Spesifikasi definisi alur kerja CWL - AWS HealthOmics

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Spesifikasi definisi alur kerja CWL

Alur kerja yang ditulis dalam Bahasa Alur Kerja Umum, atau CWL, menawarkan fungsionalitas serupa dengan alur kerja yang ditulis dalam WDL dan Alur Berikutnya. Anda dapat menggunakan Amazon S3 atau HealthOmics penyimpanan URIs sebagai parameter input.

Jika Anda menentukan input dalam SecondaryFile dalam sub alur kerja, tambahkan definisi yang sama dalam alur kerja utama.

HealthOmics alur kerja tidak mendukung proses operasi. Untuk mempelajari lebih lanjut tentang proses operasi dalam alur kerja CWL, lihat dokumentasi CWL.

Untuk mengonversi file definisi alur kerja CWL yang ada untuk digunakan HealthOmics, buat perubahan berikut:

  • Ganti semua wadah Docker URIs dengan Amazon URIs ECR.

  • Pastikan bahwa semua file alur kerja dideklarasikan dalam alur kerja utama sebagai input, dan semua variabel didefinisikan secara eksplisit.

  • Pastikan bahwa semua JavaScript kode adalah keluhan mode ketat.

Alur kerja CWL harus didefinisikan untuk setiap wadah yang digunakan. Tidak disarankan untuk melakukan hardcode entri DockerPull dengan URI ECR Amazon tetap.

Berikut ini adalah contoh alur kerja yang ditulis dalam CWL. 


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

File berikut mendefinisikan copy.cwl tugas.


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

Berikut ini adalah contoh alur kerja yang ditulis dalam CWL dengan persyaratan GPU.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []