HealthLake solicitudes de ejemplo de PNL integradas - AWS HealthLake

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HealthLake solicitudes de ejemplo de PNL integradas

Ejemplo 1: Patient registro ingerido en un HealthLake almacén de datos

El siguiente es un ejemplo de una nota clínica basada en un Patient encuentro con un profesional de la salud.

Datos sintéticos

El texto del siguiente ejemplo es de contenido sintético y no contiene información de salud protegida (PHI).

1991-08-31

# Chief Complaint
- Headache
- Sinus Pain
- Nasal Congestion
- Sore Throat
- Pain with Bright Lights
- Nasal Discharge
- Cough

# History of Present Illness
Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male.

# Social History
Patient has never smoked.

Patient comes from a middle socioeconomic background.

Patient currently has Aetna.

# Allergies
No Known Allergies.

# Medications
No Active Medications.

# Assessment and Plan
Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). 

## Plan

The patient was prescribed the following medications:
- astemizole 10 mg oral tablet
- nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector
The patient was placed on a careplan:
- self-care interventions (procedure)

Como recordatorio, esta información está codificada en formato base64 en el DocumentReference recurso. Cuando haya ingerido este documento HealthLake y se hayan completado las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical, para ver los resultados, puede empezar con la GET solicitud del tipo de recurso. DocumentReference

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Cuando las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical se realicen correctamente, busque estos pares clave-valor en extension el enlace a lo siguiente "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"

{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
		"valueString": "SUCCESS"
	},
	{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
		"valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful."
	}

En las siguientes pestañas, se muestra cómo se registra la historia clínica ingresada en su almacén de HealthLake datos en función del tipo de recurso.

DocumentReference

Para ver los resultados de un solo tipo de DocumentReference recurso, realice una GET solicitud en la que se proporcione el id de un recurso específico.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

Si tiene éxito, obtendrá un código de respuesta 200 HTTP y la siguiente respuesta JSON (que se ha truncado para mayor claridad).

Esta es la parte. http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/ Puede ver que se Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a ha agregado una nueva. También puede ver dónde se HealthLake han agregado los hallazgos basados en inferencias a tipos específicos Observation y de Condition recursos.

Para ver cómo se han modificado estos tipos de recursos, selecciona las pestañas relacionadas.

{
		"extension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf"
				}
			}
		],
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
	}
Linkage

Para ver los resultados de un solo tipo de Linkage recurso, realiza una GET solicitud en la que se proporcione el ID de un recurso específico. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Si tiene éxito, obtendrá un código de respuesta 200 HTTP y la siguiente respuesta JSON truncada.

La respuesta contiene el item elemento. En él, el par clave-valor "type": "source" indica la DocumentReference entrada específica utilizada para modificar el par clave-valor Condition y que Observations aparece debajo del par "type": "alternate" clave-valor.

También puede ver el meta elemento y el par clave-valor correspondiente, lo que indica que estos recursos fueron "tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}] creados por. HealthLake

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a",
		"active": true,
		"item":
		[
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5",
					"type": "Observation"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d",
					"type": "Condition"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
Resource type: Observation

Para ver los resultados de un solo tipo de Observation recurso, realiza una GET solicitud en la que se proporcione el ID de un recurso específico. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Los resultados de las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical se modifican para incluir los siguientes elementoscode:meta, modifierExtension y.

code

Un elemento de tipoCodeableConcept. Para obtener más información, consulte CodeableConceptla documentación del FHIR R4.

HealthLake agrega los tres pares clave-valor siguientes.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": donde la URL hace referencia a una operación específica de la API Amazon Comprehend Medical. En este caso, infiera 0 cm. ICD1

  • "code": "A52.06": ¿Dónde A52.06 está el código ICD-10-CM que identifica el concepto que se encuentra en la base de conocimientos de los Centros para el Control de Enfermedades?

  • "display": "Other syphilitic heart involvement": ¿Dónde "Other syphilitic heart involvement" está la descripción larga del código ICD-10-CM en la ontología?

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. code

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "A52.06",
			"display": "Other syphilitic heart involvement"
		  }
		],
		"text": "Other syphilitic heart involvement"
	}

Para entender si el modelo confía en que el código ICD-10-CM asignado es correcto, utilice el elemento. modifierExtension

meta

El meta elemento contiene metadatos que indican si el code elemento contiene detalles añadidos por las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical.

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

El modifierExtension elemento contiene más detalles sobre el nivel de confianza de los códigos asignados que se encuentran en el code elemento. También tiene pares clave-valor que proporcionan un enlace al original DocumentReference utilizado para generar los resultados y al tipo de recurso de enlace relacionado.

Para cada coding elemento agregado, verá una entity-score y una entity-Concept-Score agregada a la ModifierExtension. Para cada valor del par clave-valor, verá una puntuación. Puesentity-score, esta puntuación es el nivel de confianza que Amazon Comprehend Medical tiene en la precisión de la detección. entity-Concept-ScorePues esta puntuación es el nivel de confianza que Amazon Comprehend Medical tiene en cuanto a que la entidad está vinculada con precisión al concepto ICD-10-CM.

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. modifierExtension

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.45005733
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.1111792
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Respuesta JSON completa

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Observation",
		"status": "unknown",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "A52.06",
				"display": "Other syphilitic heart involvement"
			}],
			"text": "Other syphilitic heart involvement"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.45005733
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.1111792
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583"
	}
Condition

Para ver los resultados de un solo tipo de Condition recurso, realiza una GET solicitud en la que se proporcione el ID de un recurso específico. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

Los resultados de las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical se modifican para incluir los siguientes elementoscode:meta, modifierExtension y.

code

Un elemento de tipoCodeableConcept. Para obtener más información, consulte CodeableConceptla documentación del FHIR R4.

