Mengaktifkan set baca di HealthOmics

Anda dapat mengaktifkan set baca yang diarsipkan dengan operasi start-read-set-activation-job API, atau melalui AWS CLI, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut. Ganti sequence store ID dan read set id dengan ID toko urutan Anda dan set baca IDs.

aws omics start-read-set-activation-job 
     --sequence-store-id sequence store ID \
     --sources readSetId=read set ID readSetId=read set id_1 read set id_2        

Anda menerima tanggapan yang berisi informasi pekerjaan aktivasi, seperti yang ditunjukkan di bawah ini.

{
    "id": "12345678",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00"
}                   

Setelah pekerjaan aktivasi dimulai, Anda dapat memantau kemajuannya dengan operasi API get-read-set-activation-job. Berikut ini adalah contoh cara menggunakan AWS CLI untuk memeriksa status pekerjaan aktivasi Anda. Ganti job ID dan sequence store ID dengan ID toko urutan dan pekerjaan Anda IDs, masing-masing.

aws omics get-read-set-activation-job --id job ID --sequence-store-id sequence store ID                    

Respons merangkum pekerjaan aktivasi, seperti yang ditunjukkan pada berikut ini.

{
    "id": 123567890,
    "sequenceStoreId": 123467890,
    "status": "SUBMITTED",
    "statusUpdateReason": "The job is submitted and will start soon.",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00",
    "sources": [
        {
            "readSetId": <reads set id_1>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        },
        {
            "readSetId": <read set id_2>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        }
    ]
}                    

Anda dapat memeriksa status pekerjaan aktivasi dengan operasi get-read-set-metadataAPI. Status yang mungkin adalahACTIVE,ACTIVATING, danARCHIVED. Dalam contoh berikut, ganti sequence store ID dengan ID penyimpanan urutan Anda, dan ganti read set ID dengan ID set baca Anda.

aws omics get-read-set-metadata --sequence-store-id sequence store ID --id read set ID

Tanggapan berikut menunjukkan kepada Anda bahwa set baca aktif.

{
    "id": "12345678",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:sequenceStore/1234567890/readSet/12345678",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "subjectId": "mySubject",
    "sampleId": "mySample",
    "status": "ACTIVE",
    "name": "HG00100",
    "description": "HG00100 aligned to HG38 BAM",
    "fileType": "BAM",
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "sequenceInformation": {
        "totalReadCount": 1513467,
        "totalBaseCount": 163454436,
        "generatedFrom": "Pulled from SRA",
        "alignment": "ALIGNED"
    },
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/0123456789/reference/0000000001",
    "files": {
        "source1": {
            "totalParts": 2,
            "partSize":  10485760,
            "contentLength": 17112283,
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
         },
        "index": {
            "totalParts": 1,
            "partSize": 53216,
            "contentLength": 10485760
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
        }
    },
    "creationType": "IMPORT",
    "etag": {
        "algorithm": "BAM_MD5up",
        "source1": "d1d65429212d61d115bb19f510d4bd02"
    }
}                     

Anda dapat melihat semua pekerjaan aktivasi set baca dengan menggunakan list-read-set-activation-jobs, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut. Dalam contoh berikut, ganti sequence store ID dengan ID toko urutan Anda.

aws omics list-read-set-activation-jobs --sequence-store-id sequence store ID                

Anda menerima tanggapan berikut.

{
    "activationJobs": [
        {
            "id": 1234657890,
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED",
            "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
            "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
        }
    ]
}