複雑なフィルタリングを使用した SQL クエリの例 - AWS HealthLake

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複雑なフィルタリングを使用した SQL クエリの例

次の例は、複雑なフィルタリングで Amazon Athena SQL クエリを使用して HealthLake データストアから FHIR データを検索する方法を示しています。

例 人口統計データに基づいてフィルタリング基準を作成する

患者コホートを作成するときは、正しい患者属性を特定することが重要です。このサンプルクエリは、Trino ドット表記と json_extract を使用して HealthLake データストア内のデータをフィルタリングする方法を示しています。

SELECT
    id
    , CONCAT(name[1].family, ' ', name[1].given[1]) as name
    , (year(current_date) - year(date(birthdate))) as age
    , gender as gender
    , json_extract(extension[1], '$.valueString') as MothersMaidenName
    , json_extract(extension[2], '$.valueAddress.city') as birthPlace
    , maritalstatus.coding[1].display as maritalstatus
    , address[1].line[1] as addressline
    , address[1].city as city
    , address[1].district as district
    , address[1].state as state
    , address[1].postalcode as postalcode
    , address[1].country as country
    , json_extract(address[1].extension[1], '$.extension[0].valueDecimal') as latitude
    , json_extract(address[1].extension[1], '$.extension[1].valueDecimal') as longitude
    , telecom[1].value as telNumber
    , deceasedboolean as deceasedIndicator
    , deceaseddatetime
FROM database.patient;

Athena コンソールを使用すると、結果をさらにソートしてダウンロードできます。

例 患者とその関連条件のフィルターを作成する

次のクエリ例は、HealthLake データストアで見つかった患者のすべての関連条件を検索してソートする方法を示しています。

SELECT
	patient.id as patientId
    , condition.id  as conditionId
    , CONCAT(name[1].family, ' ', name[1].given[1]) as name
    , condition.meta.tag[1].display
    , json_extract(condition.modifierextension[1], '$.valueDecimal') AS confidenceScore
    , category[1].coding[1].code as categoryCode
    , category[1].coding[1].display as categoryDescription
    , code.coding[1].code as diagnosisCode
    , code.coding[1].display as diagnosisDescription
    , onsetdatetime
    , severity.coding[1].code as severityCode
    , severity.coding[1].display as severityDescription
    , verificationstatus.coding[1].display as verificationStatus
    , clinicalstatus.coding[1].display as clinicalStatus
    , encounter.reference as encounterId
    , encounter.type as encountertype
FROM database.patient, condition
WHERE CONCAT('Patient/', patient.id) = condition.subject.reference
ORDER BY name;

Athena コンソールを使用して、結果をさらにソートしたり、ダウンロードしてさらに分析したりできます。

例 患者とそれに関連する観測値のフィルターを作成する

次のクエリ例は、HealthLake データストアで見つかった患者の関連するすべての観測値を検索してソートする方法を示しています。

SELECT
	patient.id as patientId
    , observation.id as observationId
    , CONCAT(name[1].family, ' ', name[1].given[1]) as name
    , meta.tag[1].display
    , json_extract(modifierextension[1], '$.valueDecimal') AS confidenceScore
    , status
    , category[1].coding[1].code as categoryCode
    , category[1].coding[1].display as categoryDescription
    , code.coding[1].code as observationCode
    , code.coding[1].display as observationDescription
    , effectivedatetime
    , CASE
		WHEN valuequantity.value IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(valuequantity.value AS VARCHAR),' ',valuequantity.unit)
      	WHEN valueCodeableConcept.coding [ 1 ].code IS NOT NULL THEN CAST(valueCodeableConcept.coding [ 1 ].code AS VARCHAR)
      	WHEN valuestring IS NOT NULL THEN CAST(valuestring AS VARCHAR)
      	WHEN valueboolean IS NOT NULL THEN CAST(valueboolean AS VARCHAR)
      	WHEN valueinteger IS NOT NULL THEN CAST(valueinteger AS VARCHAR)
      	WHEN valueratio IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(valueratio.numerator.value AS VARCHAR),'/',CAST(valueratio.denominator.value AS VARCHAR))
      	WHEN valuerange IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(valuerange.low.value AS VARCHAR),'-',CAST(valuerange.high.value AS VARCHAR))
      	WHEN valueSampledData IS NOT NULL THEN CAST(valueSampledData.data AS VARCHAR)
      	WHEN valueTime IS NOT NULL THEN CAST(valueTime AS VARCHAR)
      	WHEN valueDateTime IS NOT NULL THEN CAST(valueDateTime AS VARCHAR)
      	WHEN valuePeriod IS NOT NULL THEN valuePeriod.start
      	WHEN component[1] IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(component[2].valuequantity.value AS VARCHAR),' ',CAST(component[2].valuequantity.unit AS VARCHAR), '/', CAST(component[1].valuequantity.value AS VARCHAR),' ',CAST(component[1].valuequantity.unit AS VARCHAR))
    END AS observationvalue
	, encounter.reference as encounterId
    , encounter.type as encountertype
FROM database.patient, observation
WHERE CONCAT('Patient/', patient.id) = observation.subject.reference
ORDER BY name;
例 患者とその関連手順のフィルタリング条件を作成する