HealthLake agrega los tres pares clave-valor siguientes.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": donde la URL hace referencia a una operación específica de la API Amazon Comprehend Medical. En este caso, infiera 0 cm. ICD1

  • "code": "I70.0": ¿Dónde A52.06 está el código ICD-10-CM que identifica el concepto que se encuentra en la base de conocimientos de los Centros para el Control de Enfermedades?

  • "display": "Atherosclerosis of aorta": ¿Dónde "Other syphilitic heart involvement" está la descripción larga del código ICD-10-CM en la ontología?

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. code

"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "I70.0",
			"display": "Atherosclerosis of aorta"
		  }
		],
		"text": "Atherosclerosis of aorta"
	}

Para entender si el modelo confía en que el código ICD-10-CM asignado es correcto, utilice el elemento. modifierExtension

meta

El meta elemento contiene metadatos que indican si el code elemento contiene detalles añadidos por las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical.

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}
modifierExtension

El modifierExtension elemento contiene más detalles sobre el nivel de confianza de los códigos asignados que se encuentran en el code elemento. También tiene pares clave-valor que proporcionan un enlace al original DocumentReference utilizado para generar los resultados y al tipo de recurso de enlace relacionado.

Para cada coding elemento agregado, verá una entity-score y una entity-Concept-Score agregada a la ModifierExtension. Para cada valor del par clave-valor, verá una puntuación. Puesentity-score, esta puntuación es el nivel de confianza que Amazon Comprehend Medical tiene en la precisión de la detección. entity-Concept-ScorePues esta puntuación es el nivel de confianza que Amazon Comprehend Medical tiene en cuanto a que la entidad está vinculada con precisión al concepto ICD-10-CM.

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. modifierExtension

"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.94417894
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.8458298
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Respuesta JSON completa

{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Condition",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "I70.0",
				"display": "Atherosclerosis of aorta"
			}],
			"text": "Atherosclerosis of aorta"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.94417894
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.8458298
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd"
	}

Ejemplo 2: Una DocumentReference que contiene un tipo MedicationStatement de recurso

Este es un ejemplo de una nota clínica basada en el encuentro de un paciente con un profesional médico.

Datos sintéticos

El texto de este ejemplo es de contenido sintético y no contiene información de salud protegida (PHI).

Tom is not prescribed Advil

Las siguientes pestañas muestran cómo se registra el registro médico ingerido en el almacén de HealthLake datos en función del tipo de recurso.

DocumentReference

Para ver los resultados de un solo tipo de DocumentReference recurso, realice una GET solicitud en la que se proporcione el ID de un recurso específico. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

Si tiene éxito, obtendrá un código de respuesta 200 HTTP y la siguiente respuesta JSON truncada.

El par clave-valor,"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/", indica que los tipos de recursos que contiene los extension han agregado las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical. Puede ver el nuevo tipo de Linkage recurso y varios recursos. MedicationStatement

"extension": [{
			"extension": [{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
					"valueReference": {
						"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b"
					}
				}
			],
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
		}
Linkage

Para ver los resultados de un solo tipo de Linkage recurso, realiza una GET solicitud en la que se proporcione el ID de un recurso específico. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

Si tiene éxito, obtendrá un código de respuesta 200 HTTP y la siguiente respuesta JSON.

La respuesta contiene el item elemento. En él, el par clave-valor "type": "source" indica la DocumentReference entrada específica utilizada para modificar los tipos de MedicationStatement recursos.

También puede ver el meta elemento y el par clave-valor correspondiente"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], lo que indica que estos recursos fueron creados por. HealthLake

{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7",
		"active": true,
		"item": [{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}
MedicationStatement

Para ver los resultados de un solo tipo de MedicationStatement recurso, realiza una GET solicitud en la que se proporcione el ID de un recurso específico. 

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

El tipo de MedicationStatement recurso es donde se encuentran los resultados de la operación de la API Amazon Comprehend InferRxNorm Medical. Los resultados se modifican para incluir los siguientes elementos:medicationCodeableConcept,meta, ymodifierExtension.

medicationCodeableConcept

Un elemento de tipoCodeableConcept. Para obtener más información, consulte CodeableConceptla documentación del FHIR R4.

HealthLake agrega los tres pares clave-valor siguientes.

  • "system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: donde la URL hace referencia a una operación específica de la API Amazon Comprehend Medical. En este caso, InferRxNorm.

  • "code": "731533": ¿Dónde 731533 está un identificador RxNorm conceptual, también conocido como RxCUI?

  • "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": ¿Dónde ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil] está la descripción del concepto? RxNorm

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el MedicationStatement elemento.

"medicationCodeableConcept": {
		"coding": [
			{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/",
				"code": "731533",
				"display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]"
			}
		]
	}
meta

El meta elemento contiene metadatos que indican si el code elemento contiene detalles añadidos por las operaciones de la API Amazon Comprehend Medical.

La siguiente respuesta JSON truncada contiene solo el elemento. meta

"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z",
		"tag": [
			{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}
		]
	}
modifierExtension

El modifierExtension elemento contiene pares clave-valor que proporcionan un enlace al original DocumentReference utilizado para generar los resultados y al tipo de recurso de enlace relacionado.

"modifierExtension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c"
				}
			}
	]