FHIR を使用した HealthLake データのエクスポート $export - AWS HealthLake

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FHIR を使用した HealthLake データのエクスポート $export

FHIR $export オペレーションを使用して、HealthLake データストアからデータを一括エクスポートできます。HealthLake は、 POSTおよび GETリクエスト$exportを使用した FHIR をサポートしています。でエクスポートリクエストを行うにはPOST、必要なアクセス許可を持つ IAM ユーザー、グループ、またはロールがあり、リクエスト$exportの一部として を指定し、リクエスト本文に必要なパラメータを含める必要があります。

注記

FHIR を使用して行われたすべての HealthLake エクスポートリクエスト$exportndjson形式で返され、Amazon S3 バケットにエクスポートされます。各 Amazon S3 オブジェクトには 1 つの FHIR リソースタイプのみが含まれます。

AWS アカウントサービスクォータごとにエクスポートリクエストをキューに入れることができます。詳細については、「Service Quotas」を参照してください。

HealthLake は、次の 3 種類の一括エクスポートエンドポイントリクエストをサポートしています。

HealthLake バルク$exportタイプ
エクスポートタイプ 説明 構文

システム

HealthLake FHIR サーバーからすべてのデータをエクスポートします。

POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/$export

すべての患者

患者リソースタイプに関連付けられたリソースタイプを含む、すべての患者に関連するすべてのデータをエクスポートします。

POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Patient/$export

GET https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Patient/$export

患者のグループ

グループ ID で指定された患者のグループに関連するすべてのデータをエクスポートします。

POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Group/id/$export

GET https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Group/id/$export

[開始する前に]

HealthLake 用の FHIR REST API を使用してエクスポートリクエストを行うには、次の要件を満たします。

  • エクスポートリクエストを行うために必要なアクセス許可を持つユーザー、グループ、またはロールを設定しておく必要があります。詳細については$export リクエストの承認を参照してください。

  • データをエクスポートする Amazon S3 バケットへの HealthLake アクセスを許可するサービスロールを作成しておく必要があります。サービスロールでは、サービスプリンシパルとして HealthLake も指定する必要があります。アクセス許可の設定の詳細については、「」を参照してくださいエクスポートジョブのアクセス許可の設定

$export リクエストの承認

FHIR REST API を使用してエクスポートリクエストを成功させるには、IAM または OAuth2.0. サービスロールも必要です。

IAM を使用したリクエストの承認

$export リクエストを行うときは、ユーザー、グループ、またはロールに IAM アクションがポリシーに含まれている必要があります。詳細については、「エクスポートジョブのアクセス許可の設定」を参照してください。

SMART on FHIR (OAuth 2.0) を使用したリクエストの承認

SMART on FHIR 対応 HealthLake データストアで$exportリクエストを行うときは、適切なスコープを割り当てる必要があります。詳細については、「HealthLake の FHIR リソーススコープに関する SMART」を参照してください。

注記

GET リクエスト$exportを含む FHIR では、ファイルのエクスポートと取得をリクエストするために、同じ認証方法またはベアラートークン (SMART on FHIR の場合) が必要です。$export で FHIR を使用してエクスポートされたファイルはGET、48 時間ダウンロードできます。

$export リクエストを行う

このセクションでは、FHIR REST API を使用してエクスポートリクエストを行うときに必要な手順について説明します。

AWS アカウントで誤って課金されないように、$export構文を指定せずにリクエストを実行してPOSTリクエストをテストすることをお勧めします。

リクエストを行うには、以下を実行する必要があります。

  1. サポートされているエンドポイント$exportPOSTリクエスト URL で を指定します。

  2. 必要なヘッダーパラメータを指定します。

  3. 必要なパラメータを定義するリクエスト本文を指定します。

ステップ 1: サポートされているエンドポイント$exportPOSTリクエスト URL で を指定します。

HealthLake は、3 種類の一括エクスポートエンドポイントリクエストをサポートしています。一括エクスポートリクエストを行うには、サポートされている 3 つのエンドポイントのいずれかに対して POSTベースのリクエストを行う必要があります。次の例は、リクエスト URL $exportで を指定する場所を示しています。

  • POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/$export

  • POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Patient/$export

  • POST https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/Group/id/$export

POST リクエスト文字列では、次のサポートされている検索パラメータを使用できます。

サポートされている検索パラメータ

HealthLake は、一括エクスポートリクエストで次の検索修飾子をサポートしています。

次の例には、リクエストを送信する前にエンコードする必要がある特殊文字が含まれています。

名前 必須? 説明
_outputFormat なし リクエストされたバルクデータファイルを生成する形式。使用できる値は application/fhir+ndjsonapplication/ndjson、 ですndjson
_type なし エクスポートジョブに含めるカンマ区切りの FHIR リソースタイプの文字列。すべてのリソースをエクスポートするとコストがかかる_type可能性があるため、 を含めることをお勧めします。 &_type=MedicationStatement, Observation
_since なし 日付タイムスタンプ以降に変更されたリソースタイプ。リソースタイプに最終更新時刻がない場合、レスポンスに含まれます。 &_since=2024-05-09T00%3A00%3A00Z