手順を患者に接続することは、医療の重要な側面です。次の SQL サンプルクエリは、FHIR PatientとProcedureリソースタイプを使用してこれを実現する方法を示しています。次の SQL クエリは、HealthLake データストアにあるすべての患者とその関連手順を返します。

SELECT
	patient.id  as patientId
	, PROCEDURE.id as procedureId
	, CONCAT(name[1].family, ' ', name[1].given[1]) as name
	, status
	, category.coding[1].code as categoryCode
	, category.coding[1].display as categoryDescription
	, code.coding[1].code as procedureCode
	, code.coding[1].display as procedureDescription
	, performeddatetime
	, performer[1]
	, encounter.reference as encounterId
	, encounter.type as encountertype
FROM database.patient, procedure
WHERE CONCAT('Patient/', patient.id) = procedure.subject.reference
ORDER BY name;

Athena コンソールを使用して、結果をダウンロードしてさらに分析したり、結果をよりよく理解するためにソートしたりできます。

例 患者および関連する処方のフィルタリング条件を作成する

患者が現在使用している薬剤のリストを確認することは重要です。Athena を使用すると、HealthLake データストアにある Patientと の両方のMedicationRequestリソースタイプを使用する SQL クエリを記述できます。

次の SQL クエリは、Athena にインポートされた テーブルPatientと MedicationRequestテーブルを結合します。また、ドット表記を使用して、処方を個々のエントリに整理します。

SELECT
	patient.id  as patientId
	, medicationrequest.id  as medicationrequestid
	, CONCAT(name[1].family, ' ', name[1].given[1]) as name
	, status
	, statusreason.coding[1].code as categoryCode
	, statusreason.coding[1].display as categoryDescription
	, category[1].coding[1].code as categoryCode
	, category[1].coding[1].display as categoryDescription
	, priority
	, donotperform
	, encounter.reference as encounterId
	, encounter.type as encountertype
	, medicationcodeableconcept.coding[1].code as medicationCode
	, medicationcodeableconcept.coding[1].display as medicationDescription
	, dosageinstruction[1].text as dosage
FROM database.patient, medicationrequest
WHERE CONCAT('Patient/', patient.id ) = medicationrequest.subject.reference
ORDER BY name

Athena コンソールを使用して結果をソートしたり、ダウンロードしてさらに分析したりできます。

例 MedicationStatement リソースタイプで見つかった薬剤を参照する

次のクエリ例は、SQL を使用して Athena にインポートされたネストされた JSON を整理する方法を示しています。クエリは FHIR meta要素を使用して、HealthLake の統合自然言語処理 (NLP) によって薬剤がいつ追加されたかを示します。また、 を使用して json_extract JSON 文字列の配列内のデータを検索します。詳細については、「自然言語処理」を参照してください。

SELECT
	medicationcodeableconcept.coding[1].code as medicationCode
	, medicationcodeableconcept.coding[1].display as medicationDescription
	, meta.tag[1].display
	, json_extract(modifierextension[1], '$.valueDecimal') AS confidenceScore
FROM medicationstatement;

