Esegui simulazioni di dinamica molecolare GROMACS su Deadline Cloud

Il job bundle gromacs_md sul GitHub sito Web gestisce una pipeline di simulazione della dinamica molecolare dalla struttura delle proteine grezze alla traiettoria analizzata con GROMACS sul sito Web GROMACS. https://www.gromacs.org/ La pipeline si occupa della preparazione del sistema, della minimizzazione dell'energia, dell' NVT/NPTequilibrio, della produzione MD e dell'analisi (RMSD, RMSF, raggio di rotazione, legami idrogeno). Diverse repliche indipendenti vengono visualizzate in parallelo tramite il parametro. MaxReplicaIndex

Il pacchetto richiede una farm Deadline Cloud con una flotta Linux x86_64 gestita dai servizi (minimo 4 vCPU) e un ambiente di coda conda con from. gromacs conda-forge Non è necessario alcuno script di configurazione dell'host o una ricetta conda personalizzata.

Il pacchetto include dati di esempio per il lisozima bianco d'uovo di gallina (PDB: 1AKI) e i file di parametri MDP sotto. sample_inputs/mdp/

job_bundlesDalla rubrica, invia il lavoro:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Per eseguire 10 repliche indipendenti in parallelo:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"