Importando dados FHIR com AWS HealthLake - AWS HealthLake

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Importando dados FHIR com AWS HealthLake

Depois de criar um armazenamento de HealthLake dados, a próxima etapa é importar arquivos de um bucket do Amazon Simple Storage Service (S3). Você pode iniciar um trabalho de importação do FHIR usando o AWS Management Console, AWS CLI, ou. AWS SDKs Use AWS HealthLake ações nativas para iniciar, descrever e listar trabalhos de importação do FHIR.

Importante

HealthLake suporta a especificação FHIR R4 para troca de dados de assistência médica. Se necessário, você pode trabalhar com um AWS HealthLake parceiro para converter seus dados de saúde para o formato FHIR R4 antes da importação.

Ao iniciar um trabalho de importação do FHIR, você especifica um local de entrada do bucket do Amazon S3, um local de saída do bucket do Amazon S3 (para resultados do processamento do trabalho), uma função do IAM que concede acesso HealthLake aos seus buckets do Amazon S3 e uma chave de propriedade ou propriedade do cliente. AWS AWS Key Management Service Para obter mais informações, consulte Configurando permissões para trabalhos de importação.

nota

Você pode colocar trabalhos de importação em fila. As tarefas de importação assíncronas são processadas de forma FIFO (First In First Out). Você pode colocar trabalhos na fila da mesma forma que inicia a importação de trabalhos. Se um estiver em andamento, ele simplesmente entrará na fila. Você pode criar, ler, atualizar ou excluir recursos do FHIR enquanto um trabalho de importação está em andamento.

HealthLake gera um manifest.json arquivo para cada trabalho de importação do FHIR. O arquivo descreve os sucessos e as falhas de um trabalho de importação do FHIR. HealthLake envia o manifest.json arquivo para o bucket do Amazon S3 especificado ao iniciar um trabalho de importação do FHIR. Os arquivos de log são organizados em duas pastas, chamadas SUCCESS FAILURE e. Use o manifest.json arquivo como a primeira etapa para solucionar uma falha na tarefa de importação, pois ele fornece detalhes sobre cada arquivo.

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
Configurando o nível de validação para importações

Ao iniciar um trabalho de importação do FHIR, você pode, opcionalmente, especificar um ValidationLevel para aplicar a cada recurso. AWS HealthLake atualmente suporta os seguintes níveis de validação:

  • strict: os recursos são validados de acordo com o elemento de perfil do recurso ou com a especificação R4 se nenhum perfil estiver presente. Esse é o nível de validação padrão para AWS HealthLake.

  • structure-only: os recursos são validados em relação ao R4, ignorando quaisquer perfis referenciados.

  • minimal: os recursos são validados minimamente, ignorando certas regras do R4. Os recursos que falharem nas verificações de estrutura exigidas search/analytics serão atualizados para incluir um aviso para auditoria.

Ao importar usando o nível de minimal validação, arquivos de log adicionais podem ser gerados em uma pasta chamadaSUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES. Os recursos dos arquivos de log dessa pasta foram ingeridos em seu armazenamento de dados, apesar de falharem nas verificações de validação relacionadas à pesquisa. Isso significa que certos aspectos do seu recurso FHIR eram inválidos de acordo com o FHIR, e campos malformados podem não ser pesquisáveis. Esses recursos terão um extension anexo descrevendo a referida falha.

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