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Appelez des variants génétiques avec bwa et bcftools sur Deadline Cloud
L'ensemble de tâches bwa, appelle les variants avec bcftools et fusionne les résultats dans un seul fichier VCF. Le pipeline réimplémente le pipeline de didacticiels d'appel de variantes AWS HealthOmics WDL dans Open Job Description.
Le bundle présente des modèles qui se répercutent sur d'autres charges de travail scientifiques :
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Logiciel fourni sous forme de packages conda à partir du canal Bioconda plutôt que intégrés dans des images de conteneurs.
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Fan-out sur deux paramètres de tâche différents : les dispersions d'alignement sur les échantillons et les diffusions d'appels de variantes sur les régions du génome, avec une étape de fusion lors de la collecte.
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Un environnement de travail qui vérifie que chaque outil requis est activé
PATHune fois par session et indique les packages et les canaux exacts à configurer s'il en manque.
Le bundle nécessite une ferme dotée d'une flotte Linux, un environnement de file d'attente conda avec des canaux définis conda-forge bioconda dans cet ordre et la CLI Deadline Cloud. Téléchargez les exemples de données (environ 950 Ko), puis soumettez :
python sample_inputs/fetch_test_data.py deadline bundle submit .
Les paramètres par défaut (2 échantillons, 4 régions) produisent 10 tâches. Le README couvre l'apport de votre propre cohorte, la mise à l'échelle de la liste des régions et les étapes qu'une analyse de production ajouterait. Pour d'autres exemples de biosciences, voir Prédisez les structures des protéines avec ESMFold sur Deadline CloudExécutez des simulations de dynamique moléculaire GROMACS sur Deadline Cloud, et. Organisez une projection virtuelle avec AutoDock Vina sur Deadline Cloud
