HealthLake 統合 NLP リクエストの例 - AWS HealthLake

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HealthLake 統合 NLP リクエストの例

例 1: HealthLake データストアに取り込まれたPatientレコード

以下は、医療専門家とのPatient遭遇に基づく臨床記録の例です。

合成データ

次の例のテキストは合成コンテンツであり、保護された医療情報 (PHI) は含まれていません。

1991-08-31

# Chief Complaint
- Headache
- Sinus Pain
- Nasal Congestion
- Sore Throat
- Pain with Bright Lights
- Nasal Discharge
- Cough

# History of Present Illness
Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male.

# Social History
Patient has never smoked.

Patient comes from a middle socioeconomic background.

Patient currently has Aetna.

# Allergies
No Known Allergies.

# Medications
No Active Medications.

# Assessment and Plan
Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). 

## Plan

The patient was prescribed the following medications:
- astemizole 10 mg oral tablet
- nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector
The patient was placed on a careplan:
- self-care interventions (procedure)

注意点として、この情報は DocumentReferenceリソースの base64 形式でエンコードされます。このドキュメントが HealthLake に取り込まれ、Amazon Comprehend Medical API オペレーションが完了すると、結果を表示するには、DocumentReferenceリソースタイプのGETリクエストから開始できます。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Amazon Comprehend Medical API オペレーションが成功したら、以下extensionにリンクされた 内でこれらのキーと値のペアを探します。 "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"

{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
		"valueString": "SUCCESS"
	},
	{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
		"valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful."
	}

次のタブは、リソースタイプに基づいて、取り込まれた医療記録が HealthLake データストアにどのように報告されるかを示しています。

DocumentReference

単一のDocumentReferenceリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースidの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

成功すると、200HTTP レスポンスコードと次の JSON レスポンス (わかりやすくするために切り捨てられています) を取得します。

以下にそのhttp://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/部分を示します。新しい Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a が追加されたことを確認できます。また、HealthLake が推論ベースの検出結果を特定の ObservationおよびConditionリソースタイプに追加した場所を確認することもできます。

これらのリソースタイプがどのように修正されたかを確認するには、関連するタブを選択します。

{
		"extension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf"
				}
			}
		],
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
	}
Linkage

単一のLinkageリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースIDの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

成功すると、HTTP 200 レスポンスコードと、次の切り捨てられた JSON レスポンスを取得します。

レスポンスには item要素が含まれています。キーと値のペアは、 の変更に使用され、"type": "alternate"キーConditionと値のペアの下にObservationsリストされている特定のDocumentReferenceエントリ"type": "source"を示します。

また、 meta要素、およびこれらのリソースが HealthLake によって作成された"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}]ことを示す対応するキーと値のペア も表示されます。

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a",
		"active": true,
		"item":
		[
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5",
					"type": "Observation"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d",
					"type": "Condition"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
Resource type: Observation

単一のObservationリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースIDの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Amazon Comprehend Medical API オペレーションの結果は、code、meta、および の要素に修正されますmodifierExtension。

code

タイプの 要素CodeableConcept。詳細については、FHIR R4 ドキュメントCodeableConceptの「」を参照してください。

HealthLake は、次の 3 つのキーと値のペアを追加します。

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": URL は特定の Amazon Comprehend Medical API オペレーションを参照します。この場合、InferICD10CM。

  • "code": "A52.06": A52.06は、Centers for Disease Control のナレッジベースにある概念を識別する ICD-10-CM コードです。

  • "display": "Other syphilitic heart involvement": "Other syphilitic heart involvement"はオントロジー内の ICD-10-CM コードの長い説明です。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 code要素のみが含まれます。

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "A52.06",
			"display": "Other syphilitic heart involvement"
		  }
		],
		"text": "Other syphilitic heart involvement"
	}

割り当てられた ICD-10-CM コードが正しいというモデルの信頼度を理解するには、 modifierExtension要素を使用します。

meta

meta 要素には、Amazon Comprehend Medical API オペレーションによって追加された詳細がcode要素に含まれているかどうかを示すメタデータが含まれています。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 meta要素のみが含まれます。

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

modifierExtension 要素には、 code要素で見つかった割り当てられたコードの信頼度に関する詳細が含まれています。また、結果の生成に使用される元の DocumentReference へのリンクと関連する Linkage リソースタイプを提供するキーと値のペアもあります。

追加されるcoding要素ごとに、modifierExtension に entity-scoreと entity-Concept-Scoreが追加されます。キーと値のペアの値ごとに、スコアが表示されます。の場合entity-score、このスコアは Amazon Comprehend Medical が検出の精度に対して持っている信頼度です。の場合entity-Concept-Score、このスコアは、エンティティが ICD-10-CM 概念に正確にリンクされているという Amazon Comprehend Medical の信頼度です。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 modifierExtension要素のみが含まれます。

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.45005733
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.1111792
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

完全な JSON レスポンス

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Observation",
		"status": "unknown",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "A52.06",
				"display": "Other syphilitic heart involvement"
			}],
			"text": "Other syphilitic heart involvement"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.45005733
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.1111792
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583"
	}
Condition

単一のConditionリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースIDの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

