Aktivierung von Readsets in HealthOmics

Sie können Lesesätze aktivieren, die archiviert wurden, mit der API-Operation start-read-set-activation-job oder über AWS CLI, wie im folgenden Beispiel gezeigt. Ersetzen Sie das sequence store ID und read set id durch Ihre Sequenzspeicher-ID und Ihren Lesesatz IDs.

aws omics start-read-set-activation-job 
     --sequence-store-id sequence store ID \
     --sources readSetId=read set ID readSetId=read set id_1 read set id_2        

Sie erhalten eine Antwort, die die Informationen zum Aktivierungsauftrag enthält, wie im Folgenden dargestellt.

{
    "id": "12345678",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00"
}                   

Nach dem Start des Aktivierungsauftrags können Sie seinen Fortschritt mit dem API-Vorgang get-read-set-activation-job überwachen. Im Folgenden finden Sie ein Beispiel dafür, wie Sie den verwenden können, AWS CLI um den Status Ihres Aktivierungsauftrags zu überprüfen. Ersetzen Sie job ID und sequence store ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID bzw. Ihren Job IDs.

aws omics get-read-set-activation-job --id job ID --sequence-store-id sequence store ID                    

Die Antwort fasst den Aktivierungsjob zusammen, wie im Folgenden dargestellt.

{
    "id": 123567890,
    "sequenceStoreId": 123467890,
    "status": "SUBMITTED",
    "statusUpdateReason": "The job is submitted and will start soon.",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00",
    "sources": [
        {
            "readSetId": <reads set id_1>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        },
        {
            "readSetId": <read set id_2>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        }
    ]
}                    

Sie können den Status eines Aktivierungsauftrags mit dem get-read-set-metadataAPI-Vorgang überprüfen. Mögliche Status sind ACTIVEACTIVATING, undARCHIVED. Im folgenden Beispiel sequence store ID ersetzen Sie es durch Ihre Sequenzspeicher-ID und read set ID ersetzen Sie es durch Ihre Lesesatz-ID.

aws omics get-read-set-metadata --sequence-store-id sequence store ID --id read set ID

Die folgende Antwort zeigt Ihnen, dass der Lesesatz aktiv ist.

{
    "id": "12345678",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:sequenceStore/1234567890/readSet/12345678",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "subjectId": "mySubject",
    "sampleId": "mySample",
    "status": "ACTIVE",
    "name": "HG00100",
    "description": "HG00100 aligned to HG38 BAM",
    "fileType": "BAM",
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "sequenceInformation": {
        "totalReadCount": 1513467,
        "totalBaseCount": 163454436,
        "generatedFrom": "Pulled from SRA",
        "alignment": "ALIGNED"
    },
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/0123456789/reference/0000000001",
    "files": {
        "source1": {
            "totalParts": 2,
            "partSize":  10485760,
            "contentLength": 17112283,
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
         },
        "index": {
            "totalParts": 1,
            "partSize": 53216,
            "contentLength": 10485760
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
        }
    },
    "creationType": "IMPORT",
    "etag": {
        "algorithm": "BAM_MD5up",
        "source1": "d1d65429212d61d115bb19f510d4bd02"
    }
}                     

Sie können alle Aufträge zur Aktivierung von Lesesätzen mithilfe von list-read-set-activation-jobs anzeigen, wie im folgenden Beispiel gezeigt. Im folgenden Beispiel ersetzen Sie es sequence store ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID.

aws omics list-read-set-activation-jobs --sequence-store-id sequence store ID                

Sie erhalten die folgende Antwort.

{
    "activationJobs": [
        {
            "id": 1234657890,
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED",
            "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
            "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
        }
    ]
}