Führen Sie einen Run in erneut aus HealthOmics - AWS HealthOmics
Führen Sie einen Lauf mit der Konsole erneut ausFühren Sie einen Lauf mithilfe der API erneut ausVerwenden Sie das Rerun-Tool

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Führen Sie einen Run in erneut aus HealthOmics

Verwenden Sie für Läufe, die Sie noch nicht gelöscht haben, die Konsole oder API, um den Lauf erneut auszuführen. Verwenden Sie für Läufe, die Sie gelöscht haben, das Tool. HealthOmics rerun

Führen Sie einen Lauf mit der Konsole erneut aus

Gehen Sie von der Konsole aus wie folgt vor, um einen Lauf erneut auszuführen:

  1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

  2. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (!). Wählen Sie Läufe aus.

  3. Wählen Sie auf der Seite „Läufe“ den Lauf aus, der erneut ausgeführt werden soll.

  4. Wählen Sie im Aktionsmenü über der Tabelle die Option Erneut ausführen aus.

Führen Sie einen Lauf mithilfe der API erneut aus

Verwenden Sie den StartRun API-Vorgang, um einen vorhandenen Lauf erneut auszuführen. Geben Sie die folgenden erforderlichen Eingaben ein:

  • Eine Dienstrolle ARN (roleArn).

  • Die ID des zu duplizierenden Laufs (runId).

  • Ein Amazon S3 S3-Speicherort, an dem die Ausführung die Ausführungsausgaben (outputUri) speichert.

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

Verwenden Sie das Rerun-Tool

Für einen gelöschten Lauf können Sie das HealthOmics rerun Tool herunterladen und verwenden, um den Lauf erneut auszuführen. Das Tool ruft Ausführungsinformationen aus dem CloudWatch Logs-Manifest ab. Laden Sie das rerun Tool aus dem HealthOmics GitHub Tool-Repository herunter.

Das folgende Beispiel zeigt, wie das rerun Tool verwendet wird.

aws-healthomics-rerun 9876543

Wenn der Lauf in existiert CloudWatch, erhalten Sie eine Antwort, die der folgenden Beispielausgabe ähnelt. Wenn der Workflow nicht mehr existiert, erhalten Sie eine Fehlermeldung.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}