ステップ 2: 必要なヘッダーパラメータを指定する

FHIR REST API を使用してエクスポートリクエストを行うには、次のヘッダーパラメータを指定する必要があります。

  • Content-Type:application/fhir+json

  • 優先: respond-async

次に、リクエスト本文で必要な要素を指定する必要があります。

ステップ 3: で必要なパラメータを定義するリクエスト本文を指定します。

エクスポートリクエストには、 JSON形式の本文も必要です。本文には、次のパラメータを含めることができます。

キー 必須? 説明
DataAccessRoleArn あり HealthLake サービスロールの ARN。使用するサービスロールは、サービスプリンシパルとして HealthLake を指定する必要があります。 arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role
JobName なし エクスポートリクエストの名前。 your-export-job-name
S3Uri あり OutputDataConfig キーの一部。エクスポートされたデータがダウンロードされる送信先バケットの S3 URI。 s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB/
KmsKeyId あり OutputDataConfig キーの一部。Amazon S3 バケットの保護に使用される AWS KMS キーの ARN。 arn:aws:kms:region-of-bucket:123456789012:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab
例 FHIR REST API を使用して行われたエクスポートリクエストの本文

FHIR REST API を使用してエクスポートリクエストを行うには、次に示すように本文を指定する必要があります。

{ "DataAccessRoleArn": "arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role", "JobName": "your-export-job", "OutputDataConfig": { "S3Configuration": { "S3Uri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB", "KmsKeyId": "arn:aws:kms:region-of-bucket:444455556666:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab" } } }

リクエストが成功すると、次のレスポンスを受け取ります。

レスポンスヘッダー

content-location: https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/export/your-export-request-job-id

レスポンス本文

{ "datastoreId": "your-data-store-id", "jobStatus": "SUBMITTED", "jobId": "your-export-request-job-id" }

エクスポートリクエストの管理

エクスポートリクエストが成功したら、 を使用して現在のエクスポートリクエストのステータスを$export記述し、現在のエクスポートリクエストをキャンセル$exportして、リクエストを管理できます。

REST API を使用してエクスポートリクエストをキャンセルすると、キャンセルリクエストを送信した時点までにエクスポートされたデータの一部に対してのみ課金されます。

以下のトピックでは、現在のエクスポートリクエストのステータスを取得またはキャンセルする方法について説明します。

エクスポートリクエストのキャンセル

エクスポートリクエストをキャンセルするには、DELETEリクエストを行い、リクエスト URL にジョブ ID を指定します。

DELETE https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/export/your-export-request-job-id

リクエストが成功すると、以下が表示されます。

{ "exportJobProperties": { "jobId": "your-original-export-request-job-id", "jobStatus": "CANCEL_SUBMITTED", "datastoreId": "your-data-store-id" } }

リクエストが成功しない場合、次の情報が表示されます。

{ "resourceType": "OperationOutcome", "issue": [ { "severity": "error", "code": "not-supported", "diagnostics": "Interaction not supported." } ] }

エクスポートリクエストの説明

エクスポートリクエストのステータスを取得するには、 exportと を使用してGETリクエストを行いますexport-request-job-id

GET https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/export/your-export-request-id

JSON レスポンスには ExportJobProperties オブジェクトが含まれます。これには、次のキーと値のペアが含まれる場合があります。

名前 必須? 説明
DataAccessRoleArn なし HealthLake サービスロールの ARN。使用するサービスロールは、サービスプリンシパルとして HealthLake を指定する必要があります。 arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role
SubmitTime なし エクスポートジョブが送信された日付。 Apr 21, 2023 5:58:02
EndTime なし

エクスポートジョブが完了した時刻。

Apr 21, 2023 6:00:08 PM
JobName なし エクスポートリクエストの名前。 your-export-job-name
JobStatus なし 次の値を指定できます:
SUBMITTED | IN_PROGRESS | COMPLETED_WITH_ERRORS | COMPLETED | FAILED
S3Uri あり OutputDataConfig オブジェクトの一部。エクスポートされたデータがダウンロードされるレプリケート先バケットの Amazon S3 URI。 s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB/
KmsKeyId あり OutputDataConfig オブジェクトの一部。Amazon S3 バケットの保護に使用される AWS KMS キーの ARN。 arn:aws:kms:region-of-bucket:123456789012:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab
例 : FHIR REST API を使用して行われた describe エクスポートリクエストの本文

成功すると、次の JSON レスポンスが表示されます。

{ "exportJobProperties": { "jobId": "your-export-request-id", "JobName": "your-export-job", "jobStatus": "SUBMITTED", "submitTime": "Apr 21, 2023 5:58:02 PM", "endTime": "Apr 21, 2023 6:00:08 PM", "datastoreId": "your-data-store-id", "outputDataConfig": { "s3Configuration": { "S3Uri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/EXPORT-JOB", "KmsKeyId": "arn:aws:kms:region-of-bucket:444455556666:key/1234abcd-12ab-34cd-56ef-1234567890ab"" } }, "DataAccessRoleArn": "arn:aws:iam::444455556666:role/your-healthlake-service-role", } }