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Compatibilidad de versiones para lenguajes de definición HealthOmics de flujos de trabajo - AWS HealthOmics
Compatibilidad con la versión WDLCompatibilidad con la versión CWLCompatibilidad con la versión de Nextflow

Las traducciones son generadas a través de traducción automática. En caso de conflicto entre la traducción y la version original de inglés, prevalecerá la version en inglés.

Compatibilidad de versiones para lenguajes de definición HealthOmics de flujos de trabajo

HealthOmics admite archivos de definición de flujos de trabajo escritos en Nextflow, WDL o CWL. En las siguientes secciones se proporciona información sobre la compatibilidad de HealthOmics versiones para estos idiomas.

Compatibilidad con la versión WDL

HealthOmics es compatible con las versiones 1.0 y 1.1 y la versión de desarrollo de la especificación WDL.

Todos los documentos de la WDL deben incluir una declaración de versión para especificar la versión (principal y secundaria) de la especificación a la que se adhiere. Para obtener más información sobre las versiones, consulte el control de versiones de WDL

Las versiones 1.0 y 1.1 de la especificación WDL no admiten este tipo. Directory Para usar el Directory tipo para entradas o salidas, defina la versión development en la primera línea del archivo:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

Compatibilidad con la versión CWL

HealthOmics admite las versiones 1.0, 1.1 y 1.2 del lenguaje CWL.

Puede especificar la versión del idioma en el archivo de definición del flujo de trabajo de CWL. Para obtener más información sobre CWL, consulte la guía del usuario de CWL

Compatibilidad con la versión de Nextflow

HealthOmics admite cinco versiones estables de Nextflow. Nextflow normalmente lanza una versión estable cada seis meses. HealthOmics no es compatible con las versiones «periféricas» mensuales.

HealthOmics admite las funciones publicadas en cada versión, pero no las funciones de vista previa.

Versiones compatibles

HealthOmics admite las siguientes versiones de Nextflow:

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 y DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2 (predeterminado)

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

  • Nextflow v25.10.0 DSL 2

  • Nextflow v26.04.0 DSL 2

nota

La versión 26.04.0 de Nextflow usa el analizador de sintaxis estricto (v2) de forma predeterminada. Para usar el analizador antiguo, establézcalo en al iniciar una engineSettings.syntaxVersion ejecución. v1 Para Nextflow v25.10.0 y versiones anteriores, HealthOmics no admite el modo de sintaxis estricta y el único valor permitido es. v1

Por separado, HealthOmics ejecuta el estricto linter integrado de Nextflow durante la creación del flujo de trabajo. El linter se aplica a todas las versiones de DSL2 (v22.04, v23.10, v24.10, v25.10 y v26.04). Los flujos de trabajo de la DSL1 no están limitados. Los hallazgos de Lint aparecen en el statusMessage campo de la respuesta. GetWorkflow Para obtener más información, consulte El flujo de trabajo apunta a HealthOmics.

Para migrar tu flujo de trabajo a la última versión compatible (v26.04.0), sigue la guía de actualización de Nextflow. https://nextflow.io/docs/latest/migrations/26-04.html

Hay algunos cambios importantes al migrar a Nextflow v24, v25 o v26. Siga la guía de migración de Nextflow. https://www.nextflow.io/docs/latest/migrations/index.html

Detecta y procesa las versiones de Nextflow

HealthOmics detecta la versión de DSL y la versión de Nextflow que especifique. Determina automáticamente la mejor versión de Nextflow para ejecutarse en función de estas entradas.

Versión DSL

HealthOmics detecta la versión de DSL solicitada en el archivo de definición del flujo de trabajo. Por ejemplo, puede especificar:nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics admite DSL 2 de forma predeterminada. Proporciona compatibilidad con versiones anteriores de DSL 1, si se especifica en el archivo de definición del flujo de trabajo.

  • Si especificas DSL 1, HealthOmics ejecuta Nextflow v22.04 DSL1 (la única versión compatible que ejecuta DSL 1).

  • Si no especificas una versión de DSL o si no HealthOmics puedes analizar la información de DSL por cualquier motivo (por ejemplo, errores de sintaxis en el archivo de definición del flujo de trabajo), el valor predeterminado es DSL 2 y ejecuta Nextflow v23.10.0. HealthOmics

  • Para actualizar tu flujo de trabajo de DSL 1 a DSL 2 para aprovechar las últimas versiones y funciones del software de Nextflow, consulta Migración desde DSL 1. https://nextflow.io/docs/latest/dsl1.html

Versiones de Nextflow

HealthOmics detecta la versión de Nextflow solicitada en el archivo de configuración de Nextflow (nextflow.config), si proporciona este archivo. Le recomendamos que añada la nextflowVersion cláusula al final del archivo para evitar cualquier anulación inesperada de las configuraciones incluidas. Para obtener más información, consulta la configuración de Nextflow.

Puede especificar una versión de Nextflow o un rango de versiones con la siguiente sintaxis:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics procesa la información de la versión de Nextflow de la siguiente manera:

  • Si usa = para especificar una versión exacta que sea HealthOmics compatible, HealthOmics usa esa versión.

  • Si se utiliza ! para especificar una versión exacta o un rango de versiones que no son compatibles, se HealthOmics genera una excepción y se produce un error en la ejecución. Considera la posibilidad de usar esta opción si quieres ser estricto con las solicitudes de versiones y fallar rápidamente si la solicitud incluye versiones no compatibles.

  • Si especificas un rango de versiones, HealthOmics usa la versión de mayor preferencia de ese rango. El orden de preferencia de mayor a menor es v23.10.0, v22.04.0, v24.10.8, v25.10.0 y v26.04.0. Por ejemplo:

    • Si el rango abarca las versiones HealthOmics 25.10.0 y 26.04.0, elija la versión 25.10.0.

    • Si la gama abarca las versiones 24.10.8 y 25.10.0, elija la versión 24.10.8. HealthOmics

  • Si no hay ninguna versión solicitada o si las versiones solicitadas no son válidas o no se pueden analizar por algún motivo:

    • Si especificó DSL 1, HealthOmics ejecuta la versión 22.04 de Nextflow.

    • De lo contrario, ejecuta la versión 23.10.0 de HealthOmics Nextflow.

Puede anular la versión de Nextflow seleccionada automáticamente configurándola en la solicitud. engineSettings.engineVersion StartRun Esto vincula la ejecución a una versión específica de Nextflow, independientemente de la versión especificada en el archivo del flujo de trabajo. nextflow.config Para obtener más información, consulte Especifique la configuración del motor Nextflow.

Puede recuperar la siguiente información sobre la versión de Nextflow que HealthOmics se utilizó para cada ejecución:

  • Los registros de ejecución contienen información sobre la versión real de Nextflow que HealthOmics se utilizó para la ejecución.

  • HealthOmics agrega advertencias en los registros de ejecución si no hay una coincidencia directa con la versión solicitada o si es necesario usar una versión diferente a la que especificó.

  • La respuesta a la operación de la GetRun API incluye un campo (engineVersion) con la versión real de Nextflow que HealthOmics se utilizó para la ejecución. Por ejemplo:

    "engineVersion":"22.04.0"