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# Execute simulações de dinâmica molecular GROMACS no Deadline Cloud
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

O pacote de tarefas [gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) executa um pipeline de simulação de dinâmica molecular [GROMACS](https://www.gromacs.org/) desde a estrutura da proteína bruta até a trajetória analisada. A tubulação executa a preparação do sistema, minimização de energia, NVT/NPT equilíbrio, MD de produção e análise (RMSD, RMSF, raio de rotação, ligações de hidrogênio). Várias réplicas independentes se espalham paralelamente por meio do `MaxReplicaIndex` parâmetro.

O pacote requer um farm Deadline Cloud com uma frota Linux x86\_64 gerenciada por serviços (mínimo de 4 vCPUs) e um ambiente de fila conda com from. `gromacs` `conda-forge` Nenhum script de configuração do host ou receita personalizada de conda é necessário.

O pacote inclui dados de amostra para lisozima de clara de ovo de galinha (PDB: 1AKI) e arquivos de parâmetros MDP abaixo. `sample_inputs/mdp/`

No `job_bundles` diretório, envie o trabalho:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

Para executar 10 réplicas independentes em paralelo:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```