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Especificações da definição do fluxo de trabalho do Nextflow

HealthOmics suporta Nextflow e. DSL1 DSL2 Para obter detalhes, consulte Suporte à versão Nextflow.

O Nextflow DSL2 é baseado na linguagem de programação Groovy, portanto, os parâmetros são dinâmicos e a coerção de tipos é possível usando as mesmas regras do Groovy. Os parâmetros e valores fornecidos pelo JSON de entrada estão disponíveis no mapa parameters (params) do fluxo de trabalho.

Usando plug-ins nf-schema e nf-validation

HealthOmics fornece o seguinte suporte para plug-ins Nextflow:

Especificando o armazenamento URIs

Quando um Amazon S3 ou HealthOmics URI é usado para construir um arquivo Nextflow ou objeto de caminho, ele disponibiliza o objeto correspondente para o fluxo de trabalho, desde que o acesso de leitura seja concedido. O uso de prefixos ou diretórios é permitido para o Amazon S3. URIs Para obter exemplos, consulte Formatos de parâmetros de entrada do Amazon S3.

HealthOmics suporta o uso de padrões globais no Amazon URIs S3 HealthOmics ou no Storage. URIs Use padrões Glob na definição do fluxo de trabalho para a criação de path nossos file canais.

Definindo a duração máxima da tarefa usando diretivas de tempo

HealthOmics fornece uma cota ajustável (consulteHealthOmics cotas de serviço) para especificar a duração máxima de uma execução. Para fluxos de trabalho do Nextflow v23 e v24, você também pode especificar a duração máxima das tarefas usando as diretivas de tempo do Nextflow.

Durante o desenvolvimento de um novo fluxo de trabalho, definir a duração máxima da tarefa ajuda você a capturar tarefas descontroladas e tarefas de longa execução.

Para obter mais informações sobre a diretiva de tempo do Nextflow, consulte a diretiva de tempo na referência do Nextflow.

HealthOmics fornece o seguinte suporte para as diretivas de horário do Nextflow:

Especifique a duração do tempo limite usando uma ou mais das seguintes unidades:ms,s, mh, oud. Você pode especificar as diretivas de horário no arquivo de configuração do Nextflow e na definição do fluxo de trabalho. A lista a seguir mostra a ordem de precedência, da menor para a maior prioridade:

O exemplo a seguir mostra como especificar a configuração global no arquivo de configuração do Nextflow. Ele define um tempo limite global de 1 hora e 30 minutos:

process {
    time = '1h30m'
}     

O exemplo a seguir mostra como especificar uma diretiva de horário na seção de tarefas da definição do fluxo de trabalho. Este exemplo define um tempo limite de 3 dias, 5 horas e 4 minutos. Esse valor tem precedência sobre o valor global no arquivo de configuração, mas não tem precedência sobre uma diretiva de tempo específica da tarefa no arquivo de my_label configuração:

process myTask {
    label 'my_label'
    time '3d5h4m'
        
    script:
    """
    your-command-here
    """
}     

O exemplo a seguir mostra como especificar diretivas de horário específicas da tarefa no arquivo de configuração do Nextflow, com base nos seletores de nome ou rótulo. Este exemplo define um valor global de tempo limite da tarefa de 30 minutos. Ele define um valor de 2 horas para a tarefa myTask e define um valor de 3 horas para tarefas com rótulomy_label. Para tarefas que correspondem ao seletor, esses valores têm precedência sobre o valor global e o valor na definição do fluxo de trabalho:

process {
    time = '30m'
    
    withLabel: 'my_label' {
        time = '3h'  
    }

    withName: 'myTask' {
        time = '2h'  
    }
}     

Exportação do conteúdo da tarefa

Para fluxos de trabalho escritos em Nextflow, defina uma diretiva PublishDir para exportar o conteúdo da tarefa para seu bucket de saída do Amazon S3. Conforme mostrado no exemplo a seguir, defina o valor publishDir como/mnt/workflow/pubdir. Para exportar arquivos para o Amazon S3, os arquivos devem estar nesse diretório.

 nextflow.enable.dsl=2
              
  workflow {
    CramToBamTask(params.ref_fasta, params.ref_fasta_index, params.ref_dict, params.input_cram, params.sample_name)
    ValidateSamFile(CramToBamTask.out.outputBam)
  }
  
  process CramToBamTask {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        path ref_fasta
        path ref_fasta_index
        path ref_dict
        path input_cram
        val sample_name
  
    output:
        path "${sample_name}.bam", emit: outputBam
        path "${sample_name}.bai", emit: outputBai
  
    script:
    """
        set -eo pipefail
  
        samtools view -h -T $ref_fasta $input_cram |
        samtools view -b -o ${sample_name}.bam -
        samtools index -b ${sample_name}.bam
        mv ${sample_name}.bam.bai ${sample_name}.bai
    """
  }
  
  process ValidateSamFile {
    container "<account>.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/genomes-in-the-cloud"
  
    publishDir "/mnt/workflow/pubdir"
  
    input:
        file input_bam
  
    output:
        path "validation_report"
  
    script:
    """
        java -Xmx3G -jar /usr/gitc/picard.jar \
        ValidateSamFile \
        INPUT=${input_bam} \
        OUTPUT=validation_report \
        MODE=SUMMARY \
        IS_BISULFITE_SEQUENCED=false
    """
  }