Utilizzo della cache di esecuzione - AWS HealthOmics
Configurazione di un run with run cache utilizzando la consoleConfigurazione di un'esecuzione con cache di esecuzione utilizzando la CLICasi di errore per le cache di esecuzioneMonitoraggio delle informazioni relative alla memorizzazione delle chiamate

Le traduzioni sono generate tramite traduzione automatica. In caso di conflitto tra il contenuto di una traduzione e la versione originale in Inglese, quest'ultima prevarrà.

Utilizzo della cache di esecuzione

Per impostazione predefinita, le esecuzioni non utilizzano una cache di esecuzione. Per utilizzare una cache per l'esecuzione, è necessario specificare la cache di esecuzione e il comportamento della cache di esecuzione all'avvio dell'esecuzione.

Al termine di un'esecuzione, puoi utilizzare la console, CloudWatch i registri o le operazioni API per tenere traccia degli accessi alla cache o risolvere i problemi relativi alla cache. Per informazioni dettagliate, consulta Monitoraggio delle informazioni relative alla memorizzazione delle chiamate e Risoluzione dei problemi relativi alla memorizzazione nella cache delle chiamate.

Se una o più attività in un'esecuzione generano output non deterministici, ti consigliamo vivamente di non utilizzare la memorizzazione nella cache delle chiamate per l'esecuzione o di disattivare queste attività specifiche dalla memorizzazione nella cache. Per ulteriori informazioni, consulta Modello di responsabilità condivisa.

Nota

Fornisci un ruolo di servizio IAM quando avvii un'esecuzione. Per utilizzare la memorizzazione nella cache delle chiamate, il ruolo di servizio necessita dell'autorizzazione per accedere alla posizione di esecuzione della cache di Amazon S3. Per ulteriori informazioni, consulta Ruoli di servizio per AWS HealthOmics.

Configurazione di un run with run cache utilizzando la console

Dalla console, si configura la cache di esecuzione per un'esecuzione all'avvio dell'esecuzione.

  1. Apri la HealthOmics console.

  2. Nel riquadro di navigazione a sinistra, scegli Esecuzioni.

  3. Nella pagina Esecuzioni, scegli la corsa da iniziare.

  4. Scegli Avvia esecuzione e completa i passaggi 1 e 2 di Avvia corsa come descritto inAvvio di una corsa utilizzando la console.

  5. Nel passaggio 3 di Avvia esecuzione, scegli Seleziona una cache di esecuzione esistente.

  6. Seleziona la cache dall'elenco a discesa Run cache ID.

  7. Per ignorare il comportamento predefinito di esecuzione della cache, scegli il comportamento della cache per l'esecuzione. Per ulteriori informazioni, consulta Comportamento della cache di esecuzione.

  8. Continuate con il passaggio 4 di Start run.

Configurazione di un'esecuzione con cache di esecuzione utilizzando la CLI

Per avviare un'esecuzione che utilizza una cache di esecuzione, aggiungi il parametro cache-id al comando CLI start-run. Facoltativamente, utilizzate il cache-behavior parametro per sovrascrivere il comportamento predefinito configurato per la cache di esecuzione. L'esempio seguente mostra solo i campi della cache per il comando:

aws omics start-run \
        ...  
      --cache-id "xxxxxx"    \
      --cache-behavior  CACHE_ALWAYS

Se l'operazione ha esito positivo, si riceve una risposta senza campi di dati.

Casi di errore per le cache di esecuzione

Nei seguenti scenari, non è HealthOmics possibile memorizzare nella cache gli output delle attività, anche nel caso di un'esecuzione con il comportamento della cache impostato su Cache always.

  • Se l'esecuzione rileva un errore prima che la prima attività venga completata correttamente, non ci sono output della cache da esportare.

  • Se il processo di esportazione fallisce, HealthOmics non salva gli output delle attività nella posizione cache di Amazon S3.

