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Résolution des problèmes - AWS HealthOmics
Résolution des problèmes de fluxRésolution des problèmes de mise en cache des appelsRésolution des problèmes de stockage de donnéesRésolution des problèmes avec Kiro CLI

Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

Résolution des problèmes

Les rubriques suivantes peuvent vous aider à résoudre les problèmes que vous rencontrez lors de l'utilisation des HealthOmics flux de travail et des magasins de données.

Résolution des problèmes de flux

Comment résoudre les problèmes liés à un échec d'exécution ?

Utilisez l'opération GetRun API pour récupérer la raison de l'échec. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Raisons d'échec de l'exécution.

Comment résoudre les problèmes liés à l'échec d'une tâche ?

Consultez le code d'erreur figurant dans le message d'échec de la tâche pour comprendre l'échec. Consultez les journaux des tâches CloudWatch pour voir les messages de journalisation détaillés relatifs à la tâche. Si vous ne recevez pas de messages de journal détaillés, vous pouvez modifier votre flux de travail pour générer des instructions de journal supplémentaires. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Surveillance à HealthOmics l'aide de CloudWatch journaux.

Où puis-je trouver les journaux du moteur ?

HealthOmics publie les journaux du moteur CloudWatch en temps quasi réel pour toutes les exécutions (réussies et échouées). Les journaux du moteur sont également envoyés à votre compartiment Amazon S3 une fois l'exécution terminée. Pour plus d’informations, consultez Surveillance à HealthOmics l'aide de CloudWatch journaux et Se connecte à Amazon S3.

Comment puis-je réduire la taille des paramètres d'entrée pour un flux de travail ?

Vous pouvez spécifier jusqu'à 50 Ko de paramètres d'entrée pour un flux de travail. Vous pouvez utiliser des importations de répertoires ou des feuilles d'exemple pour respecter cette contrainte de taille. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Gestion de la taille des paramètres d'exécution.

Pourquoi ma course ne se termine-t-elle pas ?

S'il y a des problèmes avec votre code et que les processus ne se sont pas terminés correctement, votre exécution peut ne pas répondre ou être « bloquée ». Pour plus d'informations sur la façon de prévenir et de détecter les courses qui ne répondent pas, consultezConseils pour les essais qui ne répondent pas.

Résolution des problèmes de mise en cache des appels

Les rubriques suivantes peuvent vous aider à résoudre les problèmes que vous rencontrez lors de la mise en cache des appels.

Pourquoi ma course n'est-elle pas enregistrée dans le cache ?

  1. Vérifiez que l'exécution est configurée pour utiliser un cache en vérifiant le champ CacheID dans la réponse à l'opération GetRun d'API. À l'aide de la CLI, exécutez cette commande :aws omics get-run —id <run_id>.

  2. Si l'exécution a réussi, vérifiez que le comportement du cache renvoyé dans la GetRun réponse est CACHE_ALWAYS. Si le comportement du cache est défini sur CACHE_ON_FAILURE, les exécutions ne seront enregistrées dans le cache qu'en cas d'échec.

Pourquoi une tâche n'utilise-t-elle pas l'entrée du cache ?

<cache_id><cache_uuid>Dans le groupe de /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch journaux, ouvrez le flux de journal pour le cache d'exécution : RunCache//.

  1. Vérifiez qu'une exécution précédente a créé une entrée de cache pour la tâche qui devait être mise en cache. Les exécutions enregistrées dans le cache seront enregistrées avec un message de journal de type CACHE_ENTRY_CREATED.

  2. Localisez le journal CACHE_MISS pour la tâche et exécutez-le terminé. S'il n'y a aucune entrée de journal, vérifiez que l'exécution a été configurée pour utiliser le cache.

  3. Si une entrée de cache a été créée, vérifiez que les processeurs, la mémoire, les GPU et le condensé du conteneur sont identiques pour les deux tâches. L'ARN de la tâche qui a créé l'entrée de cache se trouve dans le message du journal.

  4. Si les exigences de calcul pour les deux tâches correspondent, vérifiez que les entrées n'ont pas changé entre les tâches. Pour ce faire, ouvrez les journaux du moteur. Les journaux du moteur sont disponibles dans CloudWatch Log Group/aws/omics/WorkflowLog pour toutes les exécutions. Ils sont également disponibles dans le répertoire de sortie de l'exécution une fois terminée.

