Exportieren von HealthOmics Lesesätzen in einen Amazon S3 S3-Bucket - AWS HealthOmics

AWS HealthOmics Variant Stores und Annotation Stores werden ab dem 7. November 2025 nicht mehr für Neukunden geöffnet sein. Wenn Sie Variantenspeicher oder Annotationsspeicher nutzen möchten, melden Sie sich vor diesem Datum an. Bestandskunden können den Service weiterhin wie gewohnt nutzen. Weitere Informationen finden Sie unter Änderung der Verfügbarkeit von AWS HealthOmics Variant Store und Annotation Store.

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Exportieren von HealthOmics Lesesätzen in einen Amazon S3 S3-Bucket

Sie können Lesesätze als Batch-Exportjob in einen Amazon S3 S3-Bucket exportieren. Erstellen Sie dazu zunächst eine IAM-Richtlinie, die Schreibzugriff auf den Bucket hat, ähnlich dem folgenden Beispiel für eine IAM-Richtlinie.

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",		 	 	 
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",		 	 	 
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

Sobald die IAM-Richtlinie eingerichtet ist, beginnen Sie mit dem Exportauftrag für Lesesätze. Das folgende Beispiel zeigt Ihnen, wie Sie dies mithilfe der API-Operation start-read-set-export-job tun können. Ersetzen Sie im folgenden Beispiel alle Parameter wiesequence store ID, destination role ARNsources, und durch Ihre Eingabe.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

Sie erhalten die folgende Antwort mit Informationen zum Ursprungssequenzspeicher und zum Amazon S3-Ziel-Bucket. 

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

Nach dem Start des Jobs können Sie seinen Status mithilfe der API-Operation get-read-set-export-job ermitteln, wie im Folgenden dargestellt. Ersetzen Sie das sequence store ID und job ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID bzw. Ihre Job-ID. 

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Sie können alle Exportaufträge anzeigen, die für einen Sequenzspeicher initialisiert wurden, indem Sie den API-Vorgang list-read-set-export-jobs verwenden, wie im Folgenden gezeigt. Ersetzen Sie das sequence store ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

Sie können Ihre Lesesätze nicht nur exportieren, sondern sie auch über den Amazon S3 S3-Zugriff teilen URIs. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Zugreifen auf HealthOmics Lesesätze mit Amazon S3 URIs.