HealthOmics Annotationsspeicher erstellen - AWS HealthOmics
Erstellen eines Annotationsspeichers mithilfe der KonsoleEinen Annotationsspeicher mithilfe der API erstellen

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HealthOmics Annotationsspeicher erstellen

Wichtig

AWS HealthOmics Variantenspeicher und Annotationsspeicher stehen neuen Kunden nicht mehr zur Verfügung. Vorhandene Kunden können den Service weiterhin wie gewohnt verwenden. Weitere Informationen finden Sie unter AWS HealthOmics Änderung der Verfügbarkeit von Variantenspeicher und Annotationsspeicher.

Ein Annotationsspeicher ist ein Datenspeicher, der eine Annotationsdatenbank darstellt, z. B. eine Datenbank aus einer TSV-, VCF- oder GFF-Datei. Wenn dasselbe Referenzgenom angegeben wird, werden Annotationsspeicher während eines Imports demselben Koordinatensystem zugeordnet wie Variantenspeicher. In den folgenden Themen wird gezeigt, wie Sie die HealthOmics Konsole verwenden und AWS CLI Annotationsspeicher erstellen und verwalten.

Erstellen eines Annotationsspeichers mithilfe der Konsole

Gehen Sie wie folgt vor, um Annotationsspeicher mit der HealthOmics Konsole zu erstellen.

Um einen Annotationsspeicher zu erstellen

  1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

  2. Öffnen Sie bei Bedarf den linken Navigationsbereich (±1). Wählen Sie Annotation Stores.

  3. Wählen Sie auf der Seite Annotationsspeicher die Option Annotationsspeicher erstellen aus.

  4. Geben Sie auf der Seite Annotationsspeicher erstellen die folgenden Informationen ein

    • Name des Speichers für Anmerkungen — Ein eindeutiger Name für diesen Speicher.

    • Beschreibung (optional) — Eine Beschreibung dieses Referenzgenoms.

    • Datenformat und Schemadetails — Wählen Sie das Datendateiformat aus und laden Sie die Schemadefinition für diesen Speicher hoch.

    • Referenzgenom — Das Referenzgenom für diese Annotation.

    • Datenverschlüsselung — Wählen Sie aus, ob die Datenverschlüsselung von Ihnen AWS oder von Ihnen selbst verwaltet werden soll.

    • Tags (optional) — Stellen Sie bis zu 50 Tags für diesen Annotationsspeicher bereit.

  5. Wählen Sie „Annotationsspeicher erstellen“.

Einen Annotationsspeicher mithilfe der API erstellen

Das folgende Beispiel zeigt, wie Sie einen Annotationsspeicher mit dem erstellen AWS CLI. Für alle AWS CLI API-Operationen müssen Sie das Format Ihrer Daten angeben. 

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

Sie erhalten die folgende Antwort, um die Erstellung Ihres Annotationsspeichers zu bestätigen.

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

Verwenden Sie die get-annotation-storeAPI, um mehr über einen Annotationsspeicher zu erfahren.

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

Sie erhalten die folgende Antwort.

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

Verwenden Sie den list-annotation-storesAPI-Vorgang, um alle mit einem Konto verknüpften Annotationsspeicher anzuzeigen.

aws omics list-annotation-stores

Sie erhalten eine Antwort, in der alle Annotationsspeicher zusammen mit ihrem IDs Status und anderen Details aufgeführt sind, wie in der folgenden Beispielantwort dargestellt.

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

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