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Den Run-Cache verwenden
Standardmäßig verwenden Läufe keinen Run-Cache. Um einen Cache für die Ausführung zu verwenden, geben Sie den Run-Cache und das Verhalten des Run-Caches an, wenn Sie die Ausführung starten.
Nach Abschluss eines Laufs können Sie die Konsole, CloudWatch Protokolle oder API-Operationen verwenden, um Cache-Treffer zu verfolgen oder Cache-Probleme zu beheben. Details dazu finden Sie unter Informationen zum Anruf-Caching werden nachverfolgt und Behebung von Problemen beim Zwischenspeichern von Anrufen.
Wenn eine oder mehrere Aufgaben in einem Lauf nicht deterministische Ausgaben generieren, empfehlen wir dringend, für die Ausführung kein Aufruf-Caching zu verwenden oder diese speziellen Aufgaben vom Caching auszuschließen. Weitere Informationen finden Sie unter Modell der geteilten Verantwortung.
Anmerkung
Sie geben eine IAM-Dienstrolle an, wenn Sie einen Lauf starten. Um Call Caching verwenden zu können, benötigt die Service-Rolle die Erlaubnis, auf den Amazon S3 S3-Standort Run Cache zuzugreifen. Weitere Informationen finden Sie unter Servicerollen für AWS HealthOmics.
Themen
Konfiguration eines Laufs mit Run-Cache mithilfe der Konsole
Von der Konsole aus konfigurieren Sie den Run-Cache für einen Lauf, wenn Sie den Lauf starten.
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Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole
. Wählen Sie im linken Navigationsbereich die Option Runs aus.
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Wählen Sie auf der Seite „Läufe“ den Lauf aus, den Sie starten möchten.
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Wählen Sie Start run und führen Sie die Schritte 1 und 2 von Run starten aus, wie unter beschriebenEinen Lauf über die Konsole starten.
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Wählen Sie in Schritt 3 von Start Run die Option Existierenden Run-Cache auswählen aus.
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Wählen Sie den Cache aus der Dropdownliste „Cache-ID ausführen“ aus.
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Um das Standardverhalten beim Ausführen des Cache zu überschreiben, wählen Sie das Cache-Verhalten für den Lauf aus. Weitere Informationen finden Sie unter Verhalten beim Ausführen des Caches.
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Fahren Sie mit Schritt 4 von Start Run fort.
Konfiguration eines Laufs mit Run-Cache über die CLI
Um einen Lauf zu starten, der einen Run-Cache verwendet, fügen Sie dem CLI-Befehl start-run den Parameter cache-id hinzu. Verwenden Sie optional den cache-behavior Parameter, um das Standardverhalten zu überschreiben, das Sie für den Run-Cache konfiguriert haben. Das folgende Beispiel zeigt nur die Cache-Felder für den Befehl:
aws omics start-run \ ... --cache-id "xxxxxx" \ --cache-behavior CACHE_ALWAYS
Wenn der Vorgang erfolgreich ist, erhalten Sie eine Antwort ohne Datenfelder.
Fehlerfälle bei Run-Caches
In den folgenden Szenarien werden Taskausgaben HealthOmics möglicherweise nicht zwischengespeichert, auch nicht bei einer Ausführung, bei der das Cacheverhalten auf Immer zwischenspeichern eingestellt ist.
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Wenn bei der Ausführung ein Fehler auftritt, bevor die erste Aufgabe erfolgreich abgeschlossen wurde, können keine Cache-Ausgaben exportiert werden.
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Wenn der Exportvorgang fehlschlägt, werden die Aufgabenausgaben HealthOmics nicht im Amazon S3 S3-Cache gespeichert.
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Wenn der Lauf aufgrund eines filesystem out of space Fehlers fehlschlägt, speichert das Aufruf-Caching keine Aufgabenausgaben.
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Wenn Sie einen Lauf abbrechen, speichert das Aufruf-Caching keine Aufgabenausgaben.
