を使用した FHIR データのインポート AWS HealthLake - AWS HealthLake

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を使用した FHIR データのインポート AWS HealthLake

HealthLake データストアを作成したら、次のステップとして Amazon Simple Storage Service (S3) バケットからファイルをインポートします。FHIR インポートジョブは AWS Management Console、、 AWS CLI、または AWS SDKs を使用して開始できます。ネイティブ AWS HealthLake アクションを使用して、FHIR インポートジョブを開始、説明、一覧表示します。

[重要]

HealthLake は、医療データ交換の FHIR R4 仕様をサポートしています。必要に応じて、 AWS HealthLake パートナーと協力して、インポート前にヘルスデータを FHIR R4 形式に変換できます。

FHIR インポートジョブを開始するときは、Amazon S3 バケット入力の場所、Amazon S3 バケット出力の場所 (ジョブ処理結果用）、Amazon S3 バケットへの HealthLake アクセスを許可する IAM ロール、およびカスタマー所有またはカスタマー AWS 所有の AWS Key Management Service キーを指定します。詳細については、「インポートジョブのアクセス許可の設定」を参照してください。

注記

インポートジョブをキューに入れることができます。非同期インポートジョブは、FIFO (先入れ先出し) 方式で処理されます。インポートジョブを開始するのと同じ方法でジョブをキューに入れることができます。進行中であれば、キューに入れられます。インポートジョブの進行中に、FHIR リソースを作成、読み取り、更新、または削除できます。

HealthLake は、FHIR インポートジョブごとに manifest.json ファイルを生成します。ファイルは、FHIR インポートジョブの成功と失敗の両方を記述します。HealthLake は、FHIR インポートジョブの開始時に指定された Amazon S3 バケットにmanifest.jsonファイルを出力します。ログファイルは、 SUCCESSと という 2 つのフォルダに編成されていますFAILURE。各manifest.jsonファイルの詳細が提供されるため、失敗したインポートジョブのトラブルシューティングの最初のステップとして ファイルを使用します。

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
インポートの検証レベルの設定

FHIR インポートジョブを開始するときに、オプションValidationLevelで各リソースに適用する を指定できます。 AWS HealthLake は現在、次の検証レベルをサポートしています。

  • strict: リソースは、リソースのプロファイル要素、またはプロファイルが存在しない場合は R4 仕様に従って検証されます。これはデフォルトの検証レベルです AWS HealthLake。

  • structure-only: リソースは R4 に対して検証され、参照されるプロファイルは無視されます。

  • minimal: リソースは、特定の R4 ルールを無視して、最小限検証されます。検索/分析に必要な構造チェックに失敗したリソースは、監査の警告を含むように更新されます。

minimal 検証レベルを使用してインポートする場合、 という名前のフォルダに追加のログファイルが生成されますSUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES。このフォルダのログファイル内のリソースは、検索関連の検証チェックに失敗したにもかかわらず、データストアに取り込まれました。これは、FHIR リソースの特定の側面が FHIR に従って無効であり、不正な形式のフィールドが検索できない可能性があることを意味します。これらのリソースには、その障害を説明する extension が追加されます。

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