE，以及如何根据WHERE子句中的两个条件进行筛选。由于默认情况下，该元素是作为字符串类型提取的，CAST因此我们必须将其作为类型DATE。然后，您可以使用<运算符将其与其他日期进行比较,2019-01-01. 通过使用AND，您可以向子WHERE句添加第二个条件。

SELECT birthdate
FROM patient
-- we convert birthdate (varchar) to date  > cast that as date too
WHERE CAST(birthdate AS DATE) < CAST('2019-01-01' AS DATE) AND gender = 'male'

此示例显示了在 “位置” 资源类型中搜索城市名称为 Attleboro 的地点。

SELECT *
FROM Location
WHERE address.city='ATTLEBORO'
LIMIT 10;

SELECT birthdate
FROM patient
-- we convert birthdate (varchar) to date  > cast that as date too
WHERE CAST(birthdate AS DATE) < CAST('2019-01-01' AS DATE) AND gender = 'male'

资源类型条件存储与已上升到令人担忧程度的问题相关的诊断数据。 HealthLake的集成医学自然语言处理 (NLP) 会根据Condition资源类型中的详细信息生成新 DocumentReference 资源。生成新资源时， HealthLake 将标签附加SYSTEM_GENERATED到meta元素。此示例 SQL 查询演示了如何搜索条件表并返回已删除SYSTEM_GENERATED结果的结果。

要了解有关 HealthLake集成自然语言处理 (NLP) 的更多信息，请参阅集成的自然语言处理 (NLP) 用于 HealthLake。

SELECT *
FROM condition
WHERE meta.tag[1] is NULL

您也可以在指定的字符串元素中进行搜索以进一步筛选查询。该modifierextension元素包含有关使用哪个DocumentReference资源生成一组条件的详细信息。同样，您必须使用json_extract来访问作为字符串引入 Athena 的嵌套 JSON 元素。

此示例 SQL 查询演示了如何搜索根据特定内容生成的所有内容DocumentReference。Condition用于CAST将 JSON 元素设置为字符串，以便您可以LIKE用来进行比较。

SELECT
    meta.tag[1].display as SystemGenerated,
    json_extract(modifierextension[4], '$.valueReference.reference') as DocumentReference
FROM condition
WHERE meta.tag[1].display = 'SYSTEM_GENERATED'

AND CAST(json_extract(modifierextension[4], '$.valueReference.reference') as VARCHAR) LIKE '%DocumentReference/67aa0278-8111-40d0-8adc-43055eb9d18d%'

资源类型 “观察” 存储有关患者、设备或其他受试者的测量结果和简单断言。 HealthLake的集成自然语言处理 (NLP) 可根据Observation资源中的详细信息生成新DocumentReference资源。此示例 SQL 查询包括WHERE meta.tag[1] is NULL注释掉的内容，这意味着包含了SYSTEM_GENERATED结果。

SELECT valueCodeableConcept.coding[1].code
FROM Observation
WHERE  valueCodeableConcept.coding[1].code = '266919005'
-- WHERE meta.tag[1] is NULL

此列是作为导入的struct。因此，您可以使用点表示法访问其中的元素。

MedicationStatement 是一种 FHIR 资源类型，可用于存储有关患者已服用、正在服用或将来将要服用的药物的详细信息。 HealthLake的集成医学自然语言处理 (NLP) 会根据MedicationStatement 资源类型中的文档生成新 DocumentReference资源。生成新资源时， HealthLake 将标签附加SYSTEM_GENERATED到meta元素。此示例 SQL 查询演示了如何创建一个查询，该查询使用患者标识符根据单个患者进行筛选，并查找由HealthLake的集成 NLP 添加的资源。

SELECT *
FROM medicationstatement
WHERE meta.tag[1].display = 'SYSTEM_GENERATED' AND subject.reference = 'Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b';

要了解有关 HealthLake集成自然语言处理 (NLP) 的更多信息，请参阅集成的自然语言处理 (NLP) 用于 HealthLake。