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실행 정보 가져오기

실행을 시작한 후 HealthOmics API를 사용하여 상태, 구성 및 작업 수준 세부 정보를 검색할 수 있습니다. 이 페이지에서는 다음을 수행하는 방법을 설명합니다.

실행 상태 및 세부 정보 가져오기

GetRun API 작업을 사용하여 상태를 확인하고 특정 실행의 세부 정보를 검색합니다. 실행을 시작할 때 반환되는 실행 ID가 필요합니다.

aws omics get-run --id run_id

응답에는 실행 상태, 워크플로 세부 정보, 액셀러레이터 정보 및 타임스탬프가 포함됩니다. 가능한 실행 상태는 다음과 같습니다.

실행이 인 경우 Amazon S3 출력 버킷의 실행 ID에서 이름이 인 폴더에서 출력 파일을 찾을 COMPLETED수 있습니다.

응답의 예

다음 예제는 GPU 액셀러레이터를 사용한 프라이빗 WDL 워크플로의 완료된 실행에 대한 응답을 보여줍니다.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

응답의 키 필드

엔진 설정이 있는 Nextflow 실행에 대한 응답 예제

엔진 설정으로 시작된 Nextflow 실행의 경우 GetRun 응답에는 실행에 적용된 값을 반영하는 engineSettings 맵이 포함됩니다. 다음 예제는 고정된 엔진 버전과 두 개의 프로파일로 시작된 실행을 보여줍니다.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

engineSettings 필드는 Nextflow 워크플로에 대해서만 반환됩니다. WDL 및 CWL 워크플로의 경우이 필드는 응답에 표시되지 않습니다. 자세한 내용은 Nextflow 엔진 설정 지정 단원을 참조하십시오.

모든 실행 나열

ListRuns API 작업을 사용하여 계정의 모든 실행을 확인합니다.

aws omics list-runs

응답은 실행 ID, 이름, 상태 및 타임스탬프를 포함한 요약 정보와 함께 페이지가 매겨진 실행 목록을 반환합니다. --starting-token 파라미터를 사용하여 추가 페이지를 검색합니다.

실행의 작업 나열

ListRunTasks API 작업을 사용하여 특정 실행 내에서 완료된 모든 작업을 확인합니다.

aws omics list-run-tasks --id run_id

응답은 상태, 리소스 할당 및 타이밍 정보가 포함된 작업 목록을 반환합니다.

작업 세부 정보 가져오기

GetRunTask API 작업을 사용하여 실행 내의 특정 작업에 대한 세부 정보를 가져옵니다.

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

응답에는 CPU, 메모리 할당, 컨테이너 이미지 및 작업 상태와 같은 작업 수준 세부 정보가 포함됩니다.

CloudWatch에서 메타데이터 실행

실행이 완료되면 HealthOmics는 실행 메타데이터를 스트림 아래의 CloudWatch Logs로 전송합니다.

manifest/run/run_id/run_uuid

매니페스트에는 전체 실행 구성, 입력 파라미터, 리소스 다이제스트 및 작업 수준 세부 정보가 포함됩니다. 다음은 매니페스트의 예입니다.

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

CloudWatch for HealthOmics 실행에서 사용 가능한 로그에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요CloudWatch Logs를 사용하여 HealthOmics 모니터링.