View a markdown version of this page

Membuat toko HealthOmics referensi - AWS HealthOmics
Membuat toko referensi menggunakan konsolMembuat toko referensi menggunakan CLI

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Membuat toko HealthOmics referensi

Penyimpanan referensi di HealthOmics adalah penyimpanan data untuk penyimpanan genom referensi. Anda dapat memiliki satu toko referensi di setiap Akun AWS Wilayah. Anda dapat membuat toko referensi menggunakan konsol atau CLI.

Membuat toko referensi menggunakan konsol

Untuk membuat toko referensi

  1. Buka konsol HealthOmics .

  2. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih toko Referensi.

  3. Pilih Referensi genom dari opsi penyimpanan data Genomik.

  4. Anda dapat memilih genom referensi yang diimpor sebelumnya atau mengimpor yang baru. Jika Anda belum mengimpor genom referensi, pilih Impor genom referensi di kanan atas.

  5. Pada halaman pekerjaan impor genom referensi, pilih opsi Buat cepat atau Buat manual untuk membuat penyimpanan referensi, lalu berikan informasi berikut.

    • Nama genom referensi - Nama unik untuk toko ini.

    • Deskripsi (opsional) - Deskripsi toko referensi ini.

    • Peran IAM - Pilih peran dengan akses ke genom referensi Anda.

    • Referensi dari Amazon S3 - Pilih file urutan referensi Anda di bucket Amazon S3.

    • Tag (opsional) - Berikan hingga 50 tag untuk toko referensi ini.

Membuat toko referensi menggunakan CLI

Contoh berikut menunjukkan cara membuat toko referensi dengan menggunakan AWS CLI. Anda dapat memiliki satu toko referensi per Wil AWS ayah.

Toko referensi mendukung penyimpanan file FASTA dengan ekstensi.fasta,.fa,.fas,.fsa,.faa,.fna,.ffn,.frn,.mpfa,.seq,.txt. bgzipVersi ekstensi ini juga didukung.

Dalam contoh berikut, ganti reference store name dengan nama yang telah Anda pilih untuk toko referensi Anda.

aws omics create-reference-store --name "reference store name"

Anda menerima respons JSON dengan ID dan nama penyimpanan referensi, ARN, dan stempel waktu saat penyimpanan referensi Anda dibuat.

{
    "id": "3242349265",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/3242349265",
    "name": "MyReferenceStore",
    "creationTime": "2022-07-01T20:58:42.878Z"
}

Anda dapat menggunakan ID penyimpanan referensi dalam AWS CLI perintah tambahan. Anda dapat mengambil daftar ID penyimpanan referensi yang ditautkan ke akun Anda dengan menggunakan perintah list-reference-stores, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut.

aws omics list-reference-stores

Sebagai tanggapan, Anda menerima nama toko referensi yang baru dibuat.

{
    "referenceStores": [
        {
              "id": "3242349265",
              "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/3242349265",
              "name": "MyReferenceStore",
             "creationTime": "2022-07-01T20:58:42.878Z"
         }
     ]
}

Setelah Anda membuat penyimpanan referensi, Anda dapat membuat pekerjaan impor untuk memuat file referensi genom ke dalamnya. Untuk melakukannya, Anda harus menggunakan atau membuat peran IAM untuk mengakses data. Berikut ini adalah contoh kebijakan .

JSON
{
    "Version":"2012-10-17",
    "Statement": [
        {
            "Effect": "Allow",
            "Action": [
                "s3:GetObject",
                "s3:GetBucketLocation"
                
            ],
            "Resource": [
                "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
                "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
            ]
        }
    ]
}

Anda juga harus memiliki kebijakan kepercayaan yang mirip dengan contoh berikut.

