Execute simulações de dinâmica molecular GROMACS no Deadline Cloud

O pacote de tarefas gromacs_md executa um pipeline de simulação de dinâmica molecular GROMACS desde a estrutura da proteína bruta até a trajetória analisada. A tubulação executa a preparação do sistema, minimização de energia, NVT/NPT equilíbrio, MD de produção e análise (RMSD, RMSF, raio de rotação, ligações de hidrogênio). Várias réplicas independentes se espalham paralelamente por meio do MaxReplicaIndex parâmetro.

O pacote requer um farm Deadline Cloud com uma frota Linux x86_64 gerenciada por serviços (mínimo de 4 vCPUs) e um ambiente de fila conda com from. gromacs conda-forge Nenhum script de configuração do host ou receita personalizada de conda é necessário.

O pacote inclui dados de amostra para lisozima de clara de ovo de galinha (PDB: 1AKI) e arquivos de parâmetros MDP abaixo. sample_inputs/mdp/

No job_bundles diretório, envie o trabalho:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Para executar 10 réplicas independentes em paralelo:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"