Esegui simulazioni di dinamica molecolare GROMACS su Deadline Cloud

Il job bundle gromacs_md esegue una pipeline di simulazione della dinamica molecolare GROMACS dalla struttura proteica grezza alla traiettoria analizzata. La pipeline esegue la preparazione del sistema, la riduzione al minimo dell'energia, l' NVT/NPT equilibrazione, la produzione MD e l'analisi (RMSD, RMSF, raggio di rotazione, legami a idrogeno). Più repliche indipendenti si estendono in parallelo tramite il MaxReplicaIndex parametro.

Il pacchetto richiede una Deadline Cloud farm con una flotta Linux x86_64 gestita da servizi (minimo 4 vCPU) e un ambiente di coda conda con from. gromacs conda-forge Non è necessario uno script di configurazione dell'host o una ricetta conda personalizzata.

Il pacchetto include dati di esempio per il lisozima dell'albume d'uovo di gallina (PDB: 1AKI) e i file dei parametri MDP. sample_inputs/mdp/

job_bundlesDalla directory, invia il lavoro:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Per eseguire 10 repliche indipendenti in parallelo:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"