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# Esegui simulazioni di dinamica molecolare GROMACS su Deadline Cloud
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

Il job bundle [gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) esegue una pipeline di simulazione della dinamica molecolare [GROMACS dalla struttura proteica](https://www.gromacs.org/) grezza alla traiettoria analizzata. La pipeline esegue la preparazione del sistema, la riduzione al minimo dell'energia, l' NVT/NPT equilibrazione, la produzione MD e l'analisi (RMSD, RMSF, raggio di rotazione, legami a idrogeno). Più repliche indipendenti si estendono in parallelo tramite il `MaxReplicaIndex` parametro.

Il pacchetto richiede una Deadline Cloud farm con una flotta Linux x86\_64 gestita da servizi (minimo 4 vCPU) e un ambiente di coda conda con from. `gromacs` `conda-forge` Non è necessario uno script di configurazione dell'host o una ricetta conda personalizzata.

Il pacchetto include dati di esempio per il lisozima dell'albume d'uovo di gallina (PDB: 1AKI) e i file dei parametri MDP. `sample_inputs/mdp/`

`job_bundles`Dalla directory, invia il lavoro:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

Per eseguire 10 repliche indipendenti in parallelo:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```