Membuat toko HealthOmics anotasi - AWS HealthOmics
Membuat toko anotasi menggunakan konsolMembuat toko anotasi menggunakan API

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Membuat toko HealthOmics anotasi

penting

AWS HealthOmics toko varian dan toko anotasi tidak lagi terbuka untuk pelanggan baru. Pelanggan yang sudah ada dapat terus menggunakan layanan ini seperti biasa. Untuk informasi selengkapnya, lihat AWS HealthOmics toko varian dan perubahan ketersediaan toko anotasi.

Penyimpanan anotasi adalah penyimpanan data yang mewakili database anotasi, seperti dari file TSV, VCF, atau GFF. Jika genom referensi yang sama ditentukan, penyimpanan anotasi dipetakan ke sistem koordinat yang sama dengan penyimpanan varian selama impor. Topik berikut menunjukkan cara menggunakan HealthOmics konsol dan AWS CLI untuk membuat dan mengelola toko anotasi.

Membuat toko anotasi menggunakan konsol

Gunakan prosedur berikut untuk membuat toko anotasi dengan HealthOmics konsol.

Untuk membuat toko anotasi

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih toko anotasi.

  3. Pada halaman Toko anotasi, pilih Buat toko anotasi.

  4. Pada halaman Create annotation store, berikan informasi berikut

    • Nama toko anotasi - Nama unik untuk toko ini.

    • Deskripsi (opsional) - Deskripsi genom referensi ini.

    • Format data dan detail skema - Pilih format file data dan unggah definisi skema untuk toko ini.

    • Genom referensi - Genom referensi untuk anotasi ini.

    • Enkripsi Data - Pilih apakah Anda ingin enkripsi data dimiliki dan dikelola oleh AWS atau oleh Anda sendiri.

    • Tag (opsional) - Berikan hingga 50 tag untuk toko anotasi ini.

  5. Pilih Buat toko anotasi.

Membuat toko anotasi menggunakan API

Contoh berikut menunjukkan cara membuat toko anotasi menggunakan. AWS CLI Untuk semua operasi AWS CLI dan API, Anda harus menentukan format data Anda. 

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

Anda menerima tanggapan berikut untuk mengonfirmasi pembuatan toko anotasi Anda.

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

Untuk mempelajari lebih lanjut tentang penyimpanan anotasi, gunakan get-annotation-storeAPI.

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

Anda menerima tanggapan berikut.

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

Untuk melihat semua penyimpanan anotasi yang terkait dengan akun, gunakan operasi list-annotation-storesAPI.

aws omics list-annotation-stores

Anda menerima respons yang mencantumkan semua toko anotasi, beserta statusnya IDs, dan detail lainnya, seperti yang ditunjukkan dalam contoh respons berikut.

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

Anda juga dapat memfilter tanggapan berdasarkan status atau kriteria lainnya.