Exécutez des simulations de dynamique moléculaire GROMACS sur Deadline Cloud

Le bundle de tâches gromacs_md exécute un pipeline de simulation de dynamique moléculaire GROMACS allant de la structure des protéines brutes à la trajectoire analysée. Le pipeline assure la préparation du système, la minimisation de l'énergie, NVT/NPT l'équilibrage, la production MD et l'analyse (RMSD, RMSF, rayon de giration, liaisons hydrogène). Plusieurs répliques indépendantes se répartissent en parallèle grâce au MaxReplicaIndex paramètre.

Le bundle nécessite une ferme Deadline Cloud avec un parc géré par des services Linux x86_64 (minimum 4 vCPU) et un environnement de file d'attente conda avec from. gromacs conda-forge Aucun script de configuration d'hôte ou recette de conda personnalisée n'est nécessaire.

Le bundle comprend des échantillons de données pour le lysozyme du blanc d'œuf de poule (PDB : 1AKI) et les fichiers de paramètres MDP ci-dessous. sample_inputs/mdp/

Depuis le job_bundles répertoire, soumettez le job :

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Pour exécuter 10 répliques indépendantes en parallèle :

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"