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HealthOmics에서 실행 시작

실행을 시작할 때 실행 스토리지 유형 및 스토리지 양(정적 스토리지용)을 설정할 수 있습니다. 자세한 내용은 HealthOmics 워크플로에서 스토리지 유형 실행 섹션을 참조하세요.

실행 우선 순위도 설정합니다. 우선순위가 실행에 미치는 영향은 실행이 실행 그룹과 연결되어 있는지 여부에 따라 달라집니다. 자세한 내용은 실행 우선 순위 섹션을 참조하세요.

워크플로 버전을 하나 이상 생성한 경우 실행을 시작할 때 버전을 지정할 수 있습니다. 버전을 지정하지 않으면 HealthOmics가 기본 워크플로 버전을 시작합니다.

출력 파일의 Amazon S3 위치를 지정합니다. 대량의 워크플로를 동시에 실행하는 경우 버킷 제한이 발생하지 않도록 각 워크플로에 대해 별도의 Amazon S3 출력 URIs를 사용합니다. 자세한 내용은 Amazon S3 사용 설명서의 접두사를 사용하여 객체 구성 및 Amazon S3 성능 최적화 백서의 스토리지 연결 수평 조정을 참조하세요.

HealthOmics 실행 파라미터

실행을 시작할 때 실행 파라미터 JSON 파일에 실행 입력을 지정하거나 파라미터 값을 인라인으로 입력할 수 있습니다. 실행 파라미터 JSON 파일의 크기 관리에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요실행 파라미터 크기 관리.

HealthOmics는 파라미터 값에 대해 다음과 같은 JSON 유형을 지원합니다.

콘솔을 사용하여 실행 시작

API를 사용하여 실행 시작

생성한 IAM 역할 및 Amazon S3 버킷과 함께 시작 실행 API 작업을 사용합니다. 이 예제에서는 보존 모드를 로 설정합니다REMOVE. 보존 모드에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요HealthOmics 실행에 대한 보존 모드 실행.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name workflow name \
     --retention-mode REMOVE

이에 대한 응답으로 다음 출력을 얻습니다. uuid는 실행에 고유하며와 함께 출력 데이터가 기록되는 위치를 추적하는 데 사용할 outputUri 수 있습니다.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....:run/1234567", 
    "id": "123456789",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a"
    "status": "PENDING"
}                

워크플로의 파라미터 템플릿이 필요한 파라미터를 선언하는 경우 워크플로 실행을 시작할 때 입력의 로컬 JSON 파일을 제공할 수 있습니다. JSON 파일에는 각 입력 파라미터의 정확한 이름과 파라미터 값이 포함됩니다.

start-run 요청에를 AWS CLI 추가하여의 입력 JSON 파일을 참조--parameters file://<input_file.json>합니다. 실행 파라미터에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요HealthOmics 실행 입력.

실행에 대한 워크플로 버전을 지정할 수 있습니다.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --workflow-version-name '1.2.1' 

워크플로에 지정된 기본 실행 스토리지 유형을 재정의할 수 있습니다.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
      ...
     --storage-type STATIC
     --storage-capacity 2400 

그림과 같이 GPU 워크플로 ID와 함께 시작 실행 API를 사용할 수도 있습니다.

aws omics start-run 
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --name GPUTestRunModel \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1                       

워크플로 실행에 대한 정보 가져오기

다음과 같이 get-run API와 함께 응답의 ID를 사용하여 실행 상태를 확인할 수 있습니다.

aws omics get-run --id run id

이 API 작업의 응답은 워크플로 실행 상태를 알려줍니다. 가능한 상태는 PENDING, STARTING, RUNNING및 입니다COMPLETED. 실행이 인 경우 출력 Amazon S3 버킷outfile.txt의 라는 출력 파일을 실행 ID의 이름을 따서 라는 폴더에서 찾을 COMPLETED수 있습니다.

또한 get-run API 작업은 워크플로가 Ready2Run 또는 인지 여부, 워크플로 엔진 및 액셀러레이터 세부 정보와 같은 기타 세부 정보를 반환PRIVATE합니다. 다음 예제에서는 GPU 액셀러레이터가 있고 실행에 태그가 할당되지 않은 WDL에 설명된 프라이빗 워크플로 실행을 위한 get-run에 대한 응답을 보여줍니다.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid":"96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri":"s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a" 
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a86976048f6cad5ac",
    "accelerators": "GPU",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket1",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/<role_name>",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}                        

다음과 같이 list-runs API 작업을 사용하여 모든 실행의 상태를 볼 수 있습니다.

 aws omics list-runs

특정 실행에 대해 완료된 모든 작업을 보려면 list-run-tasks API를 사용합니다.

 aws omics list-run-tasks --id task ID

특정 작업의 세부 정보를 가져오려면 get-run-task API를 사용합니다.

 aws omics get-run-task --id <run_id> --task-id task ID

실행이 완료되면 메타데이터가 스트림 아래의 CloudWatch로 전송됩니다manifest/run/<run ID>/<run UUID>.

다음은 매니페스트의 예입니다.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...                        

CloudWatch 로그에 메타데이터가 없으면 실행 메타데이터가 삭제되지 않습니다. 실행 ID를 사용하여 CLI 도구를 사용하여 워크플로 실행을 다시 실행할 수도 있습니다. 자세히 알아보고 HealthOmics Tool GitHub 리포지토리에서 도구를 다운로드합니다.

워크플로 실행 재실행

다음 예제에서는 rerun도구를 사용하여 실행을 다시 실행하는 방법을 보여줍니다. CloudWatch 로그에서 검색할 수 있는 실행 ID가 필요합니다.

omics-rerun 9876543 --name workflow name --retention-mode REMOVE                     

CloudWatch에 실행이 있는 경우 다음과 유사한 응답을 받게 됩니다.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}    

워크플로가 더 이상 존재하지 않으면 오류 메시지가 표시됩니다.