Amazon Comprehend Medical API オペレーションの結果は、code、meta、および の要素に修正されますmodifierExtension。

code

タイプの 要素CodeableConcept。詳細については、FHIR R4 ドキュメントCodeableConceptの「」を参照してください。

HealthLake は、次の 3 つのキーと値のペアを追加します。

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": URL は特定の Amazon Comprehend Medical API オペレーションを参照します。この場合、InferICD10CM。

  • "code": "I70.0": A52.06は、Centers for Disease Control のナレッジベースにある概念を識別する ICD-10-CM コードです。

  • "display": "Atherosclerosis of aorta": "Other syphilitic heart involvement"はオントロジー内の ICD-10-CM コードの長い説明です。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 code要素のみが含まれます。

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "I70.0",
			"display": "Atherosclerosis of aorta"
		  }
		],
		"text": "Atherosclerosis of aorta"
	}

割り当てられた ICD-10-CM コードが正しいというモデルの信頼度を理解するには、 modifierExtension要素を使用します。

meta

meta 要素には、Amazon Comprehend Medical API オペレーションによって追加された詳細がcode要素に含まれているかどうかを示すメタデータが含まれています。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 meta要素のみが含まれます。

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

modifierExtension 要素には、 code要素で見つかった割り当てられたコードの信頼度に関する詳細が含まれています。また、結果の生成に使用される元の DocumentReference へのリンクと関連する Linkage リソースタイプを提供するキーと値のペアもあります。

追加されるcoding要素ごとに、modifierExtension に entity-scoreと entity-Concept-Scoreが追加されます。キーと値のペアの値ごとに、スコアが表示されます。の場合entity-score、このスコアは Amazon Comprehend Medical が検出の精度に対して持っている信頼度です。の場合entity-Concept-Score、このスコアは、エンティティが ICD-10-CM 概念に正確にリンクされているという Amazon Comprehend Medical の信頼度です。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 modifierExtension要素のみが含まれます。

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.94417894
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.8458298
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

完全な JSON レスポンス

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Condition",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "I70.0",
				"display": "Atherosclerosis of aorta"
			}],
			"text": "Atherosclerosis of aorta"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.94417894
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.8458298
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd"
	}

例 2: MedicationStatementリソースタイプDocumentReferenceを含む

患者の医療専門家との出会いに基づく臨床メモの例を次に示します。

合成データ

この例のテキストは合成コンテンツであり、保護された医療情報 (PHI) は含まれていません。

Tom is not prescribed Advil

次のタブは、リソースタイプに基づいて、取り込まれた医療記録が HealthLake データストアにどのように報告されるかを示しています。

DocumentReference

単一のDocumentReferenceリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースIDの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

成功すると、HTTP 200 レスポンスコードと次の切り捨てられた JSON レスポンスを取得します。

キーと値のペア は"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"、この中のリソースタイプextensionが Amazon Comprehend Medical API オペレーションによって追加されたことを示します。新しいLinkageリソースタイプと複数のMedicationStatementリソースを表示できます。

"extension": [{
			"extension": [{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
					"valueReference": {
						"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b"
					}
				}
			],
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
		}
Linkage

単一のLinkageリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースIDの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

成功すると、HTTP 200 レスポンスコードと次の JSON レスポンスを取得します。

レスポンスには item要素が含まれています。キーと値のペアは、MedicationStatementリソースタイプの変更に使用される特定のDocumentReferenceエントリ"type": "source"を示します。

また、 meta要素と対応するキーと値のペア を表示して"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}]、これらのリソースが HealthLake によって作成されたことを示すこともできます。

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7",
		"active": true,
		"item": [{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
MedicationStatement

単一のMedicationStatementリソースタイプの結果を表示するには、特定のリソースIDの が提供されているGETリクエストを行います。

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

MedicationStatement リソースタイプは、Amazon Comprehend Medical InferRxNorm API オペレーションの結果が見つかった場所です。結果は、、medicationCodeableConcept、 metaの各要素に修正されますmodifierExtension。

medicationCodeableConcept

タイプの 要素CodeableConcept。詳細については、FHIR R4 ドキュメントCodeableConceptの「」を参照してください。

HealthLake は、次の 3 つのキーと値のペアを追加します。

  • "system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: URL は特定の Amazon Comprehend Medical API オペレーションを参照します。この場合、InferRxNorm。

  • "code": "731533": ここで、 731533は RxCUI とも呼ばれる RxNorm 概念 ID です。 RxCUI

  • "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": ここで、 ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]は RxNorm 概念の説明です。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 MedicationStatement要素のみが含まれます。

"medicationCodeableConcept": {
		"coding": [
			{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/",
				"code": "731533",
				"display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]"
			}
		]
	}
meta

meta 要素には、Amazon Comprehend Medical API オペレーションによって追加された詳細がcode要素に含まれているかどうかを示すメタデータが含まれています。

次の切り捨てられた JSON レスポンスには、 meta要素のみが含まれます。

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z",
		"tag": [
			{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}
		]
	}
modifierExtension

modifierExtension 要素には、結果の生成DocumentReferenceに使用される元の および関連する Linkage リソースタイプへのリンクを提供するキーと値のペアが含まれています。

"modifierExtension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c"
				}
			}
	]