Importation de données FHIR avec AWS HealthLake - AWS HealthLake

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Importation de données FHIR avec AWS HealthLake

Après avoir créé un magasin de HealthLake données, l'étape suivante consiste à importer des fichiers depuis un compartiment Amazon Simple Storage Service (S3). Vous pouvez démarrer une tâche d'importation FHIR en utilisant le AWS Management Console AWS CLI, ou AWS SDKs. Utilisez AWS HealthLake des actions natives pour démarrer, décrire et répertorier les tâches d'importation FHIR.

Important

HealthLake prend en charge la spécification FHIR R4 pour l'échange de données sur les soins de santé. Si nécessaire, vous pouvez travailler avec un AWS HealthLake partenaire pour convertir vos données de santé au format FHIR R4 avant de les importer.

Lorsque vous démarrez une tâche d'importation FHIR, vous spécifiez un emplacement d'entrée de compartiment Amazon S3, un emplacement de sortie de compartiment Amazon S3 (pour les résultats du traitement de la tâche), un rôle IAM qui donne HealthLake accès à vos compartiments Amazon S3 et une clé détenue ou AWS détenue par le client. AWS Key Management Service Pour de plus amples informations, veuillez consulter Configuration des autorisations pour les tâches d'importation.

Note

Vous pouvez mettre en file d'attente les tâches d'importation. Les tâches d'importation asynchrones sont traitées selon le mode FIFO (First In First Out). Vous pouvez mettre les tâches en file d'attente de la même manière que vous commencez à importer des tâches. Si l'un d'entre eux est en cours, il sera simplement mis en file d'attente. Vous pouvez créer, lire, mettre à jour ou supprimer des ressources FHIR pendant qu'une tâche d'importation est en cours.

HealthLake génère un manifest.json fichier pour chaque tâche d'importation FHIR. Le fichier décrit à la fois les réussites et les échecs d'une tâche d'importation FHIR. HealthLake envoie le manifest.json fichier dans le compartiment Amazon S3 spécifié lors du démarrage d'une tâche d'importation FHIR. Les fichiers journaux sont organisés en deux dossiers, nommés SUCCESS etFAILURE. Utilisez le manifest.json fichier comme première étape pour résoudre les problèmes liés à l'échec d'une tâche d'importation, car il fournit des informations détaillées sur chaque fichier.

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
Configuration du niveau de validation pour les importations

Lorsque vous démarrez une tâche d'importation FHIR, vous pouvez éventuellement spécifier un ValidationLevel à appliquer à chaque ressource. AWS HealthLake prend actuellement en charge les niveaux de validation suivants :

  • strict: Les ressources sont validées en fonction de l'élément de profil de la ressource ou de la spécification R4 si aucun profil n'est présent. Il s'agit du niveau de validation par défaut pour AWS HealthLake.

  • structure-only: Les ressources sont validées par rapport à R4, en ignorant les profils référencés.

  • minimal: Les ressources sont validées de manière minimale, sans tenir compte de certaines règles R4. Les ressources qui échouent aux vérifications de structure requises search/analytics seront mises à jour pour inclure un avertissement d'audit.

Lors de l'importation à l'aide du niveau de minimal validation, des fichiers journaux supplémentaires peuvent être générés dans un dossier nomméSUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES. Les ressources contenues dans les fichiers journaux de ce dossier ont été ingérées dans votre banque de données malgré l'échec des contrôles de validation liés à la recherche. Cela implique que certains aspects de votre ressource FHIR n'étaient pas valides selon FHIR et que les champs mal formés peuvent ne pas être consultables. Ces ressources seront accompagnées d'extensionune annexe décrivant ladite défaillance.

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