Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.
HealthOmics integrasi alur kerja dengan repositori berbasis Git
Saat membuat alur kerja (atau versi alur kerja), Anda memberikan definisi alur kerja untuk menentukan informasi tentang alur kerja, proses, dan tugas. HealthOmics dapat mengambil definisi alur kerja sebagai arsip.zip (disimpan secara lokal atau dalam bucket Amazon S3), atau dari repositori berbasis Git yang didukung.
HealthOmics Integrasi dengan repositori berbasis Git memungkinkan kemampuan berikut:
-
Pembuatan alur kerja langsung dari instans publik, pribadi, dan yang dikelola sendiri.
-
Integrasi file README alur kerja dan templat parameter dari repositori.
-
Support untuk GitHub, GitLab, dan repositori Bitbucket.
Dengan menggunakan repositori berbasis Git, Anda menghindari langkah-langkah manual mengunduh file definisi alur kerja dan memasukkan file template parameter, membuat arsip.zip, dan kemudian mementaskan arsip ke S3. Ini menyederhanakan pembuatan alur kerja untuk skenario seperti contoh berikut:
-
Anda ingin memulai dengan cepat menggunakan alur kerja open source umum, seperti nf-core. HealthOmicssecara otomatis mengambil semua definisi alur kerja dan memasukkan file template parameter dari repositori nf-core GitHub dan menggunakan file-file ini untuk membuat alur kerja baru Anda.
-
Anda menggunakan alur kerja publik dari GitHub, dan beberapa pembaruan baru tersedia. Anda dapat dengan mudah membuat versi HealthOmics alur kerja baru menggunakan definisi alur kerja yang diperbarui GitHub sebagai sumbernya. Pengguna alur kerja Anda dapat memilih antara alur kerja asli atau versi alur kerja baru yang Anda buat.
-
Tim Anda sedang membangun pipa berpemilik yang tidak bersifat publik. Anda menyimpan kode Anda di repositori git pribadi dan menggunakan definisi alur kerja ini untuk alur kerja Anda. HealthOmics Tim sering memperbarui definisi alur kerja sebagai bagian dari siklus hidup pengembangan alur kerja berulang. Anda dapat dengan mudah membuat versi alur kerja baru seperti yang diperlukan dari repositori pribadi Anda.
Topik
Repositori berbasis Git yang didukung
HealthOmics mendukung repositori publik dan pribadi untuk penyedia berbasis Git berikut:
-
GitHub
-
GitLab
-
Bitbucket
HealthOmics mendukung repositori yang dikelola sendiri untuk penyedia berbasis Git berikut:
-
GitHubEnterpriseServer
-
GitLabSelfManaged
HealthOmics mendukung penggunaan koneksi lintas akun untuk GitHub, GitLab, dan Bitbucket. Siapkan izin bersama melalui AWS Resource Access Manager. Sebagai contoh, lihat Koneksi bersama dalam panduan CodePipeline pengguna.
Konfigurasikan koneksi ke repositori kode eksternal
Hubungkan alur kerja Anda ke repositori berbasis Git menggunakan AWS. CodeConnection HealthOmics menggunakan koneksi ini untuk mengakses repositori kode sumber Anda.
catatan
CodeConnections Layanan AWS tidak tersedia di wilayah TLV. Untuk wilayah ini, konfigurasikan koneksi IAD layanan untuk membuat alur kerja atau versi alur kerja dari repositori.
Buat koneksi
Sebelum Anda dapat membuat koneksi, ikuti petunjuk dalam Menyiapkan koneksi di Panduan Pengguna Alat Konsol Pengembang.
Untuk membuat sambungan, ikuti petunjuk di Buat sambungan di Panduan Pengguna Alat Konsol Pengembang.
Konfigurasikan otorisasi untuk koneksi
Anda harus mengotorisasi koneksi menggunakan OAuth alur penyedia. Pastikan status koneksi AVAILABLE sebelum Anda menggunakannya.
Sebagai contoh, lihat posting blog Cara Membuat AWS HealthOmics Alur Kerja dari Konten di Git
Mengakses repositori yang dikelola sendiri
Untuk mengatur koneksi ke repositori yang GitLab dikelola sendiri, gunakan Token Akses Pribadi admin saat membuat host. Pembuatan koneksi berikutnya mengakses Oauth dengan akun pelanggan.
Contoh berikut menyiapkan koneksi ke repositori yang GitLab dikelola sendiri:
-
Siapkan akses ke Token Akses Pribadi pengguna admin.
Untuk menyiapkan PAT di repositori yang dikelola GitLab sendiri, lihat Token akses pribadi di GitLab Dokumen
. -
Membuat host
-
Arahkan ke> CodePipelinePengaturan> Koneksi.
-
Pilih tab Hosts dan kemudian pilih Create Host.
-
Konfigurasi bidang berikut:
Masukkan nama host
Untuk jenis penyedia, pilih GitLab Self Managed
Masukkan URL Host
Masukkan informasi VPC jika host didefinisikan dalam VPC
-
Pilih Buat Host, yang membuat host dalam status PENDING.
-
Untuk menyelesaikan pengaturan, pilih Siapkan Host.
-
Masukkan Token Akses Pribadi (PAT) dari pengguna Admin, lalu pilih Lanjutkan.
-
-
Buat koneksi
-
Pilih Buat Koneksi pada tab Koneksi.
-
Untuk jenis penyedia, pilih GitLab dikelola sendiri.
-
Di bawah Pengaturan Koneksi> Masukkan Nama Koneksi, masukkan URL Host yang sebelumnya Anda buat.
-
Jika instans yang GitLab dikelola sendiri hanya dapat diakses melalui VPC, konfigurasikan detail VPC.
-
Pilih Perbarui Koneksi Tertunda. Jendela modal mengarahkan Anda kembali ke halaman GitLab login.
-
Masukkan nama pengguna dan kata sandi untuk akun pelanggan dan selesaikan proses otorisasi.
-
Untuk penyiapan pertama kali, pilih Authorize AWS Connector for Gitlab Self Managed.
-
Kuota yang terkait dengan repositori kode eksternal
Untuk HealthOmics integrasi dengan repositori kode eksternal, ada ukuran maksimum untuk repositori, setiap file repositori, dan setiap file README. Lihat perinciannya di HealthOmics alur kerja kuota ukuran tetap.
Izin IAM yang diperlukan
Tambahkan tindakan berikut ke kebijakan IAM berbasis identitas Anda:
"codeconnections:CreateConnection", "codeconnections:GetConnection", "codeconnections:GetHost", "codeconnections:ListConnections", "codeconnections:UseConnection"
