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Obtenha informações sobre a execução - AWS HealthOmics
Obtenha o status e os detalhes da execuçãoListar todas as corridasListar tarefas em uma execuçãoObtenha detalhes da tarefaExecute metadados em CloudWatch

As traduções são geradas por tradução automática. Em caso de conflito entre o conteúdo da tradução e da versão original em inglês, a versão em inglês prevalecerá.

Obtenha informações sobre a execução

Depois de iniciar uma execução, você pode recuperar seu status, configuração e detalhes no nível da tarefa usando a API. HealthOmics Esta página descreve como:

Obtenha o status e os detalhes da execução

Use a operação GetRun da API para verificar o status e recuperar detalhes de uma execução específica. Você precisa do ID de execução, que é retornado quando você inicia uma execução.

aws omics get-run --id run_id
Encontrando o ID de execução

Você pode encontrar o ID de execução das seguintes formas:

  • Da resposta da StartRun API — o id campo é retornado quando você inicia uma execução.

  • No HealthOmics console — na página Execuções, o ID da execução é exibido na primeira coluna da lista de execuções.

  • Da ListRuns API — lista todas as execuções em sua conta com seus IDs.

A resposta inclui o status da execução, detalhes do fluxo de trabalho, informações do acelerador e registros de data e hora. Os possíveis status de execução são:

Status Description
PENDING A execução foi enviada e está aguardando o início.
STARTING HealthOmics está provisionando recursos para a execução.
RUNNING A execução está executando tarefas ativamente.
COMPLETED A execução foi concluída com sucesso. Os arquivos de saída estão disponíveis no local de saída do Amazon S3.
FAILED A execução encontrou um erro. Consulte Motivos de falha na execução.
CANCELLED A execução foi cancelada pelo usuário.

Quando uma execução é executadaCOMPLETED, você pode encontrar os arquivos de saída em seu bucket de saída do Amazon S3, em uma pasta com o nome do ID de execução.

Exemplo de resposta

O exemplo a seguir mostra a resposta para uma execução completa de um fluxo de trabalho WDL privado com um acelerador de GPU:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Campos-chave na resposta

Campo Description
uuid Identificador universalmente exclusivo para a corrida. Além outputUri disso, pode ser usado para rastrear onde os dados de saída são gravados.
status Status de execução atual (consulte a tabela anterior).
workflowType Se o fluxo de trabalho é PRIVATE ouREADY2RUN.
accelerators Tipo de acelerador usado (por exemplo,GPU), se aplicável.
digest SHA-256 resumo da definição do fluxo de trabalho.
creationTime Quando a execução foi enviada.
startTime Quando a execução começou a ser executada.
stopTime Quando a execução terminou ou foi cancelada.
engineSettings Configurações do motor aplicadas à corrida. Esse campo é retornado somente para fluxos de trabalho do Nextflow. Se você especificar as configurações do mecanismo para fluxos de trabalho WDL ou CWL, elas serão ignoradas silenciosamente e esse campo não estará presente na resposta. GetRun Consulte Especifique as configurações do mecanismo Nextflow.

Exemplo de resposta para uma execução do Nextflow com configurações do motor

Para execuções do Nextflow que foram iniciadas com as configurações do motor, a GetRun resposta inclui um engineSettings mapa que reflete os valores aplicados à execução. O exemplo a seguir mostra uma execução que foi iniciada com uma versão de motor fixada e dois perfis.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

O engineSettings campo é retornado somente para fluxos de trabalho do Nextflow. Para fluxos de trabalho de WDL e CWL, esse campo não está presente na resposta. Para obter mais informações, consulte Especifique as configurações do mecanismo Nextflow.

Listar todas as corridas

Use a operação ListRuns da API para ver todas as execuções em sua conta:

aws omics list-runs

A resposta retorna uma lista paginada de execuções com informações resumidas, incluindo ID da execução, nome, status e timestamps. Use o --starting-token parâmetro para recuperar páginas adicionais.

Listar tarefas em uma execução

Use a operação ListRunTasks da API para ver todas as tarefas concluídas em uma execução específica:

aws omics list-run-tasks --id run_id

A resposta retorna uma lista de tarefas com suas informações de status, alocação de recursos e tempo.

Obtenha detalhes da tarefa

Use a operação GetRunTask da API para obter informações detalhadas sobre uma tarefa específica em uma execução:

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

A resposta inclui detalhes no nível da tarefa, como CPU, alocação de memória, imagem do contêiner e status da tarefa.

Execute metadados em CloudWatch

Depois que a execução é concluída, HealthOmics envia os metadados da execução para o CloudWatch Logs abaixo do stream:

manifest/run/run_id/run_uuid

O manifesto inclui a configuração completa da execução, parâmetros de entrada, resumos de recursos e detalhes no nível da tarefa. Veja a seguir um exemplo do manifesto:

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

Para obter mais informações sobre os registros disponíveis CloudWatch para HealthOmics execuções, consulteMonitoramento HealthOmics com CloudWatch registros.

nota

Os metadados de execução não são excluídos dos CloudWatch registros, mesmo quando você remove a execução de HealthOmics. Você pode usar CloudWatch para acessar metadados de execuções que não estão mais disponíveis por meio da HealthOmics API.