Athena コンソールを使用して、これらの結果をダウンロードまたはソートできます。

例 特定の疾患タイプのフィルタリング

この例では、18～75 歳で、糖尿病と診断されている患者のグループを見つける方法を示します。

SELECT patient.id as patientId,
	condition.id as conditionId,
	CONCAT(name [ 1 ].family, ' ', name [ 1 ].given [ 1 ]) as name,
	(year(current_date) - year(date(birthdate))) AS age,
	CASE
		WHEN condition.encounter.reference IS NOT NULL THEN condition.encounter.reference
		WHEN observation.encounter.reference IS NOT NULL THEN observation.encounter.reference
	END as encounterId,
	CASE
		WHEN condition.encounter.type IS NOT NULL THEN observation.encounter.type
		WHEN observation.encounter.type IS NOT NULL THEN observation.encounter.type
	END AS encountertype,
	condition.code.coding [ 1 ].code as diagnosisCode,
	condition.code.coding [ 1 ].display as diagnosisDescription,
	observation.category [ 1 ].coding [ 1 ].code as categoryCode,
	observation.category [ 1 ].coding [ 1 ].display as categoryDescription,
	observation.code.coding [ 1 ].code as observationCode,
	observation.code.coding [ 1 ].display as observationDescription,
	effectivedatetime AS observationDateTime,
	CASE
      WHEN valuequantity.value IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(valuequantity.value AS VARCHAR),' ',valuequantity.unit)
      WHEN valueCodeableConcept.coding [ 1 ].code IS NOT NULL THEN CAST(valueCodeableConcept.coding [ 1 ].code AS VARCHAR)
      WHEN valuestring IS NOT NULL THEN CAST(valuestring AS VARCHAR)
      WHEN valueboolean IS NOT NULL THEN CAST(valueboolean AS VARCHAR)
      WHEN valueinteger IS NOT NULL THEN CAST(valueinteger AS VARCHAR)
      WHEN valueratio IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(valueratio.numerator.value AS VARCHAR),'/',CAST(valueratio.denominator.value AS VARCHAR))
      WHEN valuerange IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(valuerange.low.value AS VARCHAR),'-',CAST(valuerange.high.value AS VARCHAR))
      WHEN valueSampledData IS NOT NULL THEN CAST(valueSampledData.data AS VARCHAR)
      WHEN valueTime IS NOT NULL THEN CAST(valueTime AS VARCHAR)
      WHEN valueDateTime IS NOT NULL THEN CAST(valueDateTime AS VARCHAR)
      WHEN valuePeriod IS NOT NULL THEN valuePeriod.start
      WHEN component[1] IS NOT NULL THEN CONCAT(CAST(component[2].valuequantity.value AS VARCHAR),' ',CAST(component[2].valuequantity.unit AS VARCHAR), '/', CAST(component[1].valuequantity.value AS VARCHAR),' ',CAST(component[1].valuequantity.unit AS VARCHAR))
    END AS observationvalue,
	CASE
		WHEN condition.meta.tag [ 1 ].display = 'SYSTEM GENERATED' THEN 'YES'
		WHEN condition.meta.tag [ 1 ].display IS NULL THEN 'NO'
		WHEN observation.meta.tag [ 1 ].display = 'SYSTEM GENERATED' THEN 'YES'
		WHEN observation.meta.tag [ 1 ].display IS NULL THEN 'NO'
  	END AS IsSystemGenerated,
  CAST(
    json_extract(
      condition.modifierextension [ 1 ],
      '$.valueDecimal'
    ) AS int
  ) AS confidenceScore
FROM database.patient,
	database.condition,
	database.observation
WHERE CONCAT('Patient/', patient.id) = condition.subject.reference
	AND CONCAT('Patient/', patient.id) = observation.subject.reference
  	AND (year(current_date) - year(date(birthdate))) >= 18
  	AND (year(current_date) - year(date(birthdate))) <= 75
  	AND condition.code.coding [ 1 ].display like ('%diabetes%');

これで、Athena コンソールを使用して結果をソートしたり、ダウンロードしてさらに分析したりできます。