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Iniciando uma corrida em HealthOmics

Ao iniciar uma execução, você pode definir o tipo de armazenamento da execução e a quantidade de armazenamento (para armazenamento estático). Para obter informações adicionais, consulte Execute tipos de armazenamento em HealthOmics fluxos de trabalho.

Você também define a prioridade de execução. O impacto da prioridade na execução depende de a execução estar associada a um grupo de execução. Para obter informações adicionais, consulte Prioridade de execução.

Se você tiver criado uma ou mais versões do fluxo de trabalho, poderá especificar a versão ao iniciar a execução. Se você não especificar uma versão, HealthOmics iniciará a versão padrão do fluxo de trabalho.

Especifique uma localização do Amazon S3 para os arquivos de saída. Se você executa um grande volume de fluxos de trabalho simultaneamente, use uma URIs saída separada do Amazon S3 para cada fluxo de trabalho para evitar a limitação do bucket. Para obter mais informações, consulte Organização de objetos usando prefixos no Guia do usuário do Amazon S3 e Dimensione conexões de armazenamento horizontalmente no whitepaper Otimizando o desempenho do Amazon S3.

HealthOmics parâmetros de execução

Ao iniciar uma execução, você especifica as entradas de execução no arquivo JSON dos parâmetros de execução ou pode inserir os valores dos parâmetros em linha. Para obter informações sobre como gerenciar o tamanho do arquivo JSON de parâmetros de execução, consulteGerenciando o tamanho dos parâmetros de execução.

HealthOmics suporta os seguintes tipos de JSON para valores de parâmetros.

Iniciando uma execução usando o console

Iniciando uma execução usando a API

Use a operação de API start-run com a função do IAM e o bucket Amazon S3 que você criou. Este exemplo define o modo de retenção comoREMOVE. Para obter mais informações sobre o modo de retenção, consulteExecute o modo de retenção para HealthOmics corridas.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name workflow name \
     --retention-mode REMOVE

Em resposta, você obtém a seguinte saída. uuidÉ exclusivo para a execução e, junto com ele, outputUri pode ser usado para rastrear onde os dados de saída são gravados.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....:run/1234567", 
    "id": "123456789",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a"
    "status": "PENDING"
}                

Se o modelo de parâmetro de um fluxo de trabalho declarar quaisquer parâmetros necessários, você poderá fornecer um arquivo JSON local das entradas ao iniciar a execução de um fluxo de trabalho. O arquivo JSON contém o nome exato de cada parâmetro de entrada e um valor para o parâmetro.

Faça referência ao arquivo JSON de entrada no AWS CLI adicionando --parameters file://<input_file.json> à sua start-run solicitação. Para obter mais informações sobre os parâmetros de execução, consulteHealthOmics entradas de execução.

Você pode especificar uma versão do fluxo de trabalho para a execução.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --workflow-version-name '1.2.1' 

Você pode substituir o tipo de armazenamento de execução padrão, que é especificado no fluxo de trabalho.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --storage-type STATIC
     --storage-capacity 2400 

Você também pode usar a API start-run com um ID de fluxo de trabalho da GPU, conforme mostrado.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name GPUTestRunModel \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1                       

Obtenha informações sobre a execução de um fluxo de trabalho

Você pode usar o ID na resposta com a API get-run para verificar o status de uma execução, conforme mostrado.

aws omics get-run --id run id

A resposta dessa operação de API informa o status da execução do fluxo de trabalho. Os status possíveis são PENDINGSTARTING,RUNNING, e. COMPLETED Quando uma execução é executadaCOMPLETED, você pode encontrar um arquivo de saída chamado outfile.txt no bucket de saída do Amazon S3, em uma pasta com o nome do ID de execução.

A operação da API get-run também retorna outros detalhes, como se o fluxo de trabalho é Ready2Run ouPRIVATE, o mecanismo do fluxo de trabalho e os detalhes do acelerador. O exemplo a seguir mostra a resposta para get-run para uma execução de um fluxo de trabalho privado, descrita na WDL com um acelerador de GPU e sem tags atribuídas à execução.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a" 
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a86976048f6cad5ac",
    "accelerators": "GPU",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket1",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/<role_name>",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}                        

Você pode ver o status de todas as execuções com a operação da API list-runs, conforme mostrado.

 aws omics list-runs

Para ver todas as tarefas concluídas em uma execução específica, use a list-run-tasksAPI.

 aws omics list-run-tasks --id task ID

Para obter os detalhes de qualquer tarefa específica, use a get-run-task API.

 aws omics get-run-task --id <run_id> --task-id task ID

Após a conclusão da execução, os metadados são enviados para o CloudWatch subfluxo. manifest/run/<run ID>/<run UUID>

Veja a seguir um exemplo do manifesto.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...                        

Os metadados de execução não são excluídos se não estiverem presentes nos CloudWatch registros. Você também pode usar o ID de execução para executar novamente as execuções do fluxo de trabalho usando a ferramenta CLI. Saiba mais e baixe a ferramenta no GitHub repositório de HealthOmics ferramentas.

Executando novamente uma execução de fluxo de trabalho

O exemplo a seguir mostra como usar a rerun ferramenta para executar novamente uma execução. Você precisa do ID de execução, que pode ser recuperado dos CloudWatch registros.

omics-rerun 9876543 --name workflow name --retention-mode REMOVE                     

Se a execução existir em CloudWatch, você receberá uma resposta semelhante à seguinte.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}    

Se o fluxo de trabalho não existir mais, você receberá uma mensagem de erro.