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Comece uma corrida em HealthOmics

Ao iniciar uma execução, você especifica os recursos que são HealthOmics alocados para uso durante a execução.

Especifique o tipo de armazenamento executado e a quantidade de armazenamento (para armazenamento estático). Para garantir o isolamento e a segurança dos dados, HealthOmics provisiona o armazenamento no início de cada execução e o desprovisiona no final da execução. Para obter informações adicionais, consulte Execute tipos de armazenamento em HealthOmics fluxos de trabalho.

Especifique uma localização do Amazon S3 para os arquivos de saída. Se você executa um grande volume de fluxos de trabalho simultaneamente, use uma URIs saída separada do Amazon S3 para cada fluxo de trabalho para evitar a limitação do bucket. Para obter mais informações, consulte Organização de objetos usando prefixos no Guia do usuário do Amazon S3 e Dimensione conexões de armazenamento horizontalmente no whitepaper Otimizando o desempenho do Amazon S3.

Você também pode especificar a prioridade de execução. O impacto da prioridade na execução depende de a execução estar associada a um grupo de execução. Para obter informações adicionais, consulte Prioridade de execução.

Se um fluxo de trabalho tiver uma ou mais versões, você poderá especificar uma versão ao iniciar a execução. Se você não especificar uma versão, HealthOmics iniciará a versão padrão do fluxo de trabalho.

Ao usar a HealthOmics API, você pode fornecer um ID de solicitação exclusivo para cada execução. O ID da solicitação é um token de idempotência HealthOmics usado para identificar solicitações duplicadas e inicia a execução apenas uma vez.

HealthOmics parâmetros de execução

Ao iniciar uma execução, você especifica as entradas de execução no arquivo JSON dos parâmetros de execução ou pode inserir os valores dos parâmetros em linha. Para obter informações sobre como gerenciar o tamanho do arquivo JSON de parâmetros de execução, consulteGerenciando o tamanho dos parâmetros de execução.

HealthOmics suporta os seguintes tipos de JSON para valores de parâmetros.

Iniciando uma execução usando o console

Iniciando uma execução usando a API

Use a operação da API start-run para criar e iniciar uma execução.

O exemplo a seguir especifica a ID do fluxo de trabalho e a função de serviço. Este exemplo define o modo de retenção comoREMOVE. Para obter mais informações sobre o modo de retenção, consulteExecute o modo de retenção para HealthOmics corridas.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name workflow name \
     --retention-mode REMOVE

Em resposta, você obtém a seguinte saída. uuidÉ exclusivo para a execução e, junto com ele, outputUri pode ser usado para rastrear onde os dados de saída são gravados.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....:run/1234567", 
    "id": "123456789",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a"
    "status": "PENDING"
}                

xx

Se o modelo de parâmetro de um fluxo de trabalho declarar quaisquer parâmetros necessários, você poderá fornecer um arquivo JSON local das entradas ao iniciar a execução de um fluxo de trabalho. O arquivo JSON contém o nome exato de cada parâmetro de entrada e um valor para o parâmetro.

Faça referência ao arquivo JSON de entrada no AWS CLI adicionando --parameters file://<input_file.json> à sua start-run solicitação. Para obter mais informações sobre os parâmetros de execução, consulteHealthOmics entradas de execução.

xx

Você pode fornecer um item exclusivo requestId para cada corrida. O ID da solicitação é um token de idempotência HealthOmics usado para identificar solicitações duplicadas e inicia a execução apenas uma vez.

Se você usa infraestrutura (como funções Lambda ou funções de etapas) para orquestrar o início da execução, a melhor prática é fornecer um ID de solicitação exclusivo em cada solicitação. StartRun Isso garante que, se sua infraestrutura realizar uma nova tentativa (como se recuperar de erros anteriores), HealthOmics não inicie uma execução duplicada.

xx

Você pode especificar uma versão do fluxo de trabalho para a execução.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --workflow-version-name '1.2.1' 

xx

Você pode substituir o tipo de armazenamento de execução padrão, que é especificado no fluxo de trabalho.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --storage-type STATIC
     --storage-capacity 2400 

xx

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name GPUTestRunModel \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1                       

Obtenha informações sobre uma corrida

Você pode usar o ID na resposta com a API get-run para verificar o status de uma execução, conforme mostrado.

aws omics get-run --id run id

A resposta dessa operação de API informa o status da execução do fluxo de trabalho. Os status possíveis são PENDINGSTARTING,RUNNING, e. COMPLETED Quando uma execução é executadaCOMPLETED, você pode encontrar um arquivo de saída chamado outfile.txt no bucket de saída do Amazon S3, em uma pasta com o nome do ID de execução.

A operação da API get-run também retorna outros detalhes, como se o fluxo de trabalho é Ready2Run ouPRIVATE, o mecanismo do fluxo de trabalho e os detalhes do acelerador. O exemplo a seguir mostra a resposta para get-run para uma execução de um fluxo de trabalho privado, descrita na WDL com um acelerador de GPU e sem tags atribuídas à execução.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a" 
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a86976048f6cad5ac",
    "accelerators": "GPU",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket1",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/<role_name>",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}                        

Você pode ver o status de todas as execuções com a operação da API list-runs, conforme mostrado.

 aws omics list-runs

Para ver todas as tarefas concluídas em uma execução específica, use a list-run-tasksAPI.

 aws omics list-run-tasks --id task ID

Para obter os detalhes de qualquer tarefa específica, use a get-run-task API.

 aws omics get-run-task --id <run_id> --task-id task ID

Após a conclusão da execução, os metadados são enviados para o CloudWatch subfluxo. manifest/run/<run ID>/<run UUID>

Veja a seguir um exemplo do manifesto.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...                        

Os metadados de execução não são excluídos se não estiverem presentes nos CloudWatch registros.