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Exportieren von HealthOmics Lesesätzen in einen Amazon S3-Bucket - AWS HealthOmics

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Exportieren von HealthOmics Lesesätzen in einen Amazon S3-Bucket

Sie können Lesesätze als Batch-Exportauftrag in einen Amazon S3-Bucket exportieren. Erstellen Sie dazu zunächst eine IAM-Richtlinie, die Schreibzugriff auf den Bucket hat, ähnlich dem folgenden Beispiel für eine IAM-Richtlinie.

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

Nachdem die IAM-Richtlinie in Kraft ist, beginnen Sie mit Ihrem Read-Set-Exportauftrag. Das folgende Beispiel zeigt, wie Sie dies mithilfe der API-Operation start-read-set-export-job tun. Ersetzen Sie im folgenden Beispiel alle Parameter wiesequence store ID,, und durch Ihre Eingabe. destination role ARN sources

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

Sie erhalten die folgende Antwort mit Informationen zum ursprünglichen Sequenzspeicher und zum Amazon S3-Ziel-Bucket. 

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

Nach dem Start des Jobs können Sie seinen Status mithilfe der API-Operation get-read-set-export-job ermitteln, wie im Folgenden dargestellt. Ersetzen Sie sequence store ID und job ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID bzw. Job-ID. 

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Sie können alle Exportaufträge anzeigen, die für einen Sequenzspeicher initialisiert wurden, indem Sie den API-Vorgang list-read-set-export-jobs verwenden, wie im Folgenden gezeigt. sequence store IDErsetzen Sie das durch Ihre Sequenzspeicher-ID.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

Sie können Ihre Lesesätze nicht nur exportieren, sondern sie auch mithilfe der Amazon S3-Zugriffs-URIs teilen. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Zugreifen auf HealthOmics Lesesätze mit Amazon S3-URIs.