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Wenn bei der Ausführung ein Timeout auftritt, speichert das Aufruf-Caching keine Aufgabenausgaben, auch wenn Sie den Lauf so konfiguriert haben, dass bei einem Fehler der Cache verwendet wird.
Informationen zum Anruf-Caching werden nachverfolgt
Sie können Call-Caching-Ereignisse (z. B. Run-Cache-Treffer) mithilfe der Konsole, der CLI oder CloudWatch Logs verfolgen.
Themen
Cache-Treffer mithilfe der Konsole verfolgen
Auf der Seite mit den Ausführungsdetails für einen Lauf werden in der Tabelle Aufgaben ausführen Informationen zu Cache-Treffern für jede Aufgabe angezeigt. Die Tabelle enthält auch einen Link zum zugehörigen Cache-Eintrag. Gehen Sie wie folgt vor, um die Cache-Trefferinformationen für einen Lauf anzuzeigen.
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Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole
. Wählen Sie im linken Navigationsbereich die Option Runs aus.
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Wählen Sie auf der Seite „Läufe“ den Lauf aus, den Sie untersuchen möchten.
Wählen Sie auf der Seite mit den Ausführungsdetails die Registerkarte Aufgaben ausführen, um die Tabelle mit den Aufgaben anzuzeigen.
Wenn eine Aufgabe einen Cache-Treffer hat, enthält die Spalte Cache-Treffer einen Link zum Speicherort des Run-Cache-Eintrags in Amazon S3.
Wählen Sie den Link, um den Run-Cache-Eintrag zu überprüfen.
Verfolgen Sie das Anruf-Caching mit der CLI
Überprüfen Sie mit dem CLI-Befehl get-run, ob der Lauf einen Aufrufcache verwendet hat.
aws omics get-run --id 1234567
Wenn das cacheId Feld in der Antwort gesetzt ist, verwendet die Ausführung diesen Cache.
Verwenden Sie den list-run-tasksCLI-Befehl, um den Speicherort der Cache-Daten für jede zwischengespeicherte Aufgabe in der Ausführung abzurufen.
aws omics list-run-tasks --id 1234567
Wenn das Feld CacheHit für eine Aufgabe den Wert true hat, gibt das Feld caches3URI in der Antwort den Speicherort der Cache-Daten für diese Aufgabe an.
Sie können auch den get-run-taskCLI-Befehl verwenden, um den Cache-Datenspeicherort für eine bestimmte Aufgabe abzurufen:
aws omics get-run-task --id 1234567 --task-id <task_id>
Verfolgen Sie das Caching von Anrufen mithilfe von Protokollen CloudWatch
HealthOmics erstellt Cache-Aktivitätsprotokolle in der /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch Protokollgruppe. <cache_id><cache_uuid>Für jeden Run-Cache gibt es einen Log-Stream: RunCache//.
HealthOmics Generiert für Läufe, die Aufruf-Caching verwenden, CloudWatch Log-Einträge für die folgenden Ereignisse:
einen Cache-Eintrag erstellen (CACHE_ENTRY_CREATED)
einen Cache-Eintrag zuordnen (CACHE_HIT)
konnte mit einem Cache-Eintrag nicht übereinstimmen (CACHE_MISS)
Weitere Hinweise zu diesen Protokollen finden Sie unter. Meldet sich an CloudWatch
Verwenden Sie die folgende CloudWatch Insights-Abfrage für die /aws/omics/WorkflowLog Protokollgruppe, um die Anzahl der Cache-Treffer pro Lauf für diesen Cache zurückzugeben:
filter @logStream like 'runCache/<CACHE_ID>/' fields @timestamp, @message filter logMessage like 'CACHE_HIT' parse "run: *," as run stats count(*) as cacheHits by run
Verwenden Sie die folgende Abfrage, um die Anzahl der Cache-Einträge zurückzugeben, die bei jedem Lauf erstellt wurden:
filter @logStream like 'runCache/<CACHE_ID>/' fields @timestamp, @message filter logMessage like 'CACHE_ENTRY_CREATED' parse "run: *," as run stats count(*) as cacheEntries by run
