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Deadline Cloud에서 GROMACS 분자 역학 시뮬레이션 실행 - 기한 클라우드

기계 번역으로 제공되는 번역입니다. 제공된 번역과 원본 영어의 내용이 상충하는 경우에는 영어 버전이 우선합니다.

Deadline Cloud에서 GROMACS 분자 역학 시뮬레이션 실행

gromacs_md 작업 번들은 원시 단백질 구조에서 분석된 궤적에 이르기까지 GROMACS 분자 역학 시뮬레이션 파이프라인을 실행합니다. 파이프라인은 시스템 준비, 에너지 최소화, NVT/NPT 균형, 프로덕션 MD 및 분석(RMSD, RMSF, 이동 반경, 수력 결합)을 실행합니다. 여러 독립 복제본이 MaxReplicaIndex 파라미터를 통해 병렬로 팬아웃됩니다.

번들에는 Linux x86_64 서비스 관리형 플릿(최소 4개의 vCPU)이 있는 Deadline Cloud 팜과 gromacs의가 있는 conda 대기열 환경이 필요합니다conda-forge. 호스트 구성 스크립트나 사용자 지정 conda 레시피는 필요하지 않습니다.

번들에는 아래의 hen egg-white lyso©(PDB: 1AKI) 및 MDP 파라미터 파일에 대한 샘플 데이터가 포함되어 있습니다sample_inputs/mdp/.

job_bundles 디렉터리에서 작업을 제출합니다.

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

10개의 독립 복제본을 병렬로 실행하려면:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"