Começando com HealthOmics - AWS HealthOmics
Usando um fluxo de trabalho Ready2Run no console HealthOmics Exemplo de solicitações para Amazon Q CLI

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Começando com HealthOmics

Para começar HealthOmics, certifique-se de ter configurado corretamente suas permissões e funções do IAM para HealthOmics.

Usando um fluxo de trabalho Ready2Run no console HealthOmics

O exercício a seguir mostra como usar um fluxo de trabalho do Ready2Run. Um fluxo de trabalho do Ready2Run é pré-configurado com os parâmetros e referências de ferramentas necessários para executar o fluxo de trabalho. O editor do fluxo de trabalho fornece dados de amostra, para que você não precise criar seus próprios dados.

  1. Abra o console de HealthOmics .

  2. Selecione o painel de navegação (≡) no canto superior esquerdo e selecione fluxos de trabalho Ready2Run.

  3. Na página de fluxos de trabalho do Ready2Run, escolha o fluxo de trabalho. ESMFold for up to 800 residues O console abre a página de detalhes desse fluxo de trabalho.

  4. A guia de detalhes fornece informações sobre o fluxo de trabalho. Para testar o fluxo de trabalho, no canto superior direito da página, selecione Iniciar execução.

  5. Na página Especificar detalhes da execução, insira um nome de execução.

  6. Insira ou selecione um local do Amazon S3 para a saída da execução.

  7. Para o modo de retenção de metadados Executar, escolha se deseja reter ou remover dados runmeta.

  8. No painel Função de serviço, escolha Criar e usar uma nova função de serviço.

  9. Escolha Próximo.

  10. Na página Adicionar valores de parâmetros, escolha Executar fluxo de trabalho com dados de teste do Ready2Run.

  11. Escolha Próximo.

  12. Revise suas entradas e escolha Iniciar execução.

Exemplo de solicitações para Amazon Q CLI

O Amazon Q CLI pode executar fluxos de trabalho genômicos e tarefas de análise usando comandos de linguagem natural. AWS HealthOmics Os exemplos de prompts a seguir permitem criar fluxos de trabalho, gerenciar execuções e analisar dados genômicos. Para obter mais informações e exemplos de solicitações HealthOmics, consulte o tutorial de IA generativa da HealthOmics Agentic em. GitHub

  • “Crie um arquivo de fluxo de trabalho da WDL 1.1 à medida main.wdl que ele será executado HealthOmics. O fluxo de trabalho terá um genoma de referência como entrada e pares de arquivos fastq. Ele indexará o genoma de referência usando o BWA e, em seguida, mapeará cada par de arquivos fastq para a referência. Por fim, mescle cada BAM mapeado em um único arquivo BAM e imprima esse arquivo e seu índice bai.”

  • “Package o fluxo de trabalho e crie-o em HealthOmics”

  • “Atualize o arquivo inputs.json para usar arquivos reais do meu bucket do Amazon S3omics-my-bucket-with-genome-data" (forneça uma localização específica do bucket do Amazon S3 ou deixe o Amazon Q explorar)

  • “Encontre contêineres adequados em meus repositórios Amazon ECR e atualize inputs.json para usá-los”

  • “Encontre ou crie uma função do IAM adequada para usar ao executar o fluxo de trabalho”

  • “Criar um cache de execução para meu fluxo de trabalho”

  • “Execute o fluxo de trabalho em HealthOmics”

  • “Verifique o status da execução”

Atenção

Ao trabalhar com o Amazon Q CLI, revise todo o conteúdo gerado e as ações propostas antes de continuar. Forneça feedback para melhorar a qualidade da resposta e atender aos requisitos do seu fluxo de trabalho. Para obter mais informações, consulte Considerações de segurança e melhores práticas para o Amazon Q.