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# Ejecute simulaciones de dinámica molecular de GROMACS en Deadline Cloud
<a name="examples-jb-gromacs"></a>

El paquete de tareas [gromacs\_md](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/gromacs_md) ejecuta un proceso de simulación de dinámica molecular de [GROMACS](https://www.gromacs.org/), desde la estructura de la proteína bruta hasta la trayectoria analizada. La tubería se encarga de la preparación del sistema, la minimización de la energía, el NVT/NPT equilibrio, la densidad molecular de la producción y el análisis (RMSD, RMSF, radio de giro, enlaces de hidrógeno). Varias réplicas independientes se despliegan en paralelo a través del `MaxReplicaIndex` parámetro.

El paquete requiere una granja de Deadline Cloud con una flota Linux x86\_64 gestionada por servicios (mínimo 4 vCPU) y un entorno de colas conda con from. `gromacs` `conda-forge` No se necesita un script de configuración de host ni una receta de conda personalizada.

El paquete incluye datos de muestra sobre la lisozima de clara de huevo de gallina (PDB: 1AKI) y los archivos de parámetros MDP que aparecen a continuación. `sample_inputs/mdp/`

Desde el directorio, envíe el trabajo: `job_bundles`

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"
```

Para ejecutar 10 réplicas independientes en paralelo:

```
deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"
```