Pourquoi la mise en cache des appels pour une tâche est-elle désactivée ?

Vérifiez si la tâche est configurée pour désactiver la mise en cache à l'aide des fonctionnalités du moteur de flux de travail :

  • Pour les flux de travail WDL : vérifiez si la tâche est définie sur « volatile » true dans la méta-section

  • Pour les flux de travail Nextflow : vérifiez si la directive de cache de la tâche est définie sur false

  • Pour les flux de travail CWL : vérifiez si EnableReuse est défini sur pour la tâche pour la fonctionnalité false WorkReuse

Résolution des problèmes de stockage de données

Pourquoi S3 GetObject échoue-t-il sur mon appareil de lecture ?

Le plus souvent, l'échec est dû à une autorisation manquante. L'autorisation de lecture S3 du magasin de séquences est une configuration bidirectionnelle nécessitant à la fois la politique d'accès S3 du magasin de séquences pour autoriser l'accès et le principal IAM d'avoir une politique associée autorisant l'accès. Pour plus de détails sur les exigences de la politique, voirAutorisations d'accès aux données à l'aide d'Amazon S3 URIs. Vérifiez que les configurations suivantes sont en place :

  • La politique d'accès S3 du magasin de séquences a explicitement autorisé l'accès au principal IAM ou à la racine du compte du principal.

  • Vérifiez que le principal IAM dispose d'une politique fournissant explicitement l'autorisation d'accéder à la ressource. Notez que la politique principale IAM doit utiliser l'ARN du point d'accès et non le chemin basé sur l'alias du point d'accès lors de la définition des autorisations et que l'ARN est en condition et n'est pas utilisé pour spécifier une ressource.

  • Si votre boutique utilise une clé gérée par le client (CMK-KMS), assurez-vous que le responsable IAM dispose des autorisations kms:decrypt sur la clé. Consultez le guide d'accès multicompte KMS pour configurer l'utilisation entre les comptes.

Si votre politique utilise des contrôles d'accès basés sur des balises, assurez-vous de ce qui suit :

  • Assurez-vous que le magasin de séquences a fini de synchroniser les balises. Pour cela, le statut de la boutique doit être active et nonupdating.

  • Assurez-vous qu'il n'y a pas de fautes de frappe dans la clé de balise ou dans la valeur de la clé du jeu de lecture et de la politique.

Pourquoi ne puis-je pas voir mon magasin d'annotations ou mon magasin de variantes dans Athena ?

Dans Lake Formation, veillez à créer un lien vers une ressource en fonction de la boutique qui a été partagée avec vous. Une fois que vous avez créé un lien vers une ressource auquel vous êtes autorisé à accéder, la boutique devrait être visible dans Athena. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Configuration de Lake Formation à utiliser HealthOmics.

Pourquoi ne puis-je pas accéder à ma banque de données dans Athena ?

Si votre magasin d'annotations ou de variantes est visible mais que vous recevez un message d'erreur indiquant que l'accès est refusé, vérifiez la version du moteur de requête que vous utilisez. Seules les requêtes exécutées à l'aide de la version 3 du moteur sont prises en charge. Pour en savoir plus sur les versions du moteur de requête Athena, consultez la documentation Amazon Athena.

Résolution des problèmes avec Kiro CLI

Kiro CLI peut vous aider à rationaliser votre processus de dépannage en :

  • Analyse des exécutions du flux de travail et des échecs des tâches de débogage

  • Collecte des journaux et des messages d'erreur pertinents

  • Création de dossiers de AWS support avec tous les journaux de débogage nécessaires

  • Supprime les informations personnelles identifiables (PII) des informations soumises au support AWS

Pour plus d'informations sur l'utilisation de la CLI Kiro AWS HealthOmics pour le dépannage et la création de dossiers de support, consultez le didacticiel HealthOmics Agentic Generative AI sur. GitHub

Avertissement

Lorsque vous travaillez avec Kiro CLI, passez en revue tout le contenu généré et les actions proposées avant de continuer. Fournissez des commentaires pour améliorer la qualité des réponses et répondre aux exigences de votre flux de travail. Pour plus d'informations, consultez la section Considérations de sécurité et meilleures pratiques pour Kiro.