Criando ou atualizando um fluxo de trabalho - AWS HealthOmics

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Criando ou atualizando um fluxo de trabalho

Para criar um fluxo de trabalho privado, você precisa:

  • Workflow definition file:Um arquivo de definição de fluxo de trabalho escrito em WDLNextflow,, ouCWL. A definição do fluxo de trabalho especifica as entradas e saídas para execuções que usam o fluxo de trabalho. Também inclui especificações para as execuções e tarefas de execução do seu fluxo de trabalho, incluindo requisitos de computação e memória. O arquivo de definição do fluxo de trabalho deve estar no .zip formato. Para obter mais informações, consulte Arquivos de definição de fluxo de trabalho em HealthOmics.

  • (Optional) Parameter template file:Um arquivo de modelo de parâmetro escrito emJSON. Crie o arquivo para definir os parâmetros de execução ou HealthOmics gere o modelo de parâmetro para você. Para obter mais informações, consulte Arquivos de modelo de parâmetros para HealthOmics fluxos de trabalho.

  • Amazon ECR container images:Crie repositórios privados do Amazon ECR para cada contêiner usado no fluxo de trabalho. Crie imagens de contêiner para o fluxo de trabalho e armazene-as em um repositório privado ou sincronize o conteúdo de um registro upstream compatível com seu repositório privado ECR.

  • (Optional) Sentieon licenses:Solicite uma Sentieon licença para usar o Sentieon software em fluxos de trabalho privados.

Para arquivos de definição de fluxo de trabalho maiores que 4 MiB (zipados), escolha uma dessas opções durante a criação do fluxo de trabalho:

  • Faça o upload para uma pasta do Amazon Simple Storage Service e especifique a localização.

  • Faça o upload para um repositório externo (tamanho máximo de 1 GiB) e especifique os detalhes do repositório.

Depois de criar um fluxo de trabalho, você pode atualizar as seguintes informações do fluxo de trabalho com a UpdateWorkflow operação:

  • Nome

  • Descrição

  • Tipo de armazenamento padrão

  • Capacidade de armazenamento padrão (com ID do fluxo de trabalho)

  • Arquivo README.md

Para alterar outras informações no fluxo de trabalho, crie um novo fluxo de trabalho ou uma nova versão do fluxo de trabalho.

Use o controle de versão do fluxo de trabalho para organizar e estruturar seus fluxos de trabalho. As versões também ajudam você a gerenciar a introdução de atualizações iterativas do fluxo de trabalho. Para obter mais informações sobre versões, consulte Crie uma versão do fluxo de trabalho.

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