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Laufinformationen abrufen - AWS HealthOmics
Rufen Sie den Laufstatus und die Details abAlle Läufe auflistenListet Aufgaben in einem Lauf aufRufen Sie Aufgabendetails abFühren Sie Metadaten aus in CloudWatch

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Laufinformationen abrufen

Nachdem Sie einen Lauf gestartet haben, können Sie dessen Status, Konfiguration und Details auf Aufgabenebene mithilfe der HealthOmics API abrufen. Auf dieser Seite wird beschrieben, wie Sie:

Rufen Sie den Laufstatus und die Details ab

Verwenden Sie den GetRun API-Vorgang, um den Status zu überprüfen und Details eines bestimmten Laufs abzurufen. Sie benötigen die Lauf-ID, die zurückgegeben wird, wenn Sie einen Lauf starten.

aws omics get-run --id run_id
Die Lauf-ID finden

Sie können die Run-ID auf folgende Weise finden:

  • Aus der StartRunAPI-Antwort — das id Feld wird zurückgegeben, wenn Sie einen Lauf starten.

  • Von der HealthOmics Konsole aus — Auf der Seite „Runs“ wird die Run-ID in der ersten Spalte der Run-Liste angezeigt.

  • Über die ListRuns API — listet alle Läufe in Ihrem Konto mit ihren IDs auf.

Die Antwort umfasst den Ausführungsstatus, Workflow-Details, Accelerator-Informationen und Zeitstempel. Mögliche Ausführungsstatus sind:

Status Description
PENDING Der Lauf wurde gesendet und wartet darauf, gestartet zu werden.
STARTING HealthOmics stellt Ressourcen für den Lauf bereit.
RUNNING Der Lauf führt aktiv Aufgaben aus.
COMPLETED Der Lauf wurde erfolgreich abgeschlossen. Ausgabedateien sind im Amazon S3 S3-Ausgabespeicherort verfügbar.
FAILED Bei der Ausführung ist ein Fehler aufgetreten. Siehe Gründe für Fehler beim Ausführen.
CANCELLED Der Lauf wurde vom Benutzer abgebrochen.

Wenn ein Lauf stattfindetCOMPLETED, finden Sie die Ausgabedateien in Ihrem Amazon S3 S3-Ausgabe-Bucket in einem Ordner, der nach der Lauf-ID benannt ist.

Beispielantwort

Das folgende Beispiel zeigt die Antwort für einen abgeschlossenen Lauf eines privaten WDL-Workflows mit einem GPU-Beschleuniger:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Die wichtigsten Felder in der Antwort

Feld Description
uuid Universell eindeutiger Bezeichner für den Lauf. Kann außerdem verwendet werdenoutputUri, um nachzuverfolgen, wohin die Ausgabedaten geschrieben wurden.
status Aktueller Ausführungsstatus (siehe vorherige Tabelle).
workflowType Ob der Workflow PRIVATE oder istREADY2RUN.
accelerators Verwendeter Beschleunigertyp (z. B.GPU), falls zutreffend.
digest SHA-256 Zusammenfassung der Workflow-Definition.
creationTime Wann der Lauf eingereicht wurde.
startTime Als der Lauf mit der Ausführung begann.
stopTime Wann der Lauf beendet wurde oder abgebrochen wurde.
engineSettings Die Motoreinstellungen wurden auf den Lauf angewendet. Dieses Feld wird nur für Nextflow-Workflows zurückgegeben. Wenn Sie Engine-Einstellungen für WDL- oder CWL-Workflows angeben, werden diese stillschweigend ignoriert und dieses Feld ist in der Antwort nicht vorhanden. GetRun Siehe Geben Sie die Einstellungen der Nextflow-Engine an.

Beispielantwort für einen Nextflow-Lauf mit Engine-Einstellungen

Bei Nextflow-Läufen, die mit Engine-Einstellungen gestartet wurden, enthält die GetRun Antwort eine engineSettings Map, die die auf den Lauf angewendeten Werte widerspiegelt. Das folgende Beispiel zeigt einen Lauf, der mit einer fixierten Engine-Version und zwei Profilen gestartet wurde.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Das engineSettings Feld wird nur für Nextflow-Workflows zurückgegeben. Bei WDL- und CWL-Workflows ist dieses Feld in der Antwort nicht vorhanden. Weitere Informationen finden Sie unter Geben Sie die Einstellungen der Nextflow-Engine an.

Alle Läufe auflisten

Verwenden Sie den ListRuns API-Vorgang, um alle Läufe in Ihrem Konto zu sehen:

aws omics list-runs

Die Antwort gibt eine paginierte Liste von Läufen mit zusammenfassenden Informationen wie Lauf-ID, Name, Status und Zeitstempel zurück. Verwenden Sie den --starting-token Parameter, um weitere Seiten abzurufen.

Listet Aufgaben in einem Lauf auf

Verwenden Sie den ListRunTasks API-Vorgang, um alle Aufgaben zu sehen, die innerhalb eines bestimmten Laufs abgeschlossen wurden:

aws omics list-run-tasks --id run_id

Die Antwort gibt eine Liste von Aufgaben mit Informationen zu Status, Ressourcenzuweisung und Zeitplan zurück.

Rufen Sie Aufgabendetails ab

Verwenden Sie den GetRunTask API-Vorgang, um detaillierte Informationen zu einer bestimmten Aufgabe innerhalb eines Laufs abzurufen:

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

Die Antwort umfasst Details auf Aufgabenebene wie CPU, Speicherzuweisung, Container-Image und Aufgabenstatus.

Führen Sie Metadaten aus in CloudWatch

HealthOmics Sendet nach Abschluss eines Laufs die Metadaten des CloudWatch Laufs an Logs unter dem Stream:

manifest/run/run_id/run_uuid

Das Manifest enthält die vollständige Ausführungskonfiguration, Eingabeparameter, Ressourcenübersichten und Details auf Aufgabenebene. Im Folgenden finden Sie ein Beispiel für das Manifest:

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

Weitere Informationen zu Protokollen, die in CloudWatch für HealthOmics Läufe verfügbar sind, finden Sie unterÜberwachung HealthOmics mit CloudWatch Protokollen.

Anmerkung

Die Metadaten des Laufs werden nicht aus den CloudWatch Protokollen gelöscht, auch wenn Sie den Lauf aus entfernen HealthOmics. Sie können CloudWatch damit auf Metadaten für Läufe zugreifen, die nicht mehr über die HealthOmics API verfügbar sind.