JSON
{
    "Version":"2012-10-17",
    "Statement": [
        {
            "Effect": "Allow",
            "Principal": {
                "Service": [
                   "omics.amazonaws.com"
                ]
            },
            "Action": "sts:AssumeRole"
        }
    ]
}

Anda sekarang dapat mengimpor genom referensi. Contoh ini menggunakan Genome Reference Consortium Human Build 38 (hg38), yang merupakan akses terbuka dan tersedia dari Registry of Open Data pada. AWS Bucket yang menampung data ini berbasis di AS Timur (Ohio). Untuk menggunakan bucket di Wil AWS ayah lain, Anda dapat menyalin data ke bucket Amazon S3 yang dihosting di Wilayah Anda. Gunakan AWS CLI perintah berikut untuk menyalin genom ke bucket Amazon S3 Anda. 

aws s3 cp s3://broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta s3://amzn-s3-demo-bucket

Anda kemudian dapat memulai pekerjaan impor Anda. Gantireference store ID,role ARN, dan source file path dengan masukan Anda sendiri.

aws omics start-reference-import-job --reference-store-id reference store ID --role-arn role ARN --sources source file path

Setelah data diimpor, Anda menerima respons berikut dalam JSON.

{
        "id": "7252016478",
        "referenceStoreId": "3242349265",
        "roleArn": "arn:aws:iam::111122223333:role/OmicsReferenceImport",
        "status": "CREATED",
        "creationTime": "2022-07-01T21:15:13.727Z"
}

Anda dapat memantau status pekerjaan dengan menggunakan perintah berikut. Dalam contoh berikut, ganti reference store ID dan job ID dengan ID toko referensi Anda dan ID pekerjaan yang ingin Anda pelajari lebih lanjut.

aws omics get-reference-import-job --reference-store-id reference store ID --id job ID

Sebagai tanggapan, Anda menerima tanggapan dengan detail untuk penyimpanan referensi dan statusnya.

{
    "id": "7252016478",
    "referenceStoreId": "3242349265",
    "roleArn": "arn:aws:iam::555555555555:role/OmicsReferenceImport",
    "status": "RUNNING",
    "creationTime": "2022-07-01T21:15:13.727Z",
    "sources": [
        {
            "sourceFile": "s3://amzn-s3-demo-bucket/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "name": "MyReference"
        }
    ]
}

Anda juga dapat menemukan referensi yang diimpor dengan mencantumkan referensi Anda dan memfilternya berdasarkan nama referensi. Ganti reference store ID dengan ID toko referensi Anda, dan tambahkan filter opsional untuk mempersempit daftar.

aws omics list-references --reference-store-id reference store ID --filter name=MyReference

Sebagai tanggapan, Anda menerima informasi berikut.

{
    "references": [
        {
            "id": "1234567890",
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "referenceStoreId": "12345678",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "status": "ACTIVE",
            "name": "MyReference",
            "creationTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
            "updateTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z"
        }
    ]
}

Untuk mempelajari lebih lanjut tentang metadata referensi, gunakan operasi API get-referenc e-metadata. Dalam contoh berikut, ganti reference store ID dengan ID toko referensi Anda dan reference ID dengan ID referensi yang ingin Anda pelajari lebih lanjut.

aws omics get-reference-metadata --reference-store-id reference store ID --id reference ID

Anda menerima informasi berikut sebagai tanggapan.

{
    "id": "1234567890",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/referencestoreID/reference/referenceID",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "status": "ACTIVE",
    "name": "MyReference",
    "creationTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
    "updateTime": "2022-07-02T00:15:19.787Z",
    "files": {
        "source": {
            "totalParts": 31,
            "partSize": 104857600,
            "contentLength": 3249912778
        },
        "index": {
            "totalParts": 1,
            "partSize": 104857600,
            "contentLength": 160928
        }
    }
}

Anda juga dapat mengunduh bagian dari file referensi dengan menggunakan get- reference. Dalam contoh berikut, ganti reference store ID dengan ID toko referensi Anda dan reference ID dengan ID referensi tempat Anda ingin mengunduh.

aws omics get-reference --reference-store-id reference store ID --id reference ID --part-number 1 outfile.fa