Linter alur kerja di HealthOmics - AWS HealthOmics

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Linter alur kerja di HealthOmics

Setelah membuat alur kerja, sebaiknya jalankan linter pada alur kerja sebelum memulai proses pertama. Linter mendeteksi kesalahan yang dapat menyebabkan run gagal.

Untuk WDL, HealthOmics secara otomatis menjalankan linter saat Anda membuat alur kerja. Output linter tersedia di statusMessage bidang get-workflow respons. Gunakan perintah CLI berikut untuk mengambil output status (gunakan ID alur kerja dari alur kerja WDL yang Anda buat): 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics menyediakan linter yang dapat Anda jalankan pada pembelahan alur kerja sebelum Anda membuat alur kerja. Jalankan linter ini pada pipeline yang ada tempat Anda bermigrasi. HealthOmics

  • WDL— Gambar ECR Amazon publik untuk menjalankan linter WDL.

  • Nextflow— Gambar ECR Amazon publik untuk menjalankan aturan Linter untuk Nextflow. Anda dapat mengakses kode sumber untuk linter ini dari GitHub.

  • CWL— tidak tersedia