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在 Deadline Cloud 上与 AutoDock Vina 一起进行虚拟 - 截止日期云

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

在 Deadline Cloud 上与 AutoDock Vina 一起进行虚拟

v irtual_screening_vina job bundle 使用 AutoDockVin a 根据蛋白质靶标筛选大型化合物库。该捆绑包将复合库拆分为多个块，并将它们并行停靠在一组工作人员中，然后通过绑定亲和力对结果进行汇总和排名。

该管道分为四个步骤：

  1. PrepareReceptor— 使用 Open Babel 将蛋白质 PDB 转换为 PDBQT 格式。

  2. SplitLibrary— 将 SDF 复合库拆分为 N 个块。

  3. DockCompounds— 运行 N 个并行对接任务（每个区块一个）。每项任务都是等性的，可以安全地进行 Spot 抢占。

  4. ScoreAndRank— 将所有区块结果汇总到排名靠前的 CSV 中。

该捆绑包需要 Linux x86_64 服务托管队列（推荐 Spot）、带有 openbabel from 和 Vina 的 conda 队列环境。conda-forge AutoDock 通过在 S3 频道中构建 为 Dead AutoDock line Cloud 构建 Vina conda 包 conda 配方，或者通过舰队主机配置脚本安装二进制文件来安装 Vina。

设置CompoundLibrary=chembl（默认）以自动从 Ch emBL 下载和过滤类药物分子，或者提供您自己的 SDF 文件。

从job_bundles目录中提交作业：

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

有关构建 AutoDock Vina conda 软件包的详细信息，请参阅。为 Dead AutoDock line Cloud 构建 Vina conda 包