Linter alur kerja di HealthOmics - AWS HealthOmics

AWS HealthOmics toko varian dan toko anotasi tidak akan lagi dibuka untuk pelanggan baru mulai 7 November 2025. Jika Anda ingin menggunakan toko varian atau toko anotasi, daftar sebelum tanggal tersebut. Pelanggan yang sudah ada dapat terus menggunakan layanan seperti biasa. Untuk informasi selengkapnya, lihat perubahan ketersediaan toko AWS HealthOmics varian dan anotasi toko.

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Linter alur kerja di HealthOmics

Setelah membuat alur kerja, sebaiknya jalankan linter pada alur kerja sebelum memulai proses pertama. Linter mendeteksi kesalahan yang dapat menyebabkan run gagal.

Untuk WDL, HealthOmics secara otomatis menjalankan linter saat Anda membuat alur kerja. Output linter tersedia di statusMessage bidang get-workflow respons. Gunakan perintah CLI berikut untuk mengambil output status (gunakan ID alur kerja dari alur kerja WDL yang Anda buat): 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics menyediakan linter yang dapat Anda jalankan pada pembelahan alur kerja sebelum Anda membuat alur kerja. Jalankan linter ini pada pipeline yang ada tempat Anda bermigrasi. HealthOmics

  • WDL— Gambar ECR Amazon publik untuk menjalankan linter WDL.

  • Nextflow— Gambar ECR Amazon publik untuk menjalankan aturan Linter untuk Nextflow. Anda dapat mengakses kode sumber untuk linter ini dari GitHub.

  • CWL— tidak tersedia