  • Se l'esecuzione fallisce a causa di un filesystem out of space errore, la memorizzazione nella cache delle chiamate non salva alcun output dell'attività.

  • Se si annulla un'esecuzione, la memorizzazione nella cache delle chiamate non salva alcun output dell'attività.

  • Se l'esecuzione presenta un timeout di esecuzione, la memorizzazione nella cache delle chiamate non salva alcun output dell'attività, anche se l'esecuzione è stata configurata per utilizzare la cache in caso di errore.

Monitoraggio delle informazioni relative alla memorizzazione delle chiamate

È possibile tenere traccia degli eventi di memorizzazione nella cache delle chiamate (come gli accessi alla cache di esecuzione) utilizzando la console, la CLI o i registri. CloudWatch

Tieni traccia degli accessi alla cache utilizzando la console

Nella pagina dei dettagli di esecuzione di un'esecuzione, la tabella Esegui attività visualizza le informazioni sugli accessi alla cache per ogni attività. La tabella include anche un collegamento alla voce della cache associata. Utilizzare la procedura seguente per visualizzare le informazioni relative agli accessi alla cache durante un'esecuzione.

  1. Apri la HealthOmics console.

  2. Nel riquadro di navigazione a sinistra, scegli Esecuzioni.

  3. Nella pagina Esecuzioni, scegli l'esecuzione da ispezionare.

  4. Nella pagina dei dettagli dell'esecuzione, scegli la scheda Esegui attività per visualizzare la tabella delle attività.

  5. Se un'attività ha un accesso alla cache, la colonna Cache hit contiene un collegamento alla posizione di accesso alla cache di esecuzione in Amazon S3.

  6. Scegli il link per controllare la voce di run cache.

Tieni traccia della memorizzazione nella cache delle chiamate utilizzando la CLI

Utilizza il comando CLI get-run per confermare se l'esecuzione ha utilizzato una cache delle chiamate.

 aws omics get-run --id 1234567

Nella risposta, se il cacheId campo è impostato, l'esecuzione utilizza quella cache.

Utilizza il comando list-run-tasksCLI per recuperare la posizione dei dati della cache per ogni attività memorizzata nella cache in esecuzione.

 aws omics list-run-tasks --id 1234567

Nella risposta, se il campo CacheHit per un'attività è vero, il campo Caches3URI fornisce la posizione dei dati della cache per quell'attività.

Puoi anche utilizzare il comando get-run-taskCLI per recuperare la posizione dei dati della cache per un'attività specifica:

 aws omics get-run-task --id 1234567 --task-id <task_id>

Tieni traccia della memorizzazione nella cache delle chiamate utilizzando Logs CloudWatch

HealthOmics crea registri delle attività della cache nel gruppo di registri. /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch <cache_id><cache_uuid>Esiste un flusso di log per ogni cache di esecuzione: runCache//.

Per le esecuzioni che utilizzano la memorizzazione nella cache delle chiamate, HealthOmics genera voci di CloudWatch registro per questi eventi:

  • creazione di una voce nella cache (CACHE_ENTRY_CREATED)

  • corrispondente a una voce della cache (CACHE_HIT)

  • non riesce a far corrispondere una voce della cache (CACHE_MISS)

Per ulteriori informazioni su questi registri, vedere. Effettua il login CloudWatch

Utilizza la seguente query CloudWatch Insights sul gruppo di /aws/omics/WorkflowLog log per restituire il numero di accessi alla cache per esecuzione per questa cache:

filter @logStream like 'runCache/<CACHE_ID>/'
 fields @timestamp, @message
 filter logMessage like 'CACHE_HIT'
 parse "run: *," as run
 stats count(*) as cacheHits by run

Utilizzate la seguente query per restituire il numero di voci della cache create da ogni esecuzione:

filter @logStream like 'runCache/<CACHE_ID>/'
 fields @timestamp, @message
 filter logMessage like 'CACHE_ENTRY_CREATED'
 parse "run: *," as run
 stats count(*) as cacheEntries by run