在 Deadline Cloud 上运行 GROMACS 分子动力学模拟

网站上的 gromacs_md任务包使用GROMACS GitHub 网站上的G ROMACS 运行了一条从原始蛋白质结构到轨迹分析的分子动力学模拟管道。该管道运行系统准备、能量最小化、 NVT/NPT平衡、生产 MD 和分析（RMSD、RMSF、回转半径、氢键）。通过该MaxReplicaIndex参数，多个独立副本并行扇出。

该捆绑包需要一个带有 Linux x86_64 服务管理队列（至少 4 个 vCPU）的 Deadline Cloud 农场和带有 from 的 conda 队列环境。gromacs conda-forge无需主机配置脚本或自定义 conda 配方。

该套装包括母鸡蛋清溶菌酶（PDB：1AKI）的样本数据和以下的 MDP 参数文件。sample_inputs/mdp/

从job_bundles目录中提交作业：

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

要并行运行 10 个独立副本，请执行以下操作：

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"