Importación de datos del FHIR con AWS HealthLake - AWS HealthLake

Las traducciones son generadas a través de traducción automática. En caso de conflicto entre la traducción y la version original de inglés, prevalecerá la version en inglés.

Importación de datos del FHIR con AWS HealthLake

Tras crear un almacén de HealthLake datos, el siguiente paso es importar los archivos de un bucket de Amazon Simple Storage Service (S3). Puede iniciar un trabajo de importación del FHIR con AWS Management Console AWS CLI, o AWS SDKs. Utilice AWS HealthLake acciones nativas para iniciar, describir y enumerar los trabajos de importación del FHIR.

Importante

HealthLake es compatible con la especificación R4 del FHIR para el intercambio de datos de atención médica. Si es necesario, puede trabajar con un AWS HealthLake socio para convertir sus datos de salud al formato FHIR R4 antes de importarlos.

Al iniciar un trabajo de importación de FHIR, debe especificar una ubicación de entrada del bucket de Amazon S3, una ubicación de salida del bucket de Amazon S3 (para los resultados del procesamiento del trabajo), un rol de IAM que le concede HealthLake acceso a los buckets de Amazon S3 y una clave propiedad o AWS propiedad del cliente. AWS Key Management Service Para obtener más información, consulte Configurar los permisos para los trabajos de importación.

nota

Puede poner en cola los trabajos de importación. Los trabajos de importación asíncrona se procesan de forma FIFO (primero en entrar, primero en salir). Puede poner los trabajos en cola del mismo modo que se inician los trabajos de importación. Si hay alguno en curso, simplemente se pondrá en cola. Puede crear, leer, actualizar o eliminar los recursos del FHIR mientras se está realizando un trabajo de importación.

HealthLake genera un manifest.json archivo para cada trabajo de importación del FHIR. El archivo describe los éxitos y los fracasos de un trabajo de importación del FHIR. HealthLake envía el manifest.json archivo al bucket de Amazon S3 especificado al iniciar un trabajo de importación de FHIR. Los archivos de registro se organizan en dos carpetas, denominadas SUCCESS yFAILURE. Utilice el manifest.json archivo como primer paso para solucionar un error en un trabajo de importación, ya que proporciona detalles sobre cada archivo.

{
    "inputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-source-bucket/healthlake-input/invalidInput/"
    },
    "outputDataConfig": {
        "s3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/",
        "encryptionKeyID": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/fbbbfee3-20b3-42a5-a99d-c48c655ed545"
    },
    "successOutput": {
        "successOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/SUCCESS/"
    },
    "failureOutput": {
        "failureOutputS3Uri": "s3://amzn-s3-demo-logging-bucket/32839038a2f47f17c2fe0f53f0c3a0ba-FHIR_IMPORT-19dd7bb7bcc8ee12a09bf6d322744a3d/FAILURE/"
    },
    "numberOfScannedFiles": 1,
    "numberOfFilesImported": 1,
    "sizeOfScannedFilesInMB": 0.023627,
    "sizeOfDataImportedSuccessfullyInMB": 0.011232,
    "numberOfResourcesScanned": 9,
    "numberOfResourcesImportedSuccessfully": 4,
    "numberOfResourcesWithCustomerError": 5,
    "numberOfResourcesWithServerError": 0
}
Configurar el nivel de validación para las importaciones

Al iniciar un trabajo de importación del FHIR, puede especificar si lo desea aplicar ValidationLevel a cada recurso. AWS HealthLake actualmente admite los siguientes niveles de validación:

  • strict: Los recursos se validan según el elemento de perfil del recurso o según la especificación R4 si no hay ningún perfil presente. Este es el nivel de validación predeterminado para AWS HealthLake.

  • structure-only: Los recursos se validan con el R4 e ignoran los perfiles a los que se hace referencia.

  • minimal: Los recursos se validan mínimamente, ignorando ciertas reglas de R4. Los recursos que no superen las comprobaciones de estructura requeridas se search/analytics actualizarán para incluir una advertencia para la auditoría.

Al importar mediante el nivel de minimal validación, es posible que se generen archivos de registro adicionales en una carpeta denominadaSUCCESS_WITH_SEARCH_VALIDATION_FAILURES. Los recursos de los archivos de registro de esta carpeta se incorporaron al almacén de datos a pesar de no superar las comprobaciones de validación relacionadas con la búsqueda. Esto implica que algunos aspectos de su recurso del FHIR no eran válidos, según el FHIR, y es posible que los campos con un formato incorrecto no se puedan buscar. Estos recursos tendrán un extension anexo que describa dicha falla.

Temas