Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

HealthOmics jalankan output

Ketika WDL atau CWL run selesai, output menyertakan file ringkasan output (dalam format JSON) yang mencantumkan semua output yang dihasilkan oleh run. Anda dapat menggunakan file ringkasan keluaran untuk tujuan ini:

Jalankan ringkasan keluaran untuk WDL

Ketika WDL run selesai, HealthOmics membuat file ringkasan output bernama. output.json

Untuk setiap output alur kerja, ada key/value pasangan yang sesuai dalam file. Kunci berisi nama alur kerja dan nama output dalam format berikut:WorkflowName.output_name. Untuk output file, nilainya adalah URI S3 yang menunjuk ke lokasi output di S3 tempat file disimpan. Untuk output Array [File], nilainya adalah array S3 URIs.

Contoh berikut menunjukkan output.json file untuk alur kerja bernamaBWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

Jika alur kerja menghasilkan output dengan tipe non-file (seperti String, Int, Float, atau Bool), nilai bidang adalah primitif JSON. Misalnya:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

Jalankan ringkasan keluaran untuk CWL

Saat proses CWL selesai, HealthOmics buat file ringkasan keluaran bernama outputs.json di lokasi berikut:

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

File ringkasan output mencakup daftar output. Setiap output adalah key/value pasangan, di mana kuncinya adalah nama output. Nilai adalah objek yang mencakup properti berikut:

Dalam contoh berikut, file output.json memiliki daftar dua file output.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}