Memulai dengan HealthOmics - AWS HealthOmics
Menggunakan alur kerja Ready2Run di konsol HealthOmics Contoh permintaan untuk Amazon Q CLI

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Memulai dengan HealthOmics

Untuk memulai HealthOmics, pastikan Anda telah mengatur izin dan peran IAM dengan benar. HealthOmics

Menggunakan alur kerja Ready2Run di konsol HealthOmics

Latihan berikut menunjukkan cara menggunakan alur kerja Ready2Run. Alur kerja Ready2Run telah dikonfigurasi sebelumnya dengan parameter dan referensi alat yang Anda butuhkan untuk menjalankan alur kerja. Penerbit alur kerja menyediakan data sampel, sehingga Anda tidak perlu membuat data sendiri.

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Pilih panel navigasi (≡) di kiri atas, dan pilih alur kerja Ready2Run.

  3. Pada halaman alur kerja Ready2Run, pilih alur kerja. ESMFold for up to 800 residues Konsol membuka halaman detail untuk alur kerja itu.

  4. Tab detail memberikan informasi tentang alur kerja. Untuk mencoba alur kerja, di kanan atas halaman pilih Mulai jalankan.

  5. Di halaman Tentukan rincian jalankan, masukkan nama jalankan.

  6. Masukkan atau pilih lokasi Amazon S3 untuk output run.

  7. Untuk Jalankan mode retensi metadata, pilih apakah akan menyimpan atau menghapus data runmeta.

  8. Di panel peran Layanan, pilih Buat dan gunakan peran layanan baru.

  9. Pilih Berikutnya.

  10. Pada halaman Tambahkan nilai parameter, pilih Jalankan alur kerja dengan data uji Ready2Run.

  11. Pilih Berikutnya.

  12. Tinjau input Anda, lalu pilih Mulai jalankan.

Contoh permintaan untuk Amazon Q CLI

Amazon Q CLI dapat menjalankan alur kerja genom dan tugas analisis dalam AWS HealthOmics menggunakan perintah bahasa alami. Contoh prompt berikut memungkinkan Anda membuat alur kerja, mengelola proses, dan menganalisis data genom. Untuk informasi selengkapnya dan contoh petunjuk HealthOmics, lihat tutorial AI generatif HealthOmics Agentic di. GitHub

  • “Buat file alur kerja WDL 1.1 karena main.wdl itu akan berjalan. HealthOmics Alur kerja akan mengambil genom referensi sebagai input dan pasangan file fastq. Ini akan mengindeks genom referensi menggunakan BWA dan kemudian memetakan setiap pasangan file fastq ke referensi. Akhirnya gabungkan setiap BAM yang dipetakan ke satu file BAM dan keluarkan file ini dan itu adalah indeks bai.”

  • “Package alur kerja dan buat di HealthOmics”

  • “Perbarui file input.json untuk menggunakan file nyata dari bucket Amazon S3 sayaomics-my-bucket-with-genome-data" (Berikan lokasi bucket Amazon S3 tertentu, atau biarkan Amazon Q menjelajah)

  • “Temukan wadah yang sesuai di repositori Amazon ECR saya dan perbarui inputs.json untuk menggunakan ini”

  • “Temukan atau buat peran IAM yang sesuai untuk digunakan saat menjalankan alur kerja”

  • “Buat cache run untuk alur kerja saya”

  • “Jalankan alur kerja di HealthOmics”

  • “Periksa status lari”

Awas

Saat bekerja dengan Amazon Q CLI, tinjau semua konten yang dihasilkan dan tindakan yang diusulkan sebelum melanjutkan. Berikan umpan balik untuk meningkatkan kualitas respons dan agar sesuai dengan kebutuhan alur kerja Anda. Untuk informasi selengkapnya, lihat Pertimbangan keamanan dan praktik terbaik untuk Amazon Q.