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Suporte de versão para linguagens HealthOmics de definição de fluxo de trabalho - AWS HealthOmics
Suporte à versão WDLSuporte à versão CWLSuporte à versão Nextflow

As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.

Suporte de versão para linguagens HealthOmics de definição de fluxo de trabalho

HealthOmics suporta arquivos de definição de fluxo de trabalho escritos em Nextflow, WDL ou CWL. As seções a seguir fornecem informações sobre o suporte de HealthOmics versões para esses idiomas.

Suporte à versão WDL

HealthOmics suporta as versões 1.0, 1.1 e a versão de desenvolvimento da especificação WDL.

Cada documento da WDL deve incluir uma declaração de versão para especificar a qual versão (principal e secundária) da especificação ele adere. Para obter mais informações sobre versões, consulte Controle de versão WDL

As versões 1.0 e 1.1 da especificação WDL não suportam Directory esse tipo. Para usar o Directory tipo para entradas ou saídas, defina a versão como development na primeira linha do arquivo:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

Suporte à versão CWL

HealthOmics suporta as versões 1.0, 1.1 e 1.2 da linguagem CWL.

Você pode especificar a versão do idioma no arquivo de definição do fluxo de trabalho CWL. Para obter mais informações sobre o CWL, consulte o guia do usuário do CWL

Suporte à versão Nextflow

HealthOmics suporta cinco versões estáveis do Nextflow. O Nextflow normalmente lança uma versão estável a cada seis meses. HealthOmics não suporta os lançamentos mensais “periféricos”.

HealthOmics oferece suporte aos recursos lançados em cada versão, mas não aos recursos de visualização.

Versões aceitas

HealthOmics suporta as seguintes versões do Nextflow:

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 e DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2 (padrão)

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

  • Nextflow v25.10.0 DSL 2

  • Nextflow v26.04.0 DSL 2

nota

O Nextflow v26.04.0 usa o analisador de sintaxe estrito (v2) por padrão. Para usar o analisador legado, engineSettings.syntaxVersion defina como v1 ao iniciar uma execução. Para o Nextflow v25.10.0 e versões anteriores, HealthOmics não oferece suporte ao modo de sintaxe estrita e o único valor permitido é. v1

Separadamente, HealthOmics executa o linter estrito Nextflow integrado durante a criação do fluxo de trabalho. O linter se aplica a todas as versões do DSL2 (v22.04, v23.10, v24.10, v25.10 e v26.04). Os fluxos de trabalho DSL1 não estão bloqueados. As descobertas do Lint aparecem no statusMessage campo da GetWorkflow resposta. Para obter mais informações, consulte Fluxo de trabalho intermitente em HealthOmics.

Para migrar seu fluxo de trabalho para a versão compatível mais recente (v26.04.0), siga o guia de atualização do Nextflow.

Há algumas mudanças importantes ao migrar para o Nextflow v24, v25 ou v26. Siga o guia de migração do Nextflow.

Detecte e processe versões do Nextflow

HealthOmics detecta a versão DSL e a versão do Nextflow que você especificar. Ele determina automaticamente a melhor versão do Nextflow a ser executada com base nessas entradas.

Versão DSL

HealthOmics detecta a versão DSL solicitada em seu arquivo de definição de fluxo de trabalho. Por exemplo, você pode especificar:nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics suporta DSL 2 por padrão. Ele fornece compatibilidade retroativa com o DSL 1, se especificado em seu arquivo de definição de fluxo de trabalho.

  • Se você especificar DSL 1, HealthOmics executa o Nextflow v22.04 DSL1 (a única versão compatível que executa o DSL 1).

  • Se você não especificar uma versão de DSL ou se não HealthOmics conseguir analisar as informações de DSL por qualquer motivo (como erros de sintaxe em seu arquivo de definição de fluxo de trabalho), o HealthOmics padrão é DSL 2 e executa o Nextflow v23.10.0.

  • Para atualizar seu fluxo de trabalho de DSL 1 para DSL 2 e aproveitar as versões mais recentes do Nextflow e os recursos de software, consulte Migrando do DSL 1.

Versões do Nextflow

HealthOmics detecta a versão solicitada do Nextflow no arquivo de configuração do Nextflow (nextflow.config), se você fornecer esse arquivo. Recomendamos que você adicione a nextflowVersion cláusula no final do arquivo para evitar qualquer substituição inesperada das configurações incluídas. Para obter mais informações, consulte Configuração do Nextflow.

Você pode especificar uma versão do Nextflow ou um intervalo de versões usando a seguinte sintaxe:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics processa as informações da versão do Nextflow da seguinte forma:

  • Se você usa = para especificar uma versão exata que HealthOmics suporte, HealthOmics usa essa versão.

  • Se você usa ! para especificar uma versão exata ou um intervalo de versões que não são suportadas, HealthOmics gera uma exceção e falha na execução. Considere usar essa opção se quiser ser rigoroso com as solicitações de versão e falhar rapidamente se a solicitação incluir versões não suportadas.

  • Se você especificar um intervalo de versões, HealthOmics usa a versão de maior preferência nesse intervalo. A ordem de preferência da maior para a menor é v23.10.0, v22.04.0, v24.10.8, v25.10.0 e v26.04.0. Por exemplo:

    • Se o intervalo abranger v25.10.0 e v26.04.0, escolha v25.10.0. HealthOmics

    • Se o intervalo abranger v24.10.8 e v25.10.0, escolha v24.10.8. HealthOmics

  • Se não houver uma versão solicitada ou se as versões solicitadas não forem válidas ou não puderem ser analisadas por qualquer motivo:

    • Se você especificou DSL 1, HealthOmics executa o Nextflow v22.04.

    • Caso contrário, HealthOmics executa o Nextflow v23.10.0.

Você pode substituir a versão do Nextflow selecionada automaticamente engineSettings.engineVersion definindo na solicitação. StartRun Isso fixa a execução a uma versão específica do Nextflow, independentemente da versão especificada no arquivo do fluxo de trabalho. nextflow.config Para obter mais informações, consulte Especifique as configurações do mecanismo Nextflow.

Você pode recuperar as seguintes informações sobre a versão do Nextflow HealthOmics usada para cada execução:

  • Os registros de execução contêm informações sobre a versão real do Nextflow HealthOmics usada para a execução.

  • HealthOmics adiciona avisos nos registros de execução se não houver uma correspondência direta com a versão solicitada ou se for necessário usar uma versão diferente da especificada.

  • A resposta à operação da GetRun API inclui um campo (engineVersion) com a versão real do Nextflow HealthOmics usada para a execução. Por exemplo:

    "engineVersion":